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- PDB-2os6: Solution structure of LARG PDZ domain in complex with C-terminal ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2os6
タイトルSolution structure of LARG PDZ domain in complex with C-terminal octa-peptide of Plexin B1
要素
  • C-terminal peptide of Plexin-B1
  • Rho guanine nucleotide exchange factor 12
キーワードCELL ADHESION / nerve system development / cytoskeleton rearrangement
機能・相同性
機能・相同性情報


Rho-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / semaphorin receptor binding / negative regulation of osteoblast proliferation / semaphorin receptor complex / negative regulation of cell adhesion / semaphorin receptor activity / GTPase activating protein binding / RHOD GTPase cycle / inhibitory synapse assembly / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse ...Rho-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / semaphorin receptor binding / negative regulation of osteoblast proliferation / semaphorin receptor complex / negative regulation of cell adhesion / semaphorin receptor activity / GTPase activating protein binding / RHOD GTPase cycle / inhibitory synapse assembly / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / positive regulation of axonogenesis / regulation of small GTPase mediated signal transduction / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / ossification involved in bone maturation / RHOB GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / positive regulation of Rho protein signal transduction / RHOC GTPase cycle / regulation of cytoskeleton organization / semaphorin-plexin signaling pathway / CDC42 GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / Rho protein signal transduction / synapse assembly / positive regulation of GTPase activity / GTPase activator activity / neuron projection morphogenesis / regulation of cell migration / guanyl-nucleotide exchange factor activity / G protein-coupled receptor binding / transmembrane signaling receptor activity / cell migration / G alpha (12/13) signalling events / regulation of cell shape / postsynaptic membrane / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / intracellular signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / glutamatergic synapse / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ARHGEF12, PH domain / LARG, RGS domain / Plexin-B, PSI domain / Regulator of G protein signalling-like domain / Regulator of G protein signalling-like domain / Plexin A/B, PSI domain / Plexin, TIG domain 2 / TIG domain found in plexin / Plexin, TIG domain 1 / TIG domain ...ARHGEF12, PH domain / LARG, RGS domain / Plexin-B, PSI domain / Regulator of G protein signalling-like domain / Regulator of G protein signalling-like domain / Plexin A/B, PSI domain / Plexin, TIG domain 2 / TIG domain found in plexin / Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin, cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / ARHGEF1-like, PH domain / PH domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / RGS, subdomain 2 / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / RGS domain superfamily / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / Rho GTPase activation protein / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / IPT domain / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / PDZ domain / Pdz3 Domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / PDZ domain / Pleckstrin homology domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / PH-like domain superfamily / Immunoglobulin E-set / Roll / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Plexin-B1 / Rho guanine nucleotide exchange factor 12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / Distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
データ登録者Liu, J. / Huang, H. / Yang, Y.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of the LARG PDZ domain in complex with C-terminal peptide of Plexin B1
著者: Liu, J. / Huang, H. / Yang, Y.
履歴
登録2007年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rho guanine nucleotide exchange factor 12
B: C-terminal peptide of Plexin-B1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2882
ポリマ－10,2882
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Rho guanine nucleotide exchange factor 12 / LARG protein / Leukemia-associated RhoGEF


分子量: 9369.684 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET15b (+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9NZN5
#2: タンパク質・ペプチド C-terminal peptide of Plexin-B1 / Semaphorin receptor SEP


分子量: 918.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans / 参照: UniProt: O43157

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1223D 13C-separated NOESY
1322D, 13C, 15N-filtered, 13C-edited NOESY
142DQF-COSY
1522D TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8mM 15N, 13C-labeled LARG PDZ domain, 5mM EDTA, 1mM DTT, 7.6mM synthetic peptide, 50mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O50mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O
20.8mM 15N, 13C-labeled LARG PDZ domain, 5mM EDTA, 1mM DTT, 7.6mM synthetic peptide, 50mM phosphate buffer, 99.9% D2O50mM phosphate buffer, 99.9% D2O
試料状態イオン強度: 50 mM phosphate buffer, 50mM NaCl / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX5001
Bruker DMXBrukerDMX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSCns 1.1Brunger A. T. etall構造決定
NMRPipeNmrpipe 2.2F.Delaglio解析
Sparky 3Sparky 3T.D.Goddard and D.G.Knellerデータ解析
Molmol 2k.2Molmol 2k.2Koradi解析
Csi 1.0Csi 1.0David S. Wishart精密化
精密化手法: Distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: The complex structure is solved using a total of 1306 experimental restraints that include 1155 intramolecular NOEs, 90 dihedral angle restraints and 61 intermolecular NOEs derived from NMR spectroscopy
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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