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- PDB-2oxg: The SoxYZ Complex of Paracoccus pantotrophus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oxg
タイトルThe SoxYZ Complex of Paracoccus pantotrophus
要素
  • SoxY protein
  • SoxZ protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / immunoglobulin-like beta-sandwich fold
機能・相同性
機能・相同性情報


Sulphur oxidation protein SoxZ / Thiosulfate oxidation carrier complex protein SoxZ / Sulphur oxidation protein SoxZ / SoxY domain / Sulphur oxidation, SoxY / Ig-like SoxY domain / Ig-like SoxY domain superfamily / Sulfur oxidation protein SoxY / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold ...Sulphur oxidation protein SoxZ / Thiosulfate oxidation carrier complex protein SoxZ / Sulphur oxidation protein SoxZ / SoxY domain / Sulphur oxidation, SoxY / Ig-like SoxY domain / Ig-like SoxY domain superfamily / Sulfur oxidation protein SoxY / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SoxZ protein / SoxY protein
類似検索 - 構成要素
生物種Paracoccus denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Sauve, V. / Berks, B.C. / Hemmings, A.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: The SoxYZ Complex Carries Sulfur Cycle Intermediates on a Peptide Swinging Arm.
著者: Sauve, V. / Bruno, S. / Berks, B.C. / Hemmings, A.M.
履歴
登録2007年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Z: SoxZ protein
Y: SoxY protein
A: SoxZ protein
B: SoxY protein
C: SoxZ protein
D: SoxY protein
E: SoxZ protein
F: SoxY protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,03315
ポリマ－96,4968
非ポリマー5367
水13,583754
1
Z: SoxZ protein
Y: SoxY protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2824
ポリマ－24,1242
非ポリマー1582
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2750 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area10250 Å2
手法PISA
2
A: SoxZ protein
B: SoxY protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3445
ポリマ－24,1242
非ポリマー2203
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2940 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area9770 Å2
手法PISA
3
C: SoxZ protein
D: SoxY protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2203
ポリマ－24,1242
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area9610 Å2
手法PISA
4
E: SoxZ protein
F: SoxY protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1863
ポリマ－24,1242
非ポリマー621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2050 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area9590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)206.828, 54.717, 77.677
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.68, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological unit is the SoxYZ heterodimer. The crystallographic asymmetric unit contains 4 copies of the biological unit.

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要素

#1: タンパク質
SoxZ protein


分子量: 11734.146 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア)
株: LMD82.5T / 遺伝子: soxZ / プラスミド: PVS005 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9LCU8
#2: タンパク質
SoxY protein


分子量: 12389.928 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア)
株: LMD82.5T / 遺伝子: soxY / プラスミド: PVS005 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9LCU9
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 754 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 2 microl of protein at 10 mg/ml in 10 mM Tris-HCl pH 8, 5 mM DTT and 2 microl of 31-32 % (w/v) PEG 3350, 100 mM sodium acetate pH 4.75, 200 mM NH4SO4 and 2 % (v/v) glycerol, pH 8.0, VAPOR ...詳細: 2 microl of protein at 10 mg/ml in 10 mM Tris-HCl pH 8, 5 mM DTT and 2 microl of 31-32 % (w/v) PEG 3350, 100 mM sodium acetate pH 4.75, 200 mM NH4SO4 and 2 % (v/v) glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月17日 / 詳細: Diamond (111), Laue geometry, 150 microns thin
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→102.229 Å / Num. all: 164928 / Num. obs: 164928 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 15.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.395 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. measured all: 44294 / Num. unique all: 23687 / Rsym value: 0.395 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OX5

2ox5


解像度: 1.4→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 1.954 / SU ML: 0.035 / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC INDIVIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.194 8301 5 %RANDOM
Rwork0.168 ---
all0.17 164923 --
obs0.17 164923 97.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.941 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å20 Å20.15 Å2
2--0.24 Å20 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6309 0 31 754 7094
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0226451
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4021.9658823
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2595891
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.80125.57237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.81715978
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4881526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.21066
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024880
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.22917
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.24502
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2621
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2060.282
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1950.236
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5131.54467
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.20227016
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.23632201
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6524.51794
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 604 -
Rwork0.253 11250 -
obs-11854 95.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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