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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2oqw | ||||||
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タイトル | The crystal structure of sortase B from B.anthracis in complex with AAEK1 | ||||||
要素 | Sortase B | ||||||
キーワード | HYDROLASE / SortaseB protein / inhibitor / B. anthracis / the Great Lakes Regional Center of Excellence / GLRCE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus anthracis str. (炭疽菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Wu, R. / Zhang, R. / Marresso, A.W. / Schneewind, O. / Joachimiak, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007 タイトル: Activation of inhibitors by sortase triggers irreversible modification of the active site. 著者: Maresso, A.W. / Wu, R. / Kern, J.W. / Zhang, R. / Janik, D. / Missiakas, D.M. / Duban, M.E. / Joachimiak, A. / Schneewind, O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2oqw.cif.gz | 60.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2oqw.ent.gz | 44 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2oqw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2oqw_validation.pdf.gz | 441.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2oqw_full_validation.pdf.gz | 445 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2oqw_validation.xml.gz | 11.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2oqw_validation.cif.gz | 15.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/2oqw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/2oqw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | this protein exists as a monomer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26928.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis str. (炭疽菌) / 株: Ames / 遺伝子: BA_4783, BAS4438, GBAA4783 / プラスミド: pDM68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q81L49, UniProt: A0A6L8PZR0*PLUS |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE E.C. NUMBER FOR THIS PROTEIN IS 3.4.22.B51 ACCORDING TO BRENDA ENZYME INFORMATIO |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.09 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M MgCl2, 25% PEG4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9798 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月5日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9798 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 14492 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 20.95 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 1.87 / Num. unique all: 1119 / % possible all: 72.33 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→44.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 9.945 / SU ML: 0.135 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.211 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.175 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→44.54 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 13.9762 Å / Origin y: 5.4348 Å / Origin z: 11.7745 Å
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