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万見
- PDB-2out: Solution Structure of HI1506, a Novel Two Domain Protein from Hae... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2out
タイトルSolution Structure of HI1506, a Novel Two Domain Protein from Haemophilus influenzae
要素Mu-like prophage FluMu protein gp35, Protein HI1507 in Mu-like prophage FluMu region
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Haemophilus influenzae / hypothetical protein / Structure 2 Function Project / S2F
機能・相同性
機能・相同性情報


Ribosomal Protein L9; domain 1 - #80 / Mu-like prophage FluMu N-terminal domain / Mu-like prophage FluMu N-terminal domain / HeH/LEM domain / HeH/LEM domain / SAP domain / Ribosomal Protein L9; domain 1 / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / Rho termination factor, N-terminal domain superfamily / SAP domain superfamily ...Ribosomal Protein L9; domain 1 - #80 / Mu-like prophage FluMu N-terminal domain / Mu-like prophage FluMu N-terminal domain / HeH/LEM domain / HeH/LEM domain / SAP domain / Ribosomal Protein L9; domain 1 / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / Rho termination factor, N-terminal domain superfamily / SAP domain superfamily / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mu-like prophage FluMu protein gp35 / Mu-like prophage FluMu protein gp35
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法溶液NMR / structures were calculated using standard simulated annealing, torsion angle dynamics protocols in CNS version 1.1
データ登録者Sari, N. / He, Y. / Doseeva, V. / Surabian, K. / Schwarz, F. / Herzberg, O. / Orban, J. / Structure 2 Function Project (S2F)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: Solution structure of HI1506, a novel two-domain protein from Haemophilus influenzae.
著者: Sari, N. / He, Y. / Doseeva, V. / Surabian, K. / Ramprakash, J. / Schwarz, F. / Herzberg, O. / Orban, J.
履歴
登録2007年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 999 SEQUENCE TWO DOMAINS: FROM FLUMU PROTEIN GP35 (HI1506) CONTAINING RESIDUES 4-70, AND FROM PROTEIN ... SEQUENCE TWO DOMAINS: FROM FLUMU PROTEIN GP35 (HI1506) CONTAINING RESIDUES 4-70, AND FROM PROTEIN HI1507 (RESIDUES 682-821), ARE LINKED BY PEPTIDE OF THE SEQUENCE GSDEQKQLRADPPSTDLNTFTV (RESIDUES 71-94).

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mu-like prophage FluMu protein gp35, Protein HI1507 in Mu-like prophage FluMu region


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1401
ポリマ－14,1401
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with acceptable covalent geometry
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Mu-like prophage FluMu protein gp35, Protein HI1507 in Mu-like prophage FluMu region


分子量: 14139.681 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
株: DSM 11121, KW20, Rd / 遺伝子: HI1506, HI1507 / プラスミド: pET 100/D-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star DE3 / 参照: UniProt: P44228, UniProt: P44229

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy. The protein consists of two domains connected by a linker loop (30 a.a residues long). The pdb file is generated by ...Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy. The protein consists of two domains connected by a linker loop (30 a.a residues long). The pdb file is generated by superimposing the N-domain (residues 7-56) in which case C-domain (residues 89-120) cannot be superimposed. The same is true for the case where C-domain is superimposed. N-domain shows up all over the superimposed domain.

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試料調製

詳細内容: 1mM HI1506 U-13C, 15N
溶媒系: 50mM Potassium phosphate pH 7.0, 100mM NaCl, 1mM DTT; 90% H2O, 10% D2O
試料状態イオン強度: 50mM Potassium phosphate, 100mM NaCl, 1mM DTT
pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.5Bruker-biospincollection
CNS1.1Brunger構造決定
NMRPipeDelaglio解析
SparkyGoddard and Knellerデータ解析
CNS1.1Brunger精密化
精密化手法: structures were calculated using standard simulated annealing, torsion angle dynamics protocols in CNS version 1.1
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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