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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2op3 | ||||||
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タイトル | The structure of cathepsin S with a novel 2-arylphenoxyacetaldehyde inhibitor derived by the Substrate Activity Screening (SAS) method | ||||||
![]() | Cathepsin S | ||||||
![]() | HYDROLASE / Cathepsin S / NONpeptidic / Substrate Activity Screening | ||||||
機能・相同性 | ![]() cathepsin S / basement membrane disassembly / positive regulation of cation channel activity / antigen processing and presentation of peptide antigen / endolysosome lumen / response to acidic pH / cellular response to thyroid hormone stimulus / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures ...cathepsin S / basement membrane disassembly / positive regulation of cation channel activity / antigen processing and presentation of peptide antigen / endolysosome lumen / response to acidic pH / cellular response to thyroid hormone stimulus / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / toll-like receptor signaling pathway / antigen processing and presentation / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / fibronectin binding / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / laminin binding / collagen binding / MHC class II antigen presentation / phagocytic vesicle / Degradation of the extracellular matrix / lysosomal lumen / proteolysis involved in protein catabolic process / Endosomal/Vacuolar pathway / positive regulation of apoptotic signaling pathway / protein processing / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / late endosome / tertiary granule lumen / collagen-containing extracellular matrix / adaptive immune response / ficolin-1-rich granule lumen / lysosome / immune response / cysteine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / serine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteolysis / extracellular space / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Spraggon, G. / Inagaki, H. / Tsuruoka, H. / Hornsby, M. / Lesley, S.A. / Ellman, J.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Characterization and optimization of selective, nonpeptidic inhibitors of cathepsin S with an unprecedented binding mode. 著者: Inagaki, H. / Tsuruoka, H. / Hornsby, M. / Lesley, S.A. / Spraggon, G. / Ellman, J.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 111.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 83.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 505.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 507 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2f1gS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24391.393 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P25774, cathepsin S #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PEU / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.44 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1M NaAcetate, 20% Peg-8000 and 2.0M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→43.4 Å / Num. all: 74679 / Num. obs: 74679 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 45.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 0.725 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 7367 / Rsym value: 0.725 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb entry 2F1G 解像度: 1.6→43.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 1.098 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.07 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.335 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→43.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
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