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- PDB-2oz1: The SoxAX Complex of Rhodovulum Sulfidophilum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oz1
タイトルThe SoxAX Complex of Rhodovulum Sulfidophilum
要素
  • Cytochrome c
  • Diheme cytochrome c
キーワードELECTRON TRANSPORT / ELECTRON TRANSFER / BACTERIAL SULFUR CYCLE / THIOSULFATE OXIDATION / CYSTEINE PERSULFIDE HEME LIGAND / CYTOCHROME C
機能・相同性
機能・相同性情報


L-cysteine S-thiosulfotransferase / oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, cytochrome as acceptor / sulfide oxidation / sulfur oxidation / sulfurtransferase activity / cytochrome complex / thiosulfate-cyanide sulfurtransferase activity / periplasmic space / electron transfer activity / oxidoreductase activity ...L-cysteine S-thiosulfotransferase / oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, cytochrome as acceptor / sulfide oxidation / sulfur oxidation / sulfurtransferase activity / cytochrome complex / thiosulfate-cyanide sulfurtransferase activity / periplasmic space / electron transfer activity / oxidoreductase activity / protein heterodimerization activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
L-cysteine S-thiosulfotransferase subunit SoxA / Sulfur oxidation c-type cytochrome SoxX / SoxA/TsdA, cytochrome c domain / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / L-cysteine S-thiosulfotransferase subunit SoxA / Cytochrome c
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodovulum sulfidophilum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Kihlken, M.A. / Berks, B.C. / Hemmings, A.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of recombinant Rhodovulum sulfidophilum SoxAX confirms cysteine persulfide coordination to the catalytic heme
著者: Kihlken, M.A. / Berks, B.C. / Hemmings, A.M.
履歴
登録2007年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diheme cytochrome c
B: Cytochrome c
C: Diheme cytochrome c
D: Cytochrome c
E: Diheme cytochrome c
F: Cytochrome c
G: Diheme cytochrome c
H: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,34720
ポリマ－174,9258
非ポリマー7,42212
水16,916939
1
A: Diheme cytochrome c
B: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5875
ポリマ－43,7312
非ポリマー1,8563
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Diheme cytochrome c
D: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5875
ポリマ－43,7312
非ポリマー1,8563
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Diheme cytochrome c
F: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5875
ポリマ－43,7312
非ポリマー1,8563
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Diheme cytochrome c
H: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5875
ポリマ－43,7312
非ポリマー1,8563
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.975, 102.949, 115.706
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.22, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS A SOXAX HETERODIMER. THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT CONTAINS FOUR INDEPENDENT COPIES OF THE BIOLOGICAL ASSEMBLY.

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要素

#1: タンパク質
Diheme cytochrome c


分子量: 28974.408 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodovulum sulfidophilum (バクテリア)
株: 1374T / 遺伝子: soxA / プラスミド: pMKS12 / 発現宿主: Rhodobacter capsulatus (バクテリア) / 株 (発現宿主): 37B4DELTADORA / 参照: UniProt: Q939U1
#2: タンパク質
Cytochrome c


分子量: 14756.748 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodovulum sulfidophilum (バクテリア)
株: 1374T / 遺伝子: soxX / プラスミド: pMKS12 / 発現宿主: Rhodobacter capsulatus (バクテリア) / 株 (発現宿主): 37B4DELTADORA / 参照: UniProt: Q939U4
#3: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 939 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.43 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15% (w/v) PEG 4K, 0.2 M magnesium acetate, 100 mM sodium MES buffer pH 6.5. The crystals could be cryoprotected by transferring them to stabilization solution containing 25% (v/v) ethylene ...詳細: 15% (w/v) PEG 4K, 0.2 M magnesium acetate, 100 mM sodium MES buffer pH 6.5. The crystals could be cryoprotected by transferring them to stabilization solution containing 25% (v/v) ethylene glycol. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月15日
放射モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.345→108.577 Å / Num. all: 71803 / Num. obs: 71803 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 26.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.34-2.471.50.1893.71332688670.18981.5
2.47-2.622.80.1873.928252101850.18798.9
2.62-2.82.90.1445.12764395860.14499.4
2.8-3.032.90.1146.32597189650.11499.2
3.03-3.312.90.0927.72387482110.09298.9
3.31-3.712.90.0729.22156974120.07298.5
3.71-4.282.90.05910.61898965350.05998.3
4.28-5.242.90.0589.91586954850.05897.7
5.24-7.412.90.0619.41221742390.06196.9
7.41-54.312.70.0657.5627923180.06595.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
DNAデータ収集
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1H33

1h33


解像度: 2.35→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 7.203 / SU ML: 0.175 / Isotropic thermal model: INDIVIDUAL ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.455 / ESU R Free: 0.262 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 3633 5.1 %RANDOM
Rwork0.187 ---
all0.189 71773 --
obs0.189 71773 96.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.774 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.43 Å20 Å20.44 Å2
2---0.18 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12213 0 516 939 13668
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02213084
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3312.0817942
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.84751583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.34123.154596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.596151929
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.34915124
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.21824
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0210356
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2310.26732
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.28840
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.21038
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2020.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.150.219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5411.58141
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.814212717
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.30535788
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0784.55201
LS精密化 シェル解像度: 2.345→2.406 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 191 -
Rwork0.219 3739 -
obs-3930 71.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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