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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2out | ||||||
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タイトル | Solution Structure of HI1506, a Novel Two Domain Protein from Haemophilus influenzae | ||||||
要素 | Mu-like prophage FluMu protein gp35, Protein HI1507 in Mu-like prophage FluMu region | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Haemophilus influenzae / hypothetical protein / Structure 2 Function Project / S2F | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Ribosomal Protein L9; domain 1 - #80 / Mu-like prophage FluMu N-terminal domain / Mu-like prophage FluMu N-terminal domain / HeH/LEM domain / HeH/LEM domain / SAP domain / Ribosomal Protein L9; domain 1 / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / Rho termination factor, N-terminal domain superfamily / Orthogonal Bundle ...Ribosomal Protein L9; domain 1 - #80 / Mu-like prophage FluMu N-terminal domain / Mu-like prophage FluMu N-terminal domain / HeH/LEM domain / HeH/LEM domain / SAP domain / Ribosomal Protein L9; domain 1 / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / Rho termination factor, N-terminal domain superfamily / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) | ||||||
手法 | 溶液NMR / structures were calculated using standard simulated annealing, torsion angle dynamics protocols in CNS version 1.1 | ||||||
データ登録者 | Sari, N. / He, Y. / Doseeva, V. / Surabian, K. / Schwarz, F. / Herzberg, O. / Orban, J. / Structure 2 Function Project (S2F) | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007 タイトル: Solution structure of HI1506, a novel two-domain protein from Haemophilus influenzae. 著者: Sari, N. / He, Y. / Doseeva, V. / Surabian, K. / Ramprakash, J. / Schwarz, F. / Herzberg, O. / Orban, J. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE TWO DOMAINS: FROM FLUMU PROTEIN GP35 (HI1506) CONTAINING RESIDUES 4-70, AND FROM PROTEIN ... SEQUENCE TWO DOMAINS: FROM FLUMU PROTEIN GP35 (HI1506) CONTAINING RESIDUES 4-70, AND FROM PROTEIN HI1507 (RESIDUES 682-821), ARE LINKED BY PEPTIDE OF THE SEQUENCE GSDEQKQLRADPPSTDLNTFTV (RESIDUES 71-94). |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2out.cif.gz | 775.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2out.ent.gz | 648.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2out.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2out_validation.pdf.gz | 348 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2out_full_validation.pdf.gz | 533.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2out_validation.xml.gz | 64.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2out_validation.cif.gz | 83.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/2out ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/2out | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14139.681 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 株: DSM 11121, KW20, Rd / 遺伝子: HI1506, HI1507 / プラスミド: pET 100/D-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star DE3 / 参照: UniProt: P44228, UniProt: P44229 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy. The protein consists of two domains connected by a linker loop (30 a.a residues long). The pdb file is generated by ...Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy. The protein consists of two domains connected by a linker loop (30 a.a residues long). The pdb file is generated by superimposing the N-domain (residues 7-56) in which case C-domain (residues 89-120) cannot be superimposed. The same is true for the case where C-domain is superimposed. N-domain shows up all over the superimposed domain. |
-試料調製
詳細 | 内容: 1mM HI1506 U-13C, 15N 溶媒系: 50mM Potassium phosphate pH 7.0, 100mM NaCl, 1mM DTT; 90% H2O, 10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 50mM Potassium phosphate, 100mM NaCl, 1mM DTT pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz |
-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: structures were calculated using standard simulated annealing, torsion angle dynamics protocols in CNS version 1.1 ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |