PDB-2oxe: Structure of the Human Pancreatic Lipase-related Protein 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2oxe

タイトル

Structure of the Human Pancreatic Lipase-related Protein 2

要素

Pancreatic lipase-related protein 2

キーワード

HYDROLASE / Glycoprotein / Lipid degradation / Pancreatic Lipase / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

galactolipid catabolic process / galactolipase activity / galactolipase / Digestion of dietary lipid / lipid digestion / lipoprotein lipase activity / phospholipase activity / phospholipase A1 activity / triglyceride catabolic process / zymogen granule membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Walker, J.R. / Davis, T. / Seitova, A. / Finerty Jr., P.J. / Butler-Cole, C. / Kozieradzki, I. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Structure of human pancreatic lipase-related protein 2 with the lid in an open conformation.
著者: Eydoux, C. / Spinelli, S. / Davis, T.L. / Walker, J.R. / Seitova, A. / Dhe-Paganon, S. / De Caro, A. / Cambillau, C. / Carriere, F.

履歴

登録	2007年2月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2oxe.cif.gz	355 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2oxe.ent.gz	291.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2oxe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/2oxe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/2oxe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2pvsC 1bu8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3egg-1 4l9b-d 6bea-d 6cmq-1 6o1x-2 4bq7-2 6wuu-3 7llf-1 4lgs-d 4nzy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pancreatic lipase-related protein 2

B: Pancreatic lipase-related protein 2

ヘテロ分子

106 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pancreatic lipase-related protein 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
52.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Pancreatic lipase-related protein 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	216.922, 216.922, 123.618
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

#1: タンパク質

Pancreatic lipase-related protein 2

分子量: 51918.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 組織: Pancreas / 遺伝子: PNLIPRP2, PLRP2 / プラスミド: pAB-Bee
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): High5 / 参照: UniProt: P54317, triacylglycerol lipase

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#4: 化合物

ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド

分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.85 %
結晶化	温度: 298 K / pH: 5.5 詳細: 1.17M Ammonium sulfate, 0.1M Sodium cacodylate pH 5.5, 0.04M NaCl, cryoprotected with 15% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 5.50

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月19日
放射	モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 36137 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / R_sym value: 0.092 / Net I/σ(I): 12.7
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.76 / R_sym value: 0.785 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BU8

1bu8

解像度: 2.8→29.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 33.297 / SU ML: 0.314 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.641 / ESU R Free: 0.334 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26093	1811	5 %	RANDOM
R_work	0.22228	-	-	-
obs	0.22432	34305	99.27 %	-
all	-	36116	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.618 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.11 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6642	0	129	76	6847

