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- PDB-2oyo: Crystal structure of Uncharacterized peroxidase-related protein (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oyo
タイトルCrystal structure of Uncharacterized peroxidase-related protein (YP_604910.1) from Deinococcus geothermalis DSM 11300 at 1.51 A resolution
要素Uncharacterized peroxidase-related protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / YP_604910.1 / Uncharacterised peroxidase-related / Uncharacterized peroxidase-related / Carboxymuconolactone decarboxylase family / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxiredoxin activity
類似検索 - 分子機能
AhpD-like / Uncharacterised peroxidase-related / Alkylhydroperoxidase AhpD core / AhpD-like / Carboxymuconolactone decarboxylase-like / AhpD-like / Carboxymuconolactone decarboxylase family / AhpD-like / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized peroxidase-related protein
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus geothermalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Uncharacterized peroxidase-related protein (YP_604910.1) from Deinococcus geothermalis DSM 11300 at 1.51 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2007年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999 SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ... SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized peroxidase-related protein
B: Uncharacterized peroxidase-related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1795
ポリマ－43,8252
非ポリマー3553
水7,782432
1
A: Uncharacterized peroxidase-related protein
B: Uncharacterized peroxidase-related protein
ヘテロ分子

A: Uncharacterized peroxidase-related protein
B: Uncharacterized peroxidase-related protein
ヘテロ分子

A: Uncharacterized peroxidase-related protein
B: Uncharacterized peroxidase-related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,53715
ポリマ－131,4746
非ポリマー1,0649
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area21420 Å2
ΔGint-197 kcal/mol
Surface area39060 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)135.649, 135.649, 118.084
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-242-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized peroxidase-related protein


分子量: 21912.307 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus geothermalis (バクテリア)
株: DSM 11300 / 遺伝子: YP_604910.1, Dgeo_1446 / プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q1IYE3
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 432 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.41 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: NANODROP, 40.0% MPD, 0.1M Bicine pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837, 0.97916, 0.97886
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月7日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979161
30.978861
反射解像度: 1.51→39.163 Å / Num. obs: 64521 / % possible obs: 96.5 % / Biso Wilson estimate: 17.262 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 9.57
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique all% possible all
1.51-1.560.6661.817282506384.3
1.56-1.630.6622.229862664191.7
1.63-1.70.6162.732841588796.7
1.7-1.790.5183.235604636697.4
1.79-1.90.41434912624097.9
1.9-2.050.2736.136780656798.6
2.05-2.250.1848.935076627299
2.25-2.580.12212.737000658899.1
2.580.08118.736724656199.7

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
REFMAC5.2.0019精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345CCDデータ収集
XDSデータ削減
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.51→39.163 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 1.97 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.078
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. THE 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL MOLECULES FROM THE CRYSTALLIZATION WERE MODELED INTO THE STRUCTURE. 4. UNEXPLAINED ELECTRON DENSITIES OBSERVED NEAR RESIDUES 189 AND 192 OF THE B SUBUNIT WERE NOT MODELED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 3275 5.1 %RANDOM
Rwork0.182 ---
all0.184 ---
obs0.184 64519 98.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.894 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.81 Å2-0.4 Å20 Å2
2---0.81 Å20 Å2
3---1.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.51→39.163 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2904 0 24 432 3360
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0223013
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021987
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4971.954114
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.03434816
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9245374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.92223.919148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.91415462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0811524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2457
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023414
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02626
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2340.2638
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1980.22096
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.21509
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.21485
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1750.2281
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1710.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3140.277
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1680.227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2041.52264
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2781.5748
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.40822996
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.65931285
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9174.51118
LS精密化 シェル解像度: 1.51→1.549 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 194 -
Rwork0.347 4187 -
obs-4381 91.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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