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- PDB-2osl: Crystal structure of Rituximab Fab in complex with an epitope peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2osl
タイトルCrystal structure of Rituximab Fab in complex with an epitope peptide
要素
  • B-lymphocyte antigen CD20
  • heavy chain of the Rituximab Fab fragment,heavy chain of the Rituximab Fab fragment
  • light chain of the Rituximab Fab fragment,light chain of the Rituximab Fab fragment
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab-peptide complex / Rituximab / chimeric antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


store-operated calcium entry / calcium ion import into cytosol / positive regulation of calcium ion import across plasma membrane / epidermal growth factor receptor binding / B cell activation / B cell proliferation / humoral immune response / plasma membrane raft / immunoglobulin binding / B cell differentiation ...store-operated calcium entry / calcium ion import into cytosol / positive regulation of calcium ion import across plasma membrane / epidermal growth factor receptor binding / B cell activation / B cell proliferation / humoral immune response / plasma membrane raft / immunoglobulin binding / B cell differentiation / B cell receptor signaling pathway / protein tetramerization / response to bacterium / MHC class II protein complex binding / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Membrane-spanning 4-domains subfamily A / CD20-like family / CD20-like family / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
B-lymphocyte antigen CD20
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Du, J. / Zhong, C. / Ding, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Structural basis for recognition of CD20 by therapeutic antibody Rituximab
著者: Du, J. / Wang, H. / Zhong, C. / Peng, B. / Zhang, M. / Li, B. / Huo, S. / Guo, Y. / Ding, J.
履歴
登録2007年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42020年1月15日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name ..._entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num
改定 1.52020年6月17日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / struct_biol
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.62023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.72024年4月10日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.gene_src_genus
改定 1.82024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE Sequence database references for chain L, B and chain H, A do not currently exist.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: light chain of the Rituximab Fab fragment,light chain of the Rituximab Fab fragment
H: heavy chain of the Rituximab Fab fragment,heavy chain of the Rituximab Fab fragment
B: light chain of the Rituximab Fab fragment,light chain of the Rituximab Fab fragment
A: heavy chain of the Rituximab Fab fragment,heavy chain of the Rituximab Fab fragment
P: B-lymphocyte antigen CD20
Q: B-lymphocyte antigen CD20


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,3286
ポリマ－99,3286
非ポリマー00
水3,819212
1
L: light chain of the Rituximab Fab fragment,light chain of the Rituximab Fab fragment
H: heavy chain of the Rituximab Fab fragment,heavy chain of the Rituximab Fab fragment
P: B-lymphocyte antigen CD20


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6643
ポリマ－49,6643
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: light chain of the Rituximab Fab fragment,light chain of the Rituximab Fab fragment
A: heavy chain of the Rituximab Fab fragment,heavy chain of the Rituximab Fab fragment
Q: B-lymphocyte antigen CD20


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6643
ポリマ－49,6643
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.421, 98.809, 107.241
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細the Biological Assembly is monomer.

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要素

#1: 抗体 light chain of the Rituximab Fab fragment,light chain of the Rituximab Fab fragment


分子量: 23078.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The protein was produced as a chimeric fab fragment. residues 1-106 is from murine and 107-213 is from human.
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
生物種: , / 解説: The antibody was purchased from Roche. / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
#2: 抗体 heavy chain of the Rituximab Fab fragment,heavy chain of the Rituximab Fab fragment


分子量: 23733.541 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The protein was produced as a chimeric fab fragment. residues 1-121 is from murine and 122-224 is from human.
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
生物種: , / 解説: The antibody was purchased from Roche. / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質・ペプチド B-lymphocyte antigen CD20 / B-lymphocyte surface antigen B1 / Bp35 / Leukocyte surface antigen Leu-16 / Membrane-spanning 4- ...B-lymphocyte surface antigen B1 / Bp35 / Leukocyte surface antigen Leu-16 / Membrane-spanning 4-domains subfamily A member 1


分子量: 2852.051 Da / 分子数: 2 / Fragment: epitope peptide / 由来タイプ: 合成
詳細: the epitope peptide was synthesized at Shanghai Science Peptide Biological Technology
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P11836
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.14 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M calcium acetate, 0.1M sodium cacodylate, 18% PEG8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 32638 / Num. obs: 29570 / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 62.749 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.076 / Χ2: 0.892 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.434 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2958 / Rsym value: 0.434 / Χ2: 0.492 / % possible all: 91.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQUANTUMデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AD0

1ad0


解像度: 2.6→43.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1491027.625 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.296 1460 5 %RANDOM
Rwork0.239 ---
all-32153 --
obs-29131 90.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.903 Å2 / ksol: 0.341 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.91 Å20 Å20 Å2
2---1.32 Å20 Å2
3----8.59 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.57 Å0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→43.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6888 0 0 212 7100
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d29
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.88
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.11.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.922
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.262
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.822.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.428 230 4.8 %
Rwork0.356 4600 -
obs-4830 91.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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