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- PDB-2owq: Crystal structure of vaccinia virus uracil-DNA glycosylase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2owq
タイトルCrystal structure of vaccinia virus uracil-DNA glycosylase
要素Uracil-DNA glycosylase
キーワードHYDROLASE / Uracil-DNA Glycosylase Fold in the Core: 3 layers (a/b/a) / and parallel beta-sheet of 4 strands in the order 2134 / Novel Features: Beta-Sheets at N- and C-terminus
機能・相同性
機能・相同性情報


uracil-DNA glycosylase / uracil DNA N-glycosylase activity / DNA repair / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E / Uracil-DNA glycosylase-like domain / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Uracil-DNA glycosylase / Uracil-DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus Western Reserve (ウイルス)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Schormann, N. / Chattopadhyay, D.
引用ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of vaccinia virus uracil-DNA glycosylase reveals dimeric assembly
著者: Schormann, N. / Grigorian, A. / Samal, A. / Krishnan, R. / DeLucas, L. / Chattopadhyay, D.
履歴
登録2007年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32016年6月29日Group: Source and taxonomy
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uracil-DNA glycosylase
B: Uracil-DNA glycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,21311
ポリマ－54,5062
非ポリマー7079
水2,630146
1
A: Uracil-DNA glycosylase
ヘテロ分子

A: Uracil-DNA glycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,03810
ポリマ－54,5062
非ポリマー5318
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
2
B: Uracil-DNA glycosylase
ヘテロ分子

B: Uracil-DNA glycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,38912
ポリマ－54,5062
非ポリマー88310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-2/31
単位格子
Length a, b, c (Å)85.197, 85.197, 139.725
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: 2

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1AA-1 - 21819 - 238
2BB-8 - 21812 - 238
詳細The asymmetric unit contains two chains related by non-crystallographic symmetry. The biological assembly is likely a dimer generated from each chain by space group symmetry operations. The second part of the biological assembly of chain A is generated by the space group symmetry operation: y, x, -z. The second part of the biological assembly of chain B is generated by the space group symmetry operation: -x, y-x, 2/3-z.

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Uracil-DNA glycosylase / UDG


分子量: 27253.119 Da / 分子数: 2 / 変異: D17N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus Western Reserve (ウイルス)
属: Orthopoxvirus / 遺伝子: D4R, VACWR109 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS Rosetta
参照: UniProt: Q91UM2, UniProt: P04303*PLUS, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素

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非ポリマー , 5種, 155分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.18 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.25
詳細: 1.5 M ammonium sulfate, 12% glycerol, 0.1M Hepes, pH 7.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年10月2日 / 詳細: Osmic Mirrors
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→19.96 Å / Num. all: 23203 / Num. obs: 23203 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.68 % / Biso Wilson estimate: 35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.4→2.48 Å / 冗長度: 2.65 % / Rmerge(I) obs: 0.299 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 0.299 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0011精密化
StructureStudioデータ収集
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.4→19.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 21.213 / SU ML: 0.26 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.43 / ESU R Free: 0.303 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2995 1194 5.2 %RANDOM
Rwork0.2407 ---
all0.2436 23150 --
obs0.2436 21956 98.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å2-0.03 Å20 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3514 0 45 146 3705
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0223667
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1271.9624974
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0445440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.08224.268157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.97415613
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.181514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2544
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022749
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.21704
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.22464
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.2181
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2420.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2390.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2651.52269
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.46323596
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.50931618
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.8324.51377
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A835tight positional0.180.05
1B849medium positional0.50.5
2A835tight thermal0.290.5
2B849medium thermal0.442
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 98 -
Rwork0.295 1601 -
obs-1699 99.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.64271.7162-0.14593.3452-0.24722.62460.33180.05480.10520.3655-0.18970.29940.4267-0.6948-0.1422-0.0166-0.2665-0.0189-0.0010.0632-0.0761-36.725-26.555-11.123
22.90661.3943-0.10413.5539-0.54372.4170.4619-0.2802-0.03110.5534-0.3727-0.06870.2725-0.4019-0.08920.0652-0.3174-0.0497-0.0430.0312-0.126-30.436-23.726-5.317
32.92062.0213-0.64194.5562-0.40773.93530.4691-0.4286-0.20931.0728-0.456-0.19070.14530.0835-0.01310.1461-0.2654-0.0922-0.15680.0928-0.0443-20.947-18.564-2.411
43.70420.449-1.29290.7718-0.34923.4567-0.00090.2304-0.1560.13090.02040.01360.2636-0.1736-0.0195-0.2518-0.0337-0.006-0.10390.0894-0.0937-15.44-16.496-32.742
53.55090.7136-0.74141.4694-0.21982.3024-0.03310.4552-0.12550.00110.11450.04780.1399-0.0141-0.0814-0.2944-0.0157-0.01820.05460.0887-0.1178-9.81-13.466-39.016
64.2567-0.12640.6842.148-0.125.06230.12380.3838-0.0377-0.16620.1431-0.1445-0.05020.2957-0.2669-0.2897-0.041-0.02510.08610.1173-0.0526-1.048-7.523-42.503
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 9721 - 117
2X-RAY DIFFRACTION2AA98 - 162118 - 182
3X-RAY DIFFRACTION3AA163 - 218183 - 238
4X-RAY DIFFRACTION4BB1 - 9721 - 117
5X-RAY DIFFRACTION5BB98 - 162118 - 182
6X-RAY DIFFRACTION6BB163 - 218183 - 238

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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