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万見
- PDB-2oy3: Crystal structure analysis of the monomeric SRCR domain of mouse MARCO -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oy3
タイトルCrystal structure analysis of the monomeric SRCR domain of mouse MARCO
要素Macrophage receptor MARCO
キーワードLIGAND BINDING PROTEIN / Extracellular matrix / Scavenger receptor cysteine-rich (SRCR) / macrophage receptor / ligand binding domain / basic cluster / acidic cluster
機能・相同性
機能・相同性情報


Scavenging by Class A Receptors / collagen trimer / apoptotic cell clearance / cargo receptor activity / phagocytosis, engulfment / amyloid-beta clearance / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / extracellular matrix / receptor-mediated endocytosis / G protein-coupled receptor binding ...Scavenging by Class A Receptors / collagen trimer / apoptotic cell clearance / cargo receptor activity / phagocytosis, engulfment / amyloid-beta clearance / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / extracellular matrix / receptor-mediated endocytosis / G protein-coupled receptor binding / endocytosis / amyloid-beta binding / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of protein phosphorylation / innate immune response / extracellular space / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Mac-2 Binding Protein / SRCR-like domain / SRCR domain signature. / Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich ...: / Mac-2 Binding Protein / SRCR-like domain / SRCR domain signature. / Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Macrophage receptor MARCO
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Ojala, J.R.M. / Pikkarainen, T. / Tuuttila, A. / Sandalova, T. / Tryggvason, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the cysteine-rich domain of scavenger receptor MARCO reveals the presence of a basic and an acidic cluster that both contribute to ligand recognition.
著者: Ojala, J.R. / Pikkarainen, T. / Tuuttila, A. / Sandalova, T. / Tryggvason, K.
履歴
登録2007年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年3月31日Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_conn_angle ...entity_src_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrophage receptor MARCO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3863
ポリマ－11,3371
非ポリマー492
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.345, 28.060, 42.665
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.190, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Macrophage receptor MARCO / Macrophage receptor with collagenous structure


分子量: 11337.281 Da / 分子数: 1
断片: C-terminal domain, scavenger receptor cysteine-rich domain (SRCR)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57BL/6 / 遺伝子: Marco / プラスミド: pCEP-PU / 細胞株 (発現宿主): HEK293-EBNA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q60754
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.04 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 12% PEG 8000, 0.1M Bis-Tris, 0.2M Ammonium acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→25 Å / Num. all: 7444 / Num. obs: 7161 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0.013 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Χ2: 1.496 / Net I/σ(I): 32.42
反射 シェル解像度: 1.78→1.81 Å / Rmerge(I) obs: 0.375 / Num. unique all: 282 / Χ2: 1.57 / % possible all: 78.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BY2

1by2


解像度: 1.78→23.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 2.81 / SU ML: 0.089 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 903 12.6 %RANDOM
Rwork0.161 ---
obs0.167 7155 100 %-
all-7155 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.731 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.87 Å20 Å20.63 Å2
2--0.79 Å20 Å2
3---0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→23.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数789 0 2 67 858
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.021811
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3451.8771105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9415103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.78224.28649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.67115120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.119158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2105
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02673
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1860.2392
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.2543
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1970.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1820.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8131.5507
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3072786
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.253365
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2254.5319
LS精密化 シェル解像度: 1.78→1.826 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.464 63 -
Rwork0.355 383 -
obs-446 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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