PDB-2otd: The crystal structure of the glycerophosphodiester phosphodiester...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2otd

タイトル

The crystal structure of the glycerophosphodiester phosphodiesterase from Shigella flexneri 2a

要素

Glycerophosphodiester phosphodiesterase

キーワード

HYDROLASE / Glycerophosphodiester phosphodiesterase / structural genomics / MCSG / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphoric diester hydrolase activity / lipid metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Zhang, R. / Wu, R. / Clancy, S. / Jiang, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the glycerophosphodiester phosphodiesterase from Shigella flexneri 2a
著者: Zhang, R. / Wu, R. / Clancy, S. / Jiang, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2007年2月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2otd.cif.gz	197.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2otd.ent.gz	161.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2otd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2otd_validation.pdf.gz	463.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2otd_full_validation.pdf.gz	489 KB	表示
XML形式データ	2otd_validation.xml.gz	43.9 KB	表示
CIF形式データ	2otd_validation.cif.gz	57.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/2otd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/2otd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4gn2-d 3bvg-d 2bej-d 3fe2-1 4l5n-4 6gg8-d 5mwp-d 3jwg-d 1sq6-d 2oax-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC28280

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

その他のデータベース

TargetDB: APC28280

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glycerophosphodiester phosphodiesterase

B: Glycerophosphodiester phosphodiesterase

C: Glycerophosphodiester phosphodiesterase

D: Glycerophosphodiester phosphodiesterase

ヘテロ分子

111 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Glycerophosphodiester phosphodiesterase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Glycerophosphodiester phosphodiesterase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Glycerophosphodiester phosphodiesterase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Glycerophosphodiester phosphodiesterase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.617, 82.185, 223.202
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

This protein exists as monomer. The deposited coords represent 4 monomers in the asymmetric unit.

#1: タンパク質	Glycerophosphodiester phosphodiesterase 分子量: 27676.691 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) 株: 2457T, 301 / 遺伝子: ugpQ, SF3466, S_4296 / プラスミド: PDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: Q83PU8, UniProt: A0A0H2V2B5*PLUS, phosphodiesterase I
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.15 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 0.3M KCl, 10% PEG 6000, 15% Glycerol, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9798 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月5日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 44142 / Num. obs: 44014 / % possible obs: 99.71 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.2 % / B_iso Wilson estimate: 27 Å² / R_merge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 19.56
反射シェル	解像度: 2.6→2.668 Å / 冗長度: 7.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / R_sym value: 0.78 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.6→40.06 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU B: 22.631 / SU ML: 0.233 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.453 / ESU R Free: 0.307
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27567	2365	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22095	-	-	-
obs	0.22362	44014	99.71 %	-
all	-	44014	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.395 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.58 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.34 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.93 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.205 Å	0.043 Å
Luzzati d res low	-	6 Å
Luzzati sigma a	0.5 Å	0.04 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→40.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7612	0	20	132	7764

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	7808
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5316
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.508	1.964	10604
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.96	3	12952
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.962	5	976
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.552	23.882	340
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.004	15	1320
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.905	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	1164
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	8672
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1528
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	1934
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.203	0.2	5656
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	3701
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.094	0.2	4275
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	250
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.132	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.282	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.271	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.206	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.004	1.5	5868
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.139	1.5	1988
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.14	2	7764
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.814	3	3374
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.519	4.5	2840
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.379	172	-
R_work	0.334	3195	-
obs	-	-	99.2 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 95.584 Å / Origin y: 53.638 Å / Origin z: -17.387 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.241 Å²	-0.0384 Å²	-0.0704 Å²	-	0.4164 Å²	0.0102 Å²	-	-	0.2039 Å²
L	0.3351 °²	-0.0374 °²	-0.5785 °²	-	0.3394 °²	-0.0827 °²	-	-	1.0632 °²
S	-0.0711 Å °	-0.0567 Å °	0.0314 Å °	-0.0778 Å °	0.198 Å °	0.0215 Å °	0.2407 Å °	0.0177 Å °	-0.127 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 50	2 - 50
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	51 - 100	51 - 100
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	101 - 150	101 - 150
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	151 - 200	151 - 200
5	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	201 - 246	201 - 246
6	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	2 - 50	2 - 50
7	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	51 - 100	51 - 100
8	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	101 - 150	101 - 150
9	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	151 - 200	151 - 200
10	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	201 - 246	201 - 246
11	X-RAY DIFFRACTION	1	C	C	2 - 50	2 - 50
12	X-RAY DIFFRACTION	1	C	C	51 - 100	51 - 100
13	X-RAY DIFFRACTION	1	C	C	101 - 150	101 - 150
14	X-RAY DIFFRACTION	1	C	C	151 - 200	151 - 200
15	X-RAY DIFFRACTION	1	C	C	201 - 246	201 - 246
16	X-RAY DIFFRACTION	1	D	D	2 - 50	2 - 50
17	X-RAY DIFFRACTION	1	D	D	51 - 100	51 - 100
18	X-RAY DIFFRACTION	1	D	D	101 - 150	101 - 150
19	X-RAY DIFFRACTION	1	D	D	151 - 200	151 - 200
20	X-RAY DIFFRACTION	1	D	D	201 - 246	201 - 246

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