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	6997
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.142	1.963	9525
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.275	5	868
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.635	24.587	327
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.52	15	1045
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.8	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	1034
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	5401
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	3124
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	4783
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	221
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.092	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.169	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.079	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.322	1.5	4404
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.585	2	6915
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.885	3	2925
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.65	4.5	2610
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.443	122	-
R_work	0.338	2464	-
obs	-	-	98.63 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0568	-0.8243	-0.1866	2.5774	-0.3465	1.6249	0.2684	-0.1971	-0.0033	-0.1005	-0.1928	0.1199	0.378	-0.01	-0.0756	0.2429	0.0457	0.0187	0.1912	0.094	0.1878	15.753	-16.259	50.298
2	2.7909	2.3833	1.915	3.2326	4.1921	11.7935	0.39	-0.598	-0.6397	0.0637	-0.028	-0.7258	1.2455	0.9978	-0.362	0.3034	0.4909	0.095	0.2636	0.123	0.3846	36.716	-24.923	50.366
3	2.257	-0.4256	0.3245	1.6108	0.5498	1.737	-0.0913	0.0174	-0.0524	-0.2257	-0.0428	-0.2688	0.5214	0.3487	0.1341	0.1883	0.1894	0.1257	0.2839	0.1297	0.2986	28.668	-14.519	46.174
4	1.9233	0.8157	0.3579	1.8564	0.1873	3.5426	0.0643	0.0856	-0.164	-0.161	0.0857	0.0301	-0.1614	0.1224	-0.15	0.1017	0.0609	0.0883	0.2547	0.0122	0.3789	21.547	-3.989	51.093
5	1.552	1.2982	-2.2151	3.55	-0.0265	4.5152	0.0184	-0.2368	0.5269	0.004	-0.0143	0.4057	-0.586	-0.3264	-0.0041	0.1066	0.0451	0.1645	0.2249	0.0544	0.4574	23.427	3.849	43.195
6	0.6109	0.7994	-1.1489	3.3725	0.207	5.1912	0.2572	0.4392	0.3579	-0.5727	-0.2579	-0.0339	-0.0498	0.2211	0.0007	0.0984	0.1041	0.1818	0.2325	0.0894	0.4182	30.392	0.243	34.359
7	3.0225	2.8303	-0.0553	9.2111	-2.3876	9.5232	0.2384	-0.4434	0.9962	-0.174	-0.0351	-0.2819	-1.244	0.1058	-0.2033	0.071	-0.072	0.3634	0.1798	-0.0412	0.5069	34.853	15.471	40.113
8	2.8658	2.2704	-2.3864	1.9236	-2.2384	2.9555	0.3708	-0.3301	0.5511	0.0438	-0.171	-0.3255	-0.363	0.4278	-0.1998	0.07	-0.0065	0.2429	0.2713	0.0207	0.5476	37.77	9.822	38.601
9	14.1182	-2.2561	-3.4704	14.9009	2.3067	5.773	0.2446	0.9448	0.9263	-0.484	0.3499	0.6312	-0.7164	-0.3641	-0.5945	0.07	-0.0601	0.3543	0.1127	0.1395	0.3777	43.465	21.489	19.182
10	6.0639	3.1134	-4.3864	5.8218	-4.26	6.2832	0.3189	-0.0577	1.0425	-0.1904	0.3565	0.1671	-0.3056	-0.2934	-0.6755	0.0406	-0.055	0.3078	0.0793	0.019	0.5736	48.681	22.679	23.451
11	3.715	0.1148	0.0131	7.0938	0.3334	1.4876	-0.1965	0.2529	-0.1019	-0.648	0.0634	0.1155	-0.2393	-0.6411	0.1331	0.3385	0.121	-0.1972	0.2605	-0.071	0.0586	-17.973	13.429	13.012
12	9.1223	4.2343	-8.486	8.7586	-8.6073	14.1609	-0.5574	1.1703	1.3852	-0.7267	0.9758	0.8889	-1.1151	-1.8979	-0.4183	0.3849	0.37	-0.3599	0.2733	0.0101	0.5461	-23.56	35.153	11.929
13	2.9955	0.9991	0.4596	2.0983	1.4147	2.4803	-0.2056	0.1623	0.1988	-0.095	0.0323	0.2632	-0.4762	-0.5247	0.1732	0.3608	0.1913	-0.1596	0.1744	-0.0385	0.225	-14.668	25.657	17.185
14	0.3852	0.4162	-0.094	7.0607	0.4298	6.638	-0.0472	0.2286	-0.1347	-0.5216	0.049	0.0453	-0.0287	0.1465	-0.0018	0.3142	-0.0019	-0.057	0.1427	-0.0945	0.2357	-4.773	17.187	12.826
15	2.1737	1.5172	-1.1704	3.9393	0.2565	2.5598	-0.2529	0.0487	-0.3415	-0.1693	0.1054	-0.5748	-0.1881	0.1506	0.1475	0.2569	0.029	-0.0299	0.136	-0.0728	0.3136	2.886	18.205	22.316
16	0.4462	0.3687	-0.6177	1.4102	-0.0559	1.0418	0.1273	-0.4184	0.1878	0.22	-0.0994	0.272	-0.4351	-0.124	-0.0279	0.4201	0.0482	-0.0866	0.1585	-0.0742	0.3323	-1.166	26.647	29.457
17	8.8774	0.6451	2.0778	1.6739	-3.4571	8.4874	-0.3165	0.426	0.0903	-0.4771	-0.1875	-0.9723	-0.4195	1.2771	0.5041	0.3849	-0.201	0.0151	0.0869	-0.1562	0.4115	15.765	28.071	24.954
18	3.0257	1.6757	2.1666	1.6328	2.2564	3.1353	-0.2105	0.2475	0.2822	-0.3497	0.3449	-0.32	-0.4595	0.5299	-0.1344	0.459	-0.0748	0.0145	0.0047	-0.0858	0.3253	10.155	31.801	26.202
19	7.9036	-2.3686	3.1522	7.136	0.805	11.2234	0.0502	-1.223	-0.1091	0.7916	0.2052	-0.1562	0.7032	-0.4561	-0.2553	0.1839	-0.019	-0.0458	-0.0678	-0.1598	0.4383	20.987	36.654	46.489
20	5.8107	0.7766	3.2048	3.3079	3.8097	5.6235	-0.2419	-0.2859	0.209	-0.1154	0.4869	-0.4107	0.1214	0.2969	-0.245	0.1273	-0.0421	0.0042	0.0535	-0.2369	0.4489	22.507	41.646	41.96

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	18 - 63	3 - 48
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	64 - 86	49 - 71
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	87 - 172	72 - 157
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	173 - 212	158 - 197
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	213 - 249	198 - 234
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	250 - 303	235 - 288
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	304 - 327	289 - 312
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	328 - 366	313 - 351
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	367 - 397	352 - 382
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	398 - 469	383 - 454
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	18 - 63	3 - 48
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	64 - 86	49 - 71
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	B	87 - 172	72 - 157
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	B	173 - 212	158 - 197
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	B	213 - 253	198 - 238
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	B	254 - 303	239 - 288
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	B	304 - 327	289 - 312
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	B	328 - 366	313 - 351
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	B	367 - 398	352 - 383
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	B	399 - 469	384 - 454

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)