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- PDB-2oul: The Structure of Chagasin in Complex with a Cysteine Protease Cla... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oul
タイトルThe Structure of Chagasin in Complex with a Cysteine Protease Clarifies the Binding Mode and Evolution of a New Inhibitor Family
要素
  • Chagasin
  • Falcipain 2
キーワードHYDROLASE/hydrolase inhibitor / cysteine protease / inhibitor / macromolecular interaction / HYDROLASE-hydrolase inhibitor COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ciliary pocket / MHC class II antigen presentation / Neutrophil degranulation / food vacuole / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / cysteine-type peptidase activity / proteolysis involved in protein catabolic process / cytoplasmic vesicle / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lysosome ...ciliary pocket / MHC class II antigen presentation / Neutrophil degranulation / food vacuole / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / cysteine-type peptidase activity / proteolysis involved in protein catabolic process / cytoplasmic vesicle / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lysosome / cysteine-type endopeptidase activity / cell surface / proteolysis / extracellular space / membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #2020 / Proteinase inhibitor I42, chagasin / Chagasin-like superfamily / : / Chagasin family peptidase inhibitor I42 / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, histidine active site ...Immunoglobulin-like - #2020 / Proteinase inhibitor I42, chagasin / Chagasin-like superfamily / : / Chagasin family peptidase inhibitor I42 / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Falcipain-2a / Chagasin / Falcipain 2
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Wang, S.X. / Chand, K. / Huang, R. / Whisstock, J. / Jacobelli, J. / Fletterick, R.J. / Rosenthal, P.J. / McKerrow, J.H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: The structure of chagasin in complex with a cysteine protease clarifies the binding mode and evolution of an inhibitor family.
著者: Wang, S.X. / Pandey, K.C. / Scharfstein, J. / Whisstock, J. / Huang, R.K. / Jacobelli, J. / Fletterick, R.J. / Rosenthal, P.J. / Abrahamson, M. / Brinen, L.S. / Rossi, A. / Sali, A. / McKerrow, J.H.
履歴
登録2007年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Falcipain 2
B: Chagasin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2412
ポリマ－39,2412
非ポリマー00
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.236, 94.236, 119.764
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Falcipain 2


分子量: 27186.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 遺伝子: AAF97809 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 Prep4
参照: UniProt: Q9N6S8, UniProt: Q8I6U4*PLUS, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: タンパク質 Chagasin


分子量: 12054.476 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
遺伝子: cha / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): m15 (pREP4) / 参照: UniProt: Q966X9
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.71 %
結晶化温度: 277 K / pH: 7
詳細: 20% (v/v) PEG-300, 0.1 M Tris pH 8.5, 5% (w/v) PEG8000, and 10-15% (v/v) glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K, pH 7.00

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月10日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.2→47.12 Å / Num. obs: 27127 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.336 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.351 / % possible all: 84

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YVB.PDB

1yvb


解像度: 2.2→47.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 9.14 / SU ML: 0.122 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23153 1361 5 %RANDOM
Rwork0.18643 ---
obs0.18869 25763 96.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.485 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20 Å20 Å2
2--0.23 Å20 Å2
3----0.47 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.42 Å0.39 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2735 0 0 171 2906
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222807
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021887
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5191.9473794
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97734607
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.585346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.16124.962133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.11915465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.995159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2398
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023159
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02568
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.2429
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1940.21833
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.21276
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.21480
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.2162
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.030.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2010.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3170.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0131.52202
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1661.5713
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2722765
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.17431308
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.154.51029
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.258 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 82 -
Rwork0.271 1490 -
obs--77.36 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3683-0.0867-0.5880.5301-0.06760.77470.04610.0066-0.0288-0.025-0.02750.02670.0034-0.0018-0.0186-0.0455-0.0055-0.0132-0.0429-0.0091-0.0474130.063678.629-171.6676
22.0316-1.67651.85442.3979-2.49963.19920.09670.1210.0614-0.13970.04410.1155-0.1395-0.0696-0.1408-0.02520.053-0.0058-0.02590.0543-0.0601117.67696.5519-195.1148
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-16 - 224
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 108

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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