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- PDB-2oov: Crystal Structure of Hansenula polymorpha amine oxidase to 1.7 An... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oov
タイトルCrystal Structure of Hansenula polymorpha amine oxidase to 1.7 Angstroms
要素(Peroxisomal copper amine ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / protein-derived cofactor / beta-sandwich / TPQ
機能・相同性
機能・相同性情報


primary-amine oxidase / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / peroxisome / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Copper amine oxidase, N3-terminal / Copper amine oxidase, N2-terminal / Copper amine oxidase, N2 domain / Copper amine oxidase, N3 domain / Copper amine oxidase, catalytic domain / : / Copper amine oxidase copper-binding site signature. / : / Copper amine oxidase topaquinone signature. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #40 ...Copper amine oxidase, N3-terminal / Copper amine oxidase, N2-terminal / Copper amine oxidase, N2 domain / Copper amine oxidase, N3 domain / Copper amine oxidase, catalytic domain / : / Copper amine oxidase copper-binding site signature. / : / Copper amine oxidase topaquinone signature. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #40 / Copper amine oxidase / Copper amine oxidase, catalytic domain / Copper amine oxidase, N-terminal / Copper amine oxidase, catalytic domain superfamily / Copper amine oxidase, enzyme domain / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Distorted Sandwich / Roll / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / PHOSPHATE ION / Peroxisomal primary amine oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Pichia angusta (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Johnson, B.J. / Wilmot, C.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Exploring molecular oxygen pathways in Hansenula polymorpha copper-containing amine oxidase
著者: Johnson, B.J. / Cohen, J. / Welford, R.W. / Pearson, A.R. / Schulten, K. / Klinman, J.P. / Wilmot, C.M.
履歴
登録2007年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32012年4月18日Group: Derived calculations
改定 1.42017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999 SEQUENCE The author states that there is radiation damage at MET634 in the protein that is an ... SEQUENCE The author states that there is radiation damage at MET634 in the protein that is an oxidation clearly visible in chains A and B, but not in chains C,D,E, or F. The protein that went into the crystallization had an unmodified MET at position 634.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisomal copper amine oxidase
B: Peroxisomal copper amine oxidase
C: Peroxisomal copper amine oxidase
D: Peroxisomal copper amine oxidase
E: Peroxisomal copper amine oxidase
F: Peroxisomal copper amine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)447,55042
ポリマ－444,4016
非ポリマー3,15036
水91,0665055
1
A: Peroxisomal copper amine oxidase
B: Peroxisomal copper amine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,38716
ポリマ－148,1552
非ポリマー1,23214
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17350 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area43470 Å2
手法PISA
2
C: Peroxisomal copper amine oxidase
D: Peroxