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- PDB-2ovg: Lambda Cro Q27P/A29S/K32Q triple mutant at 1.35 A in space group P3221 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ovg
タイトルLambda Cro Q27P/A29S/K32Q triple mutant at 1.35 A in space group P3221
要素Phage lambda Cro
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription factor / helix-turn-helix / bacteriophage / flexibility
機能・相同性
機能・相同性情報


latency-replication decision / release from viral latency / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / negative regulation of viral transcription / response to UV / core promoter sequence-specific DNA binding / protein homodimerization activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
CRO Repressor / Regulatory protein cro superfamily / Cro / Regulatory protein cro / CRO Repressor / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulatory protein cro
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage lambda (λファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Hall, B.M. / Heroux, A. / Roberts, S.A. / Cordes, M.H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Two structures of a lambda Cro variant highlight dimer flexibility but disfavor major dimer distortions upon specific binding of cognate DNA.
著者: Hall, B.M. / Roberts, S.A. / Heroux, A. / Cordes, M.H.
履歴
登録2007年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phage lambda Cro
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6943
ポリマ－7,3591
非ポリマー3342
水1,946108
1
A: Phage lambda Cro
ヘテロ分子

A: Phage lambda Cro
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3886
ポリマ－14,7192
非ポリマー6694
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+2/31
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
A: Phage lambda Cro
ヘテロ分子

A: Phage lambda Cro
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3886
ポリマ－14,7192
非ポリマー6694
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-1/31
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)50.524, 50.524, 48.148
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細The asymmetric unit contains a monomer which is half of the biological assembly. The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -x, y-x, 2/3-z

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要素

#1: タンパク質 Phage lambda Cro


分子量: 7359.418 Da / 分子数: 1 / 変異: Q27P, A29S, K32Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage lambda (λファージ)
属: Lambda-like viruses / 遺伝子: cro / プラスミド: pET21b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03040
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.5 M lithium sulfate, 0.1 M Na Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 0.96 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月25日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si (111) Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→50 Å / Num. all: 15657 / Num. obs: 15657 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 17.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Χ2: 1.941 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 1.35→1.4 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2.96 / Num. unique all: 1513 / Χ2: 1.719 / % possible all: 96.5

-
位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.4 Å15.64 Å
Translation1.4 Å15.64 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6CRO protein portion

6cro


解像度: 1.35→43.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.494 / SU ML: 0.028 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.171 788 5 %RANDOM
Rwork0.132 ---
obs0.134 15657 97.77 %-
all-15657 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.781 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å20.16 Å20 Å2
2--0.33 Å20 Å2
3----0.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→43.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数454 0 11 108 573
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.022530
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.02389
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.291.979723
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8773950
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.062571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.04622.69226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.4871599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.031156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.277
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02591
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02115
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2340.2100
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1910.2374
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.2265
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0770.2290
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1350.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1750.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1560.226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0352340
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1692124
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.573512
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.9129236
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.99912203
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.51131030
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free12.2833108
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.8673903
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 61 -
Rwork0.222 1063 -
obs-1124 96.32 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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