PDB-2op6: Peptide-binding domain of Heat shock 70 kDa protein D precursor f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2op6

タイトル

Peptide-binding domain of Heat shock 70 kDa protein D precursor from C.elegans

要素

Heat shock 70 kDa protein D

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / hsp70/peptide-binding domain / structural genomics / APC90014.13 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding => GO:0061629 / : / endoplasmic reticulum chaperone complex / misfolded protein binding / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / chaperone cofactor-dependent protein refolding / response to unfolded protein / cellular response to unfolded protein / rough endoplasmic reticulum / protein folding chaperone ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Caenorhabditis elegans (センチュウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Duggan, E. / Gu, M. / Voisine, C. / Morimoto, R.I. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray structure of peptide-binding domain of Heat shock 70 kDa protein D precursor from C.elegans
著者: Osipiuk, J. / Duggan, E. / Gu, M. / Voisine, C. / Morimoto, R.I. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2007年1月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年2月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2op6.cif.gz	47.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2op6.ent.gz	33.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2op6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2op6_validation.pdf.gz	418.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2op6_full_validation.pdf.gz	418.5 KB	表示
XML形式データ	2op6_validation.xml.gz	9.6 KB	表示
CIF形式データ	2op6_validation.cif.gz	13.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/2op6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/2op6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1yuwS 1dky 7hsc S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2kly-d 2dat-d 3dob-1 2d93-d 5ldj-4 4wv7-1 4wv5-1 2mz8-d 4m70-1 2l73-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC90014.13

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (8) #108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1) #110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Heat shock 70 kDa protein D

16.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.172, 26.688, 60.995
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.14, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Heat shock 70 kDa protein D 分子量: 16546.467 Da / 分子数: 1 / 断片: hsp70 peptide-binding domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 株: Bristol N2 / 遺伝子: hsp-4, hsp70d / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P20163
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Heat shock 70 kDa protein D

分子量: 16546.467 Da / 分子数: 1 / 断片: hsp70 peptide-binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Caenorhabditis elegans (センチュウ)
株: Bristol N2 / 遺伝子: hsp-4, hsp70d / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P20163

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.03 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.4 M Tri-sodium citrate, 0.1 M HEPES buffer, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9797 Å
検出器	タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月12日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→30.44 Å / Num. all: 12530 / Num. obs: 12530 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 28.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 15.1
反射シェル	解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.334 / Mean I/σ(I) obs: 1.97 / Num. unique all: 754 / % possible all: 55.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1YUW

1yuw

解像度: 1.85→30.44 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 6.963 / SU ML: 0.108 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2124	1237	9.9 %	RANDOM
R_work	0.1689	-	-	-
all	0.1735	11283	-	-
obs	0.1735	11283	91.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.253 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.51 Å²	0 Å²	-0.29 Å²
2-	-	-0.85 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→30.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1145	0	0	166	1311

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	1251
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.555	1.972	1715
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.278	5	175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.029	26.129	62
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.504	15	237
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.9	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	200
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	966
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	531
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.301	0.2	857
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	130
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.213	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.149	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.895	1.5	811
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.335	2	1303
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.322	3	474
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.745	4.5	398
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.9 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.257	47	-
R_work	0.248	460	-
obs	-	507	49.56 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4533	-0.3127	-1.0994	5.5953	-0.2253	0.5167	0.0358	-0.0936	0.026	-0.209	0.0621	0.5681	0.1058	0.0692	-0.0979	0.0096	0.0021	-0.0391	-0.0638	-0.0079	0.0572	-13.404	6.8436	8.6404
2	0.3685	0.0401	0.2282	2.9671	-1.203	0.7102	0.0726	-0.1428	0.0174	0.0489	-0.0384	0.1771	-0.0216	0.0396	-0.0342	0.0101	-0.0037	0.0026	-0.0236	0.0025	0.0017	-8.7085	4.0669	15.3679
3	0.2448	-0.0228	0.2821	0.175	-0.1314	0.5689	-0.0143	0.0029	-0.0196	0.0226	-0.0023	0.0228	-0.0067	0.0513	0.0166	0.0066	0.0063	-0.0062	-0.01	0.0057	-0.0016	-0.2501	-0.8783	16.4309
4	2.7194	1.2429	3.9798	0.8396	1.9939	5.9372	-0.1483	0.055	0.1222	-0.0048	-0.0219	0.0049	-0.2189	0.0727	0.1702	-0.0053	0.006	-0.0046	0.0101	-0.0001	-0.0202	4.3835	1.7716	8.9508
5	14.1613	-1.0768	-1.4682	1.2421	-1.3414	4.2376	-0.0907	-0.2276	0.0087	-0.3157	-0.0235	0.2344	0.0247	0.0157	0.1142	-0.0473	0.0124	-0.0406	-0.0613	-0.0137	0.0227	-19.4827	-2.562	5.173
6	17.7251	-3.7328	18.2237	3.1433	-2.2562	19.7975	0.9544	-2.1096	0.252	0.4326	-0.6935	0.2999	0.8313	-1.0241	-0.2609	-0.0906	-0.2044	0.148	0.3671	-0.0781	0.0075	-19.866	-5.105	23.6095
7	6.5371	-5.7751	-4.5671	21.4853	7.6771	13.8749	-0.0952	-0.2608	-0.3405	0.7249	0.1788	0.5796	0.5706	-0.5575	-0.0836	0.0127	-0.0317	-0.0174	0.0141	0.0507	0.0378	-1.7142	-4.1966	25.543

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	419 - 427	3 - 11
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	428 - 448	12 - 32
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	449 - 515	33 - 99
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	516 - 533	100 - 117
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	534 - 547	118 - 131
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	548 - 562	132 - 146
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	563 - 568	147 - 152

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