PDB-2orc: CRO REPRESSOR INSERTION MUTANT K56-[DGEVK], NMR, 32 STRUCTURES

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2orc

タイトル

CRO REPRESSOR INSERTION MUTANT K56-[DGEVK], NMR, 32 STRUCTURES

要素

CRO REPRESSOR

キーワード

GENE REGULATING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

latency-replication decision / release from viral latency / negative regulation of viral transcription / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / core promoter sequence-specific DNA binding / response to UV / protein homodimerization activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage lambda (λファージ)

手法

溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING

データ登録者

Mossing, M.C.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998
タイトル: Solution structure and dynamics of a designed monomeric variant of the lambda Cro repressor.
著者: Mossing, M.C.

履歴

登録	1998年1月20日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1998年5月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月16日	Group: Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2orc.cif.gz	698.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2orc.ent.gz	593.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2orc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/2orc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/2orc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1zzi-2 1b4o-d 2n3s-d 3lf5-2 1rhw-d 5y3c-d 6e55-3 2d8j-d 1qvp-d 2kh9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CRO REPRESSOR

7.91 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	32 / 50	NO DISTANCE VIOLATION > 0.5A, NO DIHEDRAL VIOLATION > 5 DEGREES
代表モデル

#1: タンパク質	CRO REPRESSOR 分子量: 7905.048 Da / 分子数: 1 / 変異: INS(K56-DGEVK) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RESULTS IN A 71-RESIDUE STABLE MONOMER MUTANT 由来: (組換発現) Enterobacteria phage lambda (λファージ) 属: Lambda-like viruses / 遺伝子: CRO MUTANT K56-[DGEVK] / プラスミド: PUCRO.MDG / 遺伝子 (発現宿主): CRO MUTANT K56-[DGEVK] / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): X90 / 参照: UniProt: P03040

#1: タンパク質

CRO REPRESSOR

分子量: 7905.048 Da / 分子数: 1 / 変異: INS(K56-DGEVK) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RESULTS IN A 71-RESIDUE STABLE MONOMER MUTANT
由来: (組換発現)

Enterobacteria phage lambda (λファージ)
属: Lambda-like viruses / 遺伝子: CRO MUTANT K56-[DGEVK] / プラスミド: PUCRO.MDG / 遺伝子 (発現宿主): CRO MUTANT K56-[DGEVK] / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): X90 / 参照: UniProt: P03040

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実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	COSY
1	3	1	TOCSY
1	4	1	HSQC-NOESY
1	5	1	HSQC-TOCSY

-
試料調製

試料状態	pH: 4.6 / 温度: 298 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian UNITY	Varian	UNITY	500	1
Varian UNITYPLUS	Varian	UNITYPLUS	600	2

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
X-PLOR	モデル構築
X-PLOR	精密化
X-PLOR	位相決定

NMR software

名称	開発者	分類
X-PLOR	BRUNGER	精密化
X-PLOR		構造決定

精密化

手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL REFERENCE.

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: NO DISTANCE VIOLATION > 0.5A, NO DIHEDRAL VIOLATION > 5 DEGREES
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 32

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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