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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2otd | ||||||
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タイトル | The crystal structure of the glycerophosphodiester phosphodiesterase from Shigella flexneri 2a | ||||||
![]() | Glycerophosphodiester phosphodiesterase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Glycerophosphodiester phosphodiesterase / structural genomics / MCSG / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, R. / Wu, R. / Clancy, S. / Jiang, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of the glycerophosphodiester phosphodiesterase from Shigella flexneri 2a 著者: Zhang, R. / Wu, R. / Clancy, S. / Jiang, S. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 193.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 164.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 464.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 490.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 39.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 53.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | This protein exists as monomer. The deposited coords represent 4 monomers in the asymmetric unit. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27676.691 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: 2457T, 301 / 遺伝子: ugpQ, SF3466, S_4296 / プラスミド: PDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q83PU8, UniProt: A0A0H2V2B5*PLUS, phosphodiesterase I #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.15 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 0.3M KCl, 10% PEG 6000, 15% Glycerol, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月5日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9798 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 44142 / Num. obs: 44014 / % possible obs: 99.71 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 19.56 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.668 Å / 冗長度: 7.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / Rsym value: 0.78 / % possible all: 99.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.395 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→40.06 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 95.584 Å / Origin y: 53.638 Å / Origin z: -17.387 Å
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精密化 TLSグループ |
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