PDB-2oqz: The crystal structure of sortase B from B.anthracis in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2oqz

タイトル

The crystal structure of sortase B from B.anthracis in complex with AAEK2

要素

Sortase B

キーワード

HYDROLASE / sortase B protein / inhibitor / B.anthracis / the Great Lakes Regional Center of Excellence (GLRCE)

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis str. (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Wu, R. / Zhang, R. / Maresso, A.W. / Schneewind, O. / Joachimiak, A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Activation of inhibitors by sortase triggers irreversible modification of the active site.
著者: Maresso, A.W. / Wu, R. / Kern, J.W. / Zhang, R. / Janik, D. / Missiakas, D.M. / Duban, M.E. / Joachimiak, A. / Schneewind, O.

履歴

登録	2007年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Advisory / Structure summary / カテゴリ: audit_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2oqz.cif.gz	60.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2oqz.ent.gz	47.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2oqz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2oqz_validation.pdf.gz	446.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2oqz_full_validation.pdf.gz	448.9 KB	表示
XML形式データ	2oqz_validation.xml.gz	13.6 KB	表示
CIF形式データ	2oqz_validation.cif.gz	19.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/2oqz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/2oqz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2oqwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1rz2-d 2wje-d 3s7t-2 3oqj-2 2g9n-1 4oze-2 5yfk-d 2zfz-3 5c30-d 3sp4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Sortase B

ヘテロ分子

27.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.490, 64.964, 43.653
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.06, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

this protein exists as a monomer

#1: タンパク質	Sortase B / Hypothetical protein 分子量: 26991.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis str. (炭疽菌) / 生物種: Bacillus anthracis / 株: Ames / 遺伝子: BA_4783, BAS4438, GBAA4783 / プラスミド: PDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: Q81L49, UniProt: A0A6L8PZR0*PLUS, cruzipain
#2: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.71 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M LiSO4, 19% PEG6000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9798 Å
検出器	タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月24日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 28881 / Num. obs: 27707 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 15.78
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 1.72 / Num. unique all: 1315 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.6→42.14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 3.563 / SU ML: 0.063 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.101
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22619	1467	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19074	-	-	-
all	0.19249	27372	-	-
obs	0.19249	27372	99.58 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.044 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.04 Å²	0 Å²	0.16 Å²
2-	-	-0.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→42.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1804	0	8	231	2043

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	1861
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.236	1.953	2503
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.189	3	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.495	5	215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.483	24.608	102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.632	15	337
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.907	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	261
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1431
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	874
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.09	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	1297
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	169
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.187	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.169	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.822	1.5	1103
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.271	2	1739
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.922	3	872
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.996	4.5	764
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.298	114	-
R_work	0.276	1947	-
obs	-	2061	97.59 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 10.569 Å / Origin y: 28.729 Å / Origin z: 29.342 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.091 Å²	-0.0032 Å²	0.0146 Å²	-	-0.0991 Å²	0.005 Å²	-	-	-0.062 Å²
L	2.1027 °²	0.075 °²	0.0828 °²	-	1.5938 °²	0.1127 °²	-	-	1.1653 °²
S	0.0002 Å °	-0.0713 Å °	-0.0572 Å °	0.0096 Å °	-0.0063 Å °	0.0503 Å °	-0.0412 Å °	0.0125 Å °	0.0061 Å °

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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