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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ouw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Alkylhydroperoxidase AhpD core (YP_425393.1) from Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 at 1.95 A resolution | ||||||
![]() | Alkylhydroperoxidase AhpD core | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / YP_425393.1 / Carboxymuconolactone decarboxylase family / Alkylhydroperoxidase AhpD core / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of Alkylhydroperoxidase AhpD core (YP_425393.1) from Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 at 1.95 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 ... BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF THE HEXAMER AS A BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE. | ||||||
Remark 999 | SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ... SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 66.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 52.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 452.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 456 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: GLY / End label comp-ID: VAL / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 0 - 134 / Label seq-ID: 1 - 135
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詳細 | SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF THE HEXAMER AS A BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15031.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: NCIB 8255 / 遺伝子: YP_425393.1, Rru_A0301 / プラスミド: speedET / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-NA / | #3: 化合物 | 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #4: 化合物 | ChemComp-ACY / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.8 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 4.6 詳細: NANODROP, 0.2M (NH4)2SO4, 25.0% PEG 4000, 0.1M Acetate pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K, pH 4.60 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月17日 / 詳細: FLAT MIRROR (VERTICAL FOCUSING) | |||||||||
放射 | モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL SI(111) BENT (HORIZONTAL FOCUSING) プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.95→48.507 Å / Num. obs: 19429 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.65 % / Biso Wilson estimate: 32.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 14.05 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 5.69 % / Rmerge(I) obs: 0.572 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 96.6 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. ACETATE (ACY) MOLECULES FROM THE CRYSTALLIZATION WERE MODELED INTO THE STRUCTURE. A SODIUM ION WAS MODELED AT A SPECIAL POSITION BETWEEN TWO SYMMETRY- RELATED ASPARTIC ACID SIDECHAINS. 5. ELECTRON DENSITY INDICATES THE PRESENCE OF AN INTRA-SUBUNIT DISULFIDE BOND BETWEEN THE SIDECHAINS OF CYS 83 AND CYS 86 OF BOTH SUBUNITS IN THE ASYMMETRIC UNIT. 6. THE REFINED CRYSTAL STRUCTURE INDICATES THE SIDECHAIN OF GLU A130 IS SITUATED NEAR A CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY AXIS, HOWEVER THE POSITIONS OF THE ATOMS FOR THIS RESIDUE ON SUBUNIT A COULD NOT BE RELIABLY MODELED. 7. UNKNOWN LIGANDS (UNL) WERE MODELED INTO THE PUTATIVE ACTIVE SITES ON BOTH SUBUNITS IN THE ASYMMETRIC UNIT.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→48.507 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1880 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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