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- PDB-2otc: ORNITHINE TRANSCARBAMOYLASE COMPLEXED WITH N-(PHOSPHONACETYL)-L-O... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2otc
タイトルORNITHINE TRANSCARBAMOYLASE COMPLEXED WITH N-(PHOSPHONACETYL)-L-ORNITHINE
要素ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / OTCASE / ORNITHINE / TRANSCARBAMOYLASE / ARGININE SYNTHESIS / UREA CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


ornithine carbamoyltransferase / ornithine carbamoyltransferase activity / citrulline biosynthetic process / arginine biosynthetic process via ornithine / amino acid binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ornithine carbamoyltransferase / Ornithine/putrescine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain ...Ornithine carbamoyltransferase / Ornithine/putrescine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-(PHOSPHONOACETYL)-L-ORNITHINE / Ornithine carbamoyltransferase subunit I
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli BL21 (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Ha, Y. / Allewell, N.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997
タイトル: Substrate-induced conformational change in a trimeric ornithine transcarbamoylase.
著者: Ha, Y. / McCann, M.T. / Tuchman, M. / Allewell, N.M.
履歴
登録1997年6月15日処理サイト: BNL
改定 1.01998年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE
B: ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE
C: ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE
D: ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE
E: ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE
F: ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE
G: ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE
H: ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE
I: ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)334,28818
ポリマ－332,0019
非ポリマー2,2889
水6,161342
1
A: ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE
B: ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE
C: ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,4296
ポリマ－110,6673
非ポリマー7633
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7460 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area34300 Å2
手法PISA
2
D: ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE
E: ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE
F: ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,4296
ポリマ－110,6673
非ポリマー7633
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7470 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area34280 Å2
手法PISA
3
G: ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE
H: ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE
I: ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,4296
ポリマ－110,6673
非ポリマー7633
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7510 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area34220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.030, 114.690, 93.780
Angle α, β, γ (deg.)86.99, 93.11, 118.81
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.491485, -0.323452, 0.808592), (0.16914, 0.87534, 0.45296), (-0.854303, 0.359388, -0.375508)5.0134, -17.384, 59.9344
2given(-0.500611, 0.17919, -0.846923), (-0.326, 0.867295, 0.376196), (0.801943, 0.464425, -0.375762)55.7815, -4.8444, 25.7847
3given(-0.502788, 0.856027, -0.12009), (-0.863338, -0.504211, 0.020464), (-0.043033, 0.113967, 0.992552)50.6518, 126.2208, 29.8148
4given(0.48172, 0.875212, 0.04415), (0.32853, -0.133659, -0.934988), (-0.812412, 0.464908, -0.35192)25.0807, 130.79761, 87.3221
5given(-0.12933, 0.608696, 0.782791), (0.605679, -0.576555, 0.548395), (0.785128, 0.545045, -0.294109)15.2199, 80.2781, 52.7466
6given(-0.512685, -0.857224, -0.048172), (0.85423, -0.514925, 0.071714), (-0.086279, -0.004383, 0.996261)128.4445, 11.4168, -30.4104
7given(0.153948, -0.596352, -0.787823), (-0.56609, -0.706732, 0.42435), (-0.809841, 0.380651, -0.446388)137.47591, 29.5266, 29.0635
8given(0.496235, -0.857695, 0.134577), (-0.196833, -0.262118, -0.944749), (0.845582, 0.442328, -0.298894)102.4937, 63.5039, -9.67

-
要素

#1: タンパク質
ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE / OTCASE / L-ORNITHINE CARBAMOYL PHOSPHATE TRANSFERASE


分子量: 36888.953 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-(PHOSPHONACETYL)-L-ORNITHINE
由来: (組換発現) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
生物種: Escherichia coli / 株: BL21 (DE3) / 細胞株: BL21 / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: ARGI / プラスミド: PET-ARGI / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): ARGI / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P04391, ornithine carbamoyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-PAO / N-(PHOSPHONOACETYL)-L-ORNITHINE / N5-(ホスホノアセチル)オルニチン


分子量: 254.178 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H15N2O6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 342 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化pH: 8.5
詳細: 14% PEG 4K, 90MM NA ACETATE, 70MM MGCL2, 2% MPD, 45% TRIS-HCL PH 8.5
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop solution was mixed with an equal volume of reservoir solution
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
115 mg/mlprotein1drop
21 mg/mlPALO1drop
310 mMHEPES1drop
414 %PEG33501reservoir
590 mMsodium acetate1reservoir
670 mM1reservoirMgCl2
72 %MPD1reservoir
845 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年2月1日 / 詳細: NO
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→15 Å / Num. obs: 53778 / % possible obs: 58 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 9.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.8→3 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.262 / Rsym value: 0.208 / % possible all: 20
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 20 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
XENGENデータ削減
XENGENデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OTC

1otc


解像度: 2.8→15 Å / Data cutoff high absF: 40 / Data cutoff low absF: 2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 5000 10 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.213 50112 58 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2579 0 16 38 2633
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.664
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.48
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.202
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: STRICT
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.93 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 156 10.3 %
Rwork0.327 1352 -
obs--17 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PROTOPH19X.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.48
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.202
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.327

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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