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- PDB-2otd: The crystal structure of the glycerophosphodiester phosphodiester... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2otd | ||||||
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Title | The crystal structure of the glycerophosphodiester phosphodiesterase from Shigella flexneri 2a | ||||||
![]() | Glycerophosphodiester phosphodiesterase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Glycerophosphodiester phosphodiesterase / structural genomics / MCSG / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, R. / Wu, R. / Clancy, S. / Jiang, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: The crystal structure of the glycerophosphodiester phosphodiesterase from Shigella flexneri 2a Authors: Zhang, R. / Wu, R. / Clancy, S. / Jiang, S. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 193.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 164.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 464.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 490.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 39.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 53.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Details | This protein exists as monomer. The deposited coords represent 4 monomers in the asymmetric unit. |
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Components
#1: Protein | Mass: 27676.691 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q83PU8, UniProt: A0A0H2V2B5*PLUS, phosphodiesterase I #2: Chemical | ChemComp-PO4 / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.34 Å3/Da / Density % sol: 63.15 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.6 Details: 0.3M KCl, 10% PEG 6000, 15% Glycerol, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Dec 5, 2006 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si 111 channel / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9798 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→50 Å / Num. all: 44142 / Num. obs: 44014 / % possible obs: 99.71 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 19.56 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.668 Å / Redundancy: 7.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / Rsym value: 0.78 / % possible all: 99.2 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.395 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→40.06 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 95.584 Å / Origin y: 53.638 Å / Origin z: -17.387 Å
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Refinement TLS group |
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