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- PDB-2oym: Endo-glycoceramidase II from Rhodococcus sp.: five-membered imino... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oym
タイトルEndo-glycoceramidase II from Rhodococcus sp.: five-membered iminocyclitol complex
要素Endoglycoceramidase II
キーワードHYDROLASE / (alpha/beta)8 (TIM) barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


endoglycosylceramidase / endoglycosylceramidase activity / carbohydrate derivative catabolic process / lipid catabolic process / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 5, C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 5 C-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily ...Glycoside hydrolase family 5, C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 5 C-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MNI / Endoglycoceramidase II
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Caines, M.E.C. / Strynadka, N.C.J.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2007
タイトル: The structural basis of glycosidase inhibition by five-membered iminocyclitols: the clan a glycoside hydrolase endoglycoceramidase as a model system.
著者: Caines, M.E. / Hancock, S.M. / Tarling, C.A. / Wrodnigg, T.M. / Stick, R.V. / Stutz, A.E. / Vasella, A. / Withers, S.G. / Strynadka, N.C.
履歴
登録2007年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.42023年8月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoglycoceramidase II
B: Endoglycoceramidase II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,9106
ポリマ－104,2452
非ポリマー6654
水12,160675
1
A: Endoglycoceramidase II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4553
ポリマ－52,1231
非ポリマー3322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Endoglycoceramidase II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4553
ポリマ－52,1231
非ポリマー3322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.786, 93.282, 94.471
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.300, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 43 - 490 / Label seq-ID: 34 - 481

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Endoglycoceramidase II


分子量: 52122.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus sp. (バクテリア) / 株: M-777 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(Tuner) / 参照: UniProt: O33853, endoglycosylceramidase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-MNI / N-{[(2R,3R,4R,5R)-3,4-DIHYDROXY-5-(HYDROXYMETHYL)PYRROLIDIN-2-YL]METHYL}-4-(DIMETHYLAMINO)BENZAMIDE / 1-(4-DIMETHYLAMINO)BENZOYLAMINO-1,2,5-TRIDEOXY-2,5-IMINO-D-MANNITOL / (2R)-2α-[4-(ジメチルアミノ)ベンゾイルアミノメチル]-3β,4α-ジヒドロキシピロリジン-5β-メタノ-ル


分子量: 309.361 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N3O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 675 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.28 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% (w/v) PEG 3350; 0.175 M NaCl; 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.841→18.3 Å / Num. obs: 72622 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 21.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 1.841→1.95 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.346 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. measured all: 33486 / Num. unique all: 8650 / Rsym value: 0.346 / % possible all: 75.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345345DTBデータ収集
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OSW

2osw


解像度: 1.86→18.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 2.99 / SU ML: 0.091 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 3701 5.1 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.182 72620 93.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.128 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.09 Å20 Å2-0.16 Å2
2--0.46 Å20 Å2
3----1.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→18.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6773 0 46 675 7494
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0226932
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024576
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1961.9589522
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.894311077
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.985880
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.67723.633311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.03915956
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.8761548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.21037
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027898
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021428
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.21369
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1920.24918
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.23357
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.23352
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.130.2540
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0920.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1090.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1490.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1250.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4921.54358
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1471.51754
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.8827015
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.21932778
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.924.52498
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 5517 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
MEDIUM POSITIONAL0.170.5
MEDIUM THERMAL0.912
LS精密化 シェル解像度: 1.86→1.905 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 225 -
Rwork0.258 4405 -
obs-4630 81.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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