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- PDB-2oq0: Crystal Structure of the First HIN-200 Domain of Interferon-Induc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oq0
タイトルCrystal Structure of the First HIN-200 Domain of Interferon-Inducible Protein 16
要素Gamma-interferon-inducible protein Ifi-16
キーワードPROTEIN BINDING / OB folds / beta-barrels / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of AIM2 inflammasome complex assembly / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity / STING mediated induction of host immune responses / myeloid cell differentiation / activation of cysteine-type endopeptidase activity / IRF3-mediated induction of type I IFN / negative regulation of gene expression, epigenetic / negative regulation of viral genome replication / negative regulation of DNA binding / monocyte differentiation ...negative regulation of AIM2 inflammasome complex assembly / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity / STING mediated induction of host immune responses / myeloid cell differentiation / activation of cysteine-type endopeptidase activity / IRF3-mediated induction of type I IFN / negative regulation of gene expression, epigenetic / negative regulation of viral genome replication / negative regulation of DNA binding / monocyte differentiation / transcription factor binding / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / cellular response to interferon-beta / cellular response to glucose starvation / negative regulation of innate immune response / activation of innate immune response / positive regulation of interleukin-1 beta production / regulation of autophagy / positive regulation of cytokine production / cellular response to ionizing radiation / autophagy / double-stranded DNA binding / defense response to virus / nuclear speck / inflammatory response / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleoplasm / membrane / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
HIN-200/IF120x / HIN-200 family / HIN-200/IF120x domain / HIN-200 A and B domains profile. / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Death-like domain superfamily / Nucleic acid-binding proteins ...HIN-200/IF120x / HIN-200 family / HIN-200/IF120x domain / HIN-200 A and B domains profile. / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Death-like domain superfamily / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-interferon-inducible protein 16
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lam, R. / Liao, J.C.C. / Ravichandran, M. / Ma, J. / Tempel, W. / Chirgadze, N.Y. / Arrowsmith, C.H. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the First HIN-200 Domain of Interferon-Inducible Protein 16
著者: Liao, J.C.C. / Lam, R. / Ravichandran, M. / Ma, J. / Tempel, W. / Chirgadze, N.Y. / Arrowsmith, C.H.
履歴
登録2007年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-interferon-inducible protein Ifi-16
B: Gamma-interferon-inducible protein Ifi-16
C: Gamma-interferon-inducible protein Ifi-16
D: Gamma-interferon-inducible protein Ifi-16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,6555
ポリマ－96,6204
非ポリマー351
水2,864159
1
A: Gamma-interferon-inducible protein Ifi-16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1551
ポリマ－24,1551
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Gamma-interferon-inducible protein Ifi-16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1551
ポリマ－24,1551
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Gamma-interferon-inducible protein Ifi-16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1902
ポリマ－24,1551
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Gamma-interferon-inducible protein Ifi-16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1551
ポリマ－24,1551
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.335, 88.959, 112.831
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.370, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Gamma-interferon-inducible protein Ifi-16 / Interferon-inducible myeloid differentiation transcriptional activator / IFI 16


分子量: 24154.961 Da / 分子数: 4 / 断片: First HIN200 Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFI16, IFNGIP1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Condon-Plus / 参照: UniProt: Q16666
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 26% PEG 6000, 0.1M TRIS-HCl pH 8.5, 0.2M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月9日
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled Si(111) double-crystal system
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 57163 / Num. obs: 55105 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 32.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Χ2: 2.671 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.389 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 4915 / Rsym value: 0.389 / Χ2: 0.764 / % possible all: 85.7

