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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2orv | ||||||
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タイトル | human Thymidine Kinase 1 in complex with TP4A | ||||||
![]() | Thymidine kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / TK-1 (THYMIDINE KINASE 1) / TP4A (P1-(5'-ADENOSYL)P4-(5'-(2'DEOXYTHYMIDIL))TETRAPHOSPHATE | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA synthesis involved in mitotic DNA replication / thymidine biosynthetic process / thymidine metabolic process / thymidine kinase / thymidine kinase activity / Pyrimidine salvage / nucleobase-containing compound metabolic process / G1/S-Specific Transcription / protein homotetramerization / phosphorylation ...DNA synthesis involved in mitotic DNA replication / thymidine biosynthetic process / thymidine metabolic process / thymidine kinase / thymidine kinase activity / Pyrimidine salvage / nucleobase-containing compound metabolic process / G1/S-Specific Transcription / protein homotetramerization / phosphorylation / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Segura-Pena, D. / Lutz, S. / Monnerjahn, C. / Konrad, M. / Lavie, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Binding of ATP to TK1-like Enzymes Is Associated with a Conformational Change in the Quaternary Structure. 著者: Segura-Pena, D. / Lutz, S. / Monnerjahn, C. / Konrad, M. / Lavie, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 83.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 61.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 982.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 990.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 18 - 191 / Label seq-ID: 18 - 191
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25383.578 Da / 分子数: 2 / 変異: K203A, E204A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.59 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 2.8 M NaCl, 0.1M MES, 0.1M NaH2PO4, 0.1M KH2PO4, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 225 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月17日 |
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.072 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.08→19.5 Å / Num. all: 36463 / Num. obs: 34789 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 49.199 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 10.54 |
反射 シェル | 解像度: 2.08→2.21 Å / 冗長度: 3.18 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. measured obs: 14395 / Num. unique all: 4526 / Rsym value: 0.354 / % possible all: 79 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 56.246 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.5 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: B / Ens-ID: 1 / 数: 1228 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
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