PDB-5jvx: X-ray structure of the adduct formed in the reaction between thau...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jvx

タイトル

X-ray structure of the adduct formed in the reaction between thaumatin and a gold carbene compound

要素

Thaumatin-1

キーワード

PLANT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

cytoplasmic vesicle
類似検索 - 分子機能

生物種

Thaumatococcus daniellii (植物)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Ferraro, G. / Merlino, A.

引用

ジャーナル: Bioconjug.Chem. / 年: 2016
タイトル: First Crystal Structure for a Gold Carbene-Protein Adduct.
著者: Ferraro, G. / Gabbiani, C. / Merlino, A.

履歴

登録	2016年5月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月27日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jvx.cif.gz	99 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jvx.ent.gz	76.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jvx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/5jvx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/5jvx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3qy5S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1lxz-d 4diy-d 3vcg-d 3vce-d 1lr2-d 4ekt-d 6fj9-d 6c6w-d 4dj0-d 4axu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (8) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thaumatin-1

ヘテロ分子

24.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.912, 57.912, 150.136
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Thaumatin-1 / Thaumatin I 分子量: 22227.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thaumatococcus daniellii (植物) / 参照: UniProt: P02883
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 化合物	ChemComp-6O0 / (1-butyl-3-methyl-1,3-dihydro-2H-imidazol-2-ylidene)(chloro)gold 分子量: 370.630 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₄AuClN₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.56 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 0.2 M sodium tartrate pH 7.2, 20 % polyethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月21日 / 詳細: mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→57.91 Å / Num. obs: 27058 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 20.9 % / R_merge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 37
反射シェル	最高解像度: 1.7 Å / R_merge(I) obs: 1.74 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / CC_1/2: 0.59 / R_pim(I) all: 0.48

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3QY5

3qy5

解像度: 1.7→54.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 1.899 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.093 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1874	1323	4.9 %	RANDOM
R_work	0.16988	-	-	-
obs	0.17076	25708	93.09 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.949 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.13 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.13 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.7→54.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1551	0	57	313	1921

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.02	1758
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	1533
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.385	1.982	2403
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.943	3.002	3562
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.416	5	228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.11	22.817	71
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.596	15	263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.771	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	246
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	2071
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	397
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.191	2.118	876
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.187	2.114	875
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.942	3.173	1110
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.944	3.177	1111
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.702	2.358	882
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.701	2.358	883
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.862	3.451	1296
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.326	20.235	2275
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.35	20.13	2258
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.264	78	-
R_work	0.277	1619	-
obs	-	-	80.81 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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