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set
IDR cullis acentricR cullis centric最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Reflection acentricReflection centric
ISO_100247.19534321631
ANO_10.6850247.19515940
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)R cullis acentricR cullis centricReflection acentricReflection centric
ISO_18.8-47.190056172
ISO_16.27-8.800110190
ISO_15.14-6.2700145090
ISO_14.46-5.1400171089
ISO_13.99-4.4600194184
ISO_13.64-3.9900214284
ISO_13.38-3.6400234485
ISO_13.16-3.3800250688
ISO_12.98-3.1600265783
ISO_12.83-2.9800280386
ISO_12.69-2.8300298581
ISO_12.58-2.6900310483
ISO_12.48-2.5800321084
ISO_12.39-2.4800334281
ISO_12.31-2.3900349385
ISO_12.24-2.3100357478
ISO_12.17-2.2400367880
ISO_12.11-2.1700365276
ISO_12.05-2.1100367766
ISO_12-2.0500350266
ANO_18.8-47.190.32505090
ANO_16.27-8.80.299010680
ANO_15.14-6.270.355014090
ANO_14.46-5.140.444016630
ANO_13.99-4.460.488018800
ANO_13.64-3.990.494020840
ANO_13.38-3.640.523022710
ANO_13.16-3.380.587024700
ANO_12.98-3.160.645026270
ANO_12.83-2.980.698027780
ANO_12.69-2.830.762029690
ANO_12.58-2.690.833030770
ANO_12.48-2.580.883031930
ANO_12.39-2.480.933033180
ANO_12.31-2.390.951034580
ANO_12.24-2.310.973034940
ANO_12.17-2.240.985035640
ANO_12.11-2.170.991034090
ANO_12.05-2.110.996033090
ANO_12-2.051.002030440
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
1-15.06-17.881-54.319SE37.762.6
20.976-15.442-65.257SE39.952.47
36.3687.193-100.599SE40.862.13
412.217-31.13-74.277SE45.021.71
53.65315.205-122.243SE63.222.31
6-17.606-33.838-40.315SE45.651.78
713.454-21.995-94.2SE45.361.4
8-22.124-19.565-57.078SE50.881.72
98.7979.636-120.086SE40.911.2
1013.2127.704-97.025SE70.561.72
117.766-12.252-63.067SE58.821.26
12-3.82-38.156-40.527SE75.731.68
13-25.291-21.778-23.864SE69.031.48
14-23.801-24.216-65.563SE56.11
153.285-41.575-70.91SE84.441.73
16-22.708-41.592-39.035SE75.741.28
17-15.995-15.464-14.49SE107.211.63
1812.795-14.509-92.54SE60.480.86
192.93-26.063-104.353SE100.71.69
20-30.17-16.164-27.875SE87.051.01
21-22.729-34.244-76.843SE92.060.94
22-22.251-34.362-73.003SE87.110.93
23-9.161-22.183-107.717SE68.960.62
24-32.514-13.548-54.216SE64.010.58
25-0.923-29.864-10.376SE64.90.56
26-6.22-22.951-107.452SE64.90.53
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 55063
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
9.42-10065.10.693521
7.11-9.42630.854717
5.95-7.1160.80.859925
5.21-5.9559.10.891048
4.7-5.2157.60.9261183
4.31-4.755.20.9291289
4.01-4.3159.50.9211413
3.76-4.0158.40.9151505
3.55-3.7660.60.911557
3.37-3.55610.9061692
3.22-3.3760.50.8921750
3.09-3.2262.60.8861801
2.97-3.0961.60.881933
2.86-2.9766.60.8741945
2.77-2.8665.50.872044
2.68-2.7768.60.8662105
2.6-2.6869.20.8672168
2.53-2.669.80.8562228
2.47-2.5370.60.8622286
2.4-2.4774.40.8762332
2.35-2.473.90.8692384
2.29-2.3574.80.8742447
2.24-2.2976.60.882490
2.2-2.2479.80.882568
2.15-2.281.50.8942527
2.11-2.15820.8812599
2.07-2.1183.40.8762553
2.04-2.0784.70.7762504
2-2.0484.20.8132549

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
直接法5位相決定
REFMACrefmac_5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
JDirectorデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→41.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 10.431 / SU ML: 0.142 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.208 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 2783 5.1 %RANDOM
Rwork0.208 ---
all0.211 55055 --
obs0.211 55055 96.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.771 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20 Å20.11 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→41.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6141 0 1 159 6301
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0226264
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3321.9648412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3335757
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.06325.484279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.583151288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7541521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2968
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024493
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.22457
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.24272
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1280.2262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1520.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1780.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8231.53910
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.28726196
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.85232599
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8594.52213
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 196 -
Rwork0.255 3378 -
obs-3574 84.49 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5635-0.5219-0.86792.8911-0.37744.75950.0978-0.0556-0.0639-0.0826-0.0153-0.0161-0.54110.0979-0.0826-0.01410.01410.0254-0.1309-0.0232-0.12020.40854.69695.67
22.45490.71790.23491.8662-0.04211.9638-0.13160.2451-0.09670.04270.0786-0.0424-0.04270.03610.053-0.226-0.0058-0.04710.0262-0.0212-0.0471-1.28723.32572.104
30.8623-0.7533-0.06653.62190.50371.21340.0960.02690.0031-0.4962-0.0709-0.0128-0.0705-0.0965-0.0251-0.0594-0.0021-0.0408-0.05380.0007-0.044113.39623.99246.028
41.87650.6978-1.8962.8422-1.03916.3765-0.19550.007-0.13320.0754-0.16720.0150.54980.25670.3627-0.17510.0216-0.0055-0.04290.0009-0.056123.12710.72198.425
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA12 - 20212 - 202
22BB12 - 20312 - 203
33CC11 - 20211 - 202
44DD13 - 20313 - 203

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万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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