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万見
- PDB-2ox6: Crystal structure of gene product SO3848 from Shewanella oneidens... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ox6
タイトルCrystal structure of gene product SO3848 from Shewanella oneidensis MR-1
要素Hypothetical protein SO3848
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Shewanella oneidensis / PSI-2 / MCSG / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF4447 / Domain of unknown function (DUF4447) / Putative cytoplasmic protein / Putative cytoplasmic protein / YdiL domain superfamily / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella oneidensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Zhang, R. / Bigelow, L. / Giuliani, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of gene product SO3848 from Shewanella oneidensis MR-1
著者: Zhang, R. / Bigelow, L. / Giuliani, S. / Joachimiak, A.
履歴
登録2007年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein SO3848
B: Hypothetical protein SO3848
C: Hypothetical protein SO3848
D: Hypothetical protein SO3848
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,59714
ポリマ－75,3534
非ポリマー24310
水14,034779
1
A: Hypothetical protein SO3848
B: Hypothetical protein SO3848
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7746
ポリマ－37,6772
非ポリマー974
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2390 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area16840 Å2
手法PISA
2
C: Hypothetical protein SO3848
D: Hypothetical protein SO3848
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8238
ポリマ－37,6772
非ポリマー1466
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2530 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area16830 Å2
手法PISA
3
C: Hypothetical protein SO3848
D: Hypothetical protein SO3848
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein SO3848
B: Hypothetical protein SO3848
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,59714
ポリマ－75,3534
非ポリマー24310
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_745-x+2,y-1/2,-z+1/21
Buried area6750 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area31930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.068, 88.680, 117.527
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細This protein existed as dimer. The deposited structure (MolA/B, MolC/D) represents two dimers in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質
Hypothetical protein SO3848


分子量: 18838.369 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア)
株: MR-1 / 遺伝子: SO_3848 / プラスミド: PDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8EAP9
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 779 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.48 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1.0M (NH4)2SO4, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 1% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月26日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→70.71 Å / Num. all: 75810 / Num. obs: 71755 / % possible obs: 94.65 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 26.25
反射 シェル解像度: 1.7→1.746 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.581 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 56.42

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→70.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 4.273 / SU ML: 0.081 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.122
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2393 3795 5 %RANDOM
Rwork0.19901 ---
obs0.20105 71755 94.65 %-
all-71755 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.728 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.52 Å20 Å20 Å2
2--0.74 Å20 Å2
3----0.22 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.042 Å0.04 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.5 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→70.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5176 0 10 779 5965
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0225263
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1931.9697147
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9315644
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.54725.663249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.83215954
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.5481524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2827
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023928
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.22583
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.23712
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1960.2618
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.340.211
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3020.288
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.260.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.4280.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7311.53317
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.15925227
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.98632210
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1254.51920
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.75 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 182 -
Rwork0.284 3110 -
obs--56.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3209-0.5114-0.40090.46890.14760.9430.00860.05030.08530.044-0.0168-0.0312-0.10050.02870.0081-0.0688-0.0279-0.0058-0.01410.0022-0.117362.03831.2311.826
22.351-0.5585-0.61620.39430.09940.8576-0.0472-0.2161-0.17840.0230.02410.02770.09970.07870.0231-0.084-0.0001-0.00720.00720.0259-0.126475.76912.60314.238
31.4951-0.624-0.3060.84810.45271.07370.03270.02130.1284-0.0618-0.049-0.0378-0.0534-0.00990.0163-0.077-0.01830.0043-0.04770.0217-0.116755.225-11.83511.553
43.1086-0.4797-1.08890.3285-0.02481.1853-0.1876-0.1199-0.26120.01110.05790.04190.24440.10470.12970.01010.00250.003-0.06730.0159-0.137266.822-31.87714.391
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA5 - 805 - 80
2X-RAY DIFFRACTION1AA81 - 16681 - 166
3X-RAY DIFFRACTION2BB5 - 805 - 80
4X-RAY DIFFRACTION2BB81 - 16681 - 166
5X-RAY DIFFRACTION3CC4 - 804 - 80
6X-RAY DIFFRACTION3CC81 - 16681 - 166
7X-RAY DIFFRACTION4DD6 - 806 - 80
8X-RAY DIFFRACTION4DD81 - 16681 - 166

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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