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- PDB-2oqm: Crystal structure of a dinb family member protein (sden_0562) fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oqm
タイトルCrystal structure of a dinb family member protein (sden_0562) from shewanella denitrificans at 1.83 A resolution
要素Hypothetical protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性Protein of unknown function DUF1993 / Domain of unknown function (DUF1993) / dinb family like domain / DinB/YfiT-like putative metalloenzymes / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / FORMIC ACID / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Shewanella denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein (YP_561575.1) from Shewanella denitrificans OS-217 at 1.83 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2007年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999 SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein
B: Hypothetical protein
C: Hypothetical protein
D: Hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,02046
ポリマ－87,8254
非ポリマー2,19542
水9,818545
1
A: Hypothetical protein
B: Hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,22427
ポリマ－43,9132
非ポリマー1,31125
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7980 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area15370 Å2
手法PISA
2
C: Hypothetical protein
D: Hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,79719
ポリマ－43,9132
非ポリマー88417
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7980 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area15660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.437, 71.722, 93.489
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.350, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: GLY / End label comp-ID: TYR / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 0 - 168 / Label seq-ID: 19 - 187

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

-
要素

#1: タンパク質
Hypothetical protein


分子量: 21956.258 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella denitrificans (バクテリア)
株: OS217, DSM 15013 / 遺伝子: YP_561575.1, Sden_0562 / プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q12RS4
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物...
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 545 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: NANODROP, 0.271M Ammonium formate, 18.5% Polyethylene glycol 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837, 0.97908, 0.97874
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月18日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979081
30.978741
反射解像度: 1.83→45.22 Å / Num. obs: 68483 / % possible obs: 92.9 % / Biso Wilson estimate: 31.626 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 8.61
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique all% possible all
1.83-1.90.4672.214330615583.2
1.9-1.970.3732.712889552187.3
1.97-2.060.2823.514599624489.5
2.06-2.170.2114.615071647492.1
2.17-2.310.1575.915764676694.8
2.31-2.480.1227.214791632395.7
2.48-2.730.0889.215790677096.9
2.73-3.130.06612.116052686997
3.130.04216.715867675397.6

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
SHELX位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345CCDデータ収集
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.83→45.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 6.306 / SU ML: 0.093 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.115
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. FMT, CL AND EDO ARE MODELED BASED ON THE CRYSTALLIZATION CONDITIONS OR CRYOPROTECTANT. 5. THE REGION D115-123 HAS POORLY DEFINED ELECTRON DENSITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.196 3437 5 %RANDOM
Rwork0.157 ---
all0.159 ---
obs0.159 68463 98.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.558 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.79 Å20 Å2-2.01 Å2
2---0.3 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→45.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5581 0 141 545 6267
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0225881
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.023903
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4921.9627921
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.08939519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8675740
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.01524.61269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.14115966
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2311526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2892
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026529
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021189
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.21366
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1880.24276
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1920.22890
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.22853
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.2429
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2560.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2790.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1660.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.00233753
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8431486
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.76155768
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.85782419
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.534112140
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2051 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1AMEDIUM POSITIONAL0.320.5
2BMEDIUM POSITIONAL0.40.5
3CMEDIUM POSITIONAL0.310.5
4DMEDIUM POSITIONAL0.570.5
1AMEDIUM THERMAL1.352
2BMEDIUM THERMAL1.382
3CMEDIUM THERMAL1.122
4DMEDIUM THERMAL1.322
LS精密化 シェル解像度: 1.83→1.88 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 246 -
Rwork0.261 4772 -
obs-5018 98.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3954-0.25160.22410.7747-0.19521.12870.07270.0283-0.1394-0.0367-0.00860.13320.1707-0.0447-0.0642-0.0442-0.01370.0039-0.0641-0.01930.018916.5-13.17730.063
20.7948-0.06280.40430.6328-0.47081.3956-0.04070.14470.03250.0073-0.0653-0.0261-0.11650.22850.106-0.0441-0.02370.0273-0.01610.0005-0.034931.163-1.53724.514
30.7546-0.57330.49170.4562-0.55751.965-0.04350.10930.19550.0545-0.1077-0.1706-0.16730.57850.1512-0.0445-0.05520.00060.13350.01270.031251.92-10.1463.521
40.9775-0.34290.67080.4825-0.4641.5647-0.0231-0.16950.02820.11310.04740.0317-0.0827-0.0196-0.0243-0.01620.00140.04-0.022-0.0211-0.027834.472-12.97871.825
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA-8 - 17111 - 190
22BB-4 - 17315 - 192
33CC-5 - 17314 - 192
44DD-6 - 17113 - 190

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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