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Yorodumi- PDB-2ox6: Crystal structure of gene product SO3848 from Shewanella oneidens... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2ox6 | ||||||
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Title | Crystal structure of gene product SO3848 from Shewanella oneidensis MR-1 | ||||||
Components | Hypothetical protein SO3848 | ||||||
Keywords | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Shewanella oneidensis / PSI-2 / MCSG / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Shewanella oneidensis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Zhang, R. / Bigelow, L. / Giuliani, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: The crystal structure of gene product SO3848 from Shewanella oneidensis MR-1 Authors: Zhang, R. / Bigelow, L. / Giuliani, S. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2ox6.cif.gz | 156.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2ox6.ent.gz | 123.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2ox6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2ox6_validation.pdf.gz | 449.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2ox6_full_validation.pdf.gz | 454 KB | Display | |
Data in XML | 2ox6_validation.xml.gz | 33.2 KB | Display | |
Data in CIF | 2ox6_validation.cif.gz | 49.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/2ox6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/2ox6 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Details | This protein existed as dimer. The deposited structure (MolA/B, MolC/D) represents two dimers in the asymmetric unit. |
-Components
#1: Protein | Mass: 18838.369 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Shewanella oneidensis (bacteria) / Strain: MR-1 / Gene: SO_3848 / Plasmid: PDM68 / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: Q8EAP9 #2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.48 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 1.0M (NH4)2SO4, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 1% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9798 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jun 26, 2005 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si 111 channel / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9798 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→70.71 Å / Num. all: 75810 / Num. obs: 71755 / % possible obs: 94.65 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 26.25 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.746 Å / Redundancy: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.581 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 56.42 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.7→70.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 4.273 / SU ML: 0.081 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.122 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 30.728 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→70.71 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.7→1.75 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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