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- PDB-2oya: Crystal structure analysis of the dimeric form of the SRCR domain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oya
タイトルCrystal structure analysis of the dimeric form of the SRCR domain of mouse MARCO
要素Macrophage receptor MARCO
キーワードLIGAND BINDING PROTEIN / Extracellular matrix / Scavenger receptor cysteine-rich (SRCR) / macrophage receptor / ligand binding / basic cluster / acidic cluster / sulfate binding / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


Scavenging by Class A Receptors / collagen trimer / apoptotic cell clearance / cargo receptor activity / phagocytosis, engulfment / amyloid-beta clearance / receptor-mediated endocytosis / G protein-coupled receptor binding / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / endocytosis ...Scavenging by Class A Receptors / collagen trimer / apoptotic cell clearance / cargo receptor activity / phagocytosis, engulfment / amyloid-beta clearance / receptor-mediated endocytosis / G protein-coupled receptor binding / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / endocytosis / amyloid-beta binding / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / innate immune response / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mac-2 Binding Protein / SRCR-like domain / SRCR domain signature. / Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / SRCR domain / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) ...Mac-2 Binding Protein / SRCR-like domain / SRCR domain signature. / Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / SRCR domain / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Macrophage receptor MARCO
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Ojala, J.R.M. / Pikkarainen, T. / Tuuttila, A. / Sandalova, T. / Tryggvason, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the cysteine-rich domain of scavenger receptor MARCO reveals the presence of a basic and an acidic cluster that both contribute to ligand recognition.
著者: Ojala, J.R. / Pikkarainen, T. / Tuuttila, A. / Sandalova, T. / Tryggvason, K.
履歴
登録2007年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42021年3月31日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / struct_biol ...entity_src_gen / struct_biol / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrophage receptor MARCO
B: Macrophage receptor MARCO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9635
ポリマ－22,6752
非ポリマー2883
水3,459192
1
A: Macrophage receptor MARCO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5293
ポリマ－11,3371
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Macrophage receptor MARCO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4332
ポリマ－11,3371
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area9760 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)31.087, 36.553, 44.605
Angle α, β, γ (deg.)116.30, 90.35, 96.41
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細Biological unit is a monomer. There are two biological units in the asymmetric unit (chains A & B)

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要素

#1: タンパク質 Macrophage receptor MARCO / Macrophage receptor with collagenous structure


分子量: 11337.281 Da / 分子数: 2
断片: C-terminal domain, scavenger receptor cysteine-rich domain (SRCR)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57BL/6 / 遺伝子: Marco / プラスミド: pCEP-PU / Cell (発現宿主): embryonic kidney cells / 細胞株 (発現宿主): 293-EBNA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q60754
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.11 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 7% PEG 4000, 0.1M Bis-Tris, 0.1M Lithium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.097 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.097 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→14.912 Å / Num. all: 17081 / Num. obs: 16364 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 0.013 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 1.77→1.86 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Mean I/σ(I) obs: 9.1 / Num. measured all: 7835 / Num. unique all: 2282 / Rsym value: 0.074 / % possible all: 89.4

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.428 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.519
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å14.91 Å
Translation3 Å14.91 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OY3

2oy3


解像度: 1.77→14.912 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 2.108 / SU ML: 0.069 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.191 1644 10 %RANDOM
Rwork0.15 ---
obs0.154 16364 95.81 %-
all-17081 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0.18 Å2-0.04 Å2
2--0.08 Å2-0.06 Å2
3----0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→14.912 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1584 0 15 192 1791
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0211695
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2481.8952316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3135216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.82824.34399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.45315245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.791516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2221
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021398
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1880.2808
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.21158
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1250.2144
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1880.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1430.233
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7611.51060
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.20321649
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1373753
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0984.5667
LS精密化 シェル解像度: 1.77→1.815 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 110 -
Rwork0.184 1072 -
obs-1182 90.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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