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- PDB-2opa: YwhB binary complex with 2-Fluoro-p-hydroxycinnamate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2opa
タイトルYwhB binary complex with 2-Fluoro-p-hydroxycinnamate
要素Probable tautomerase ywhB
キーワードISOMERASE / homohexamer / 4-Oxalocrotonate Tautomerase / inhibitor / 2-Fluoro-p-Hydroxycinnamate
機能・相同性
機能・相同性情報


2-hydroxymuconate tautomerase / : / isomerase activity
類似検索 - 分子機能
4-oxalocrotonate tautomerase, Pseudomonas-type / 4-oxalocrotonate tautomerase / Tautomerase enzyme / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-FLUORO-3-(4-HYDROXYPHENYL)-2E-PROPENEOATE / 2-hydroxymuconate tautomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Hackert, M.L. / Whitman, C.P. / Almrud, J.J.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The Crystal Structure of YwhB, a 4-Oxalocrotonate Tautomerase Homologue from Bacillus subtilis: the Structural Basis for Catalysis, Inhibition, and Reaction Stereoselectivity.
著者: Hackert, M.L. / Whitman, C.P. / Almrud, J.J. / Dasgupta, R. / Wang, S.C. / Johnson, W.H.
履歴
登録2007年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32023年8月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable tautomerase ywhB
B: Probable tautomerase ywhB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2333
ポリマ－14,0522
非ポリマー1811
水1,00956
1
A: Probable tautomerase ywhB
B: Probable tautomerase ywhB
ヘテロ分子

A: Probable tautomerase ywhB
B: Probable tautomerase ywhB
ヘテロ分子

A: Probable tautomerase ywhB
B: Probable tautomerase ywhB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7009
ポリマ－42,1566
非ポリマー5433
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area13610 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area15480 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)141.339, 141.339, 141.339
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number211
Space group name H-MI432

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要素

#1: タンパク質 Probable tautomerase ywhB


分子量: 7026.026 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: ywhB / プラスミド: pET-24a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) pLysS
参照: UniProt: P70994, 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; ケト基-エノール基の相互変換
#2: 化合物 ChemComp-FHC / 2-FLUORO-3-(4-HYDROXYPHENYL)-2E-PROPENEOATE / (E)-2-FLUORO-P-HYDROXYCINNAMATE


分子量: 181.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H6FO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.61 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 5 uL of YwhB protein (25 mg/ml) in 50 mM HEPES, pH 7.3, was mixed with 5 uL of 50% MPD in 0.2M (NH4)H2PO4, pH 6.5, and allowed to equilibrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 108 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→44.7 Å / Num. all: 9747 / Num. obs: 9731 / % possible obs: 0.998 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 39.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.52 Å / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 1387 / Rsym value: 0.59 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2OP8

2op8


解像度: 2.4→44.7 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 469 -Random
Rwork0.217 ---
all-9747 --
obs-9731 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 43.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20 Å20 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3----0.13 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error2.4 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→44.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数951 0 13 56 1020
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.58
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRfactor Rfree errorNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.4-2.510.289640.2640.0361179100
2.81-3.020.22510.2210.0311208100
4.8-44.70.239810.2410.027133198.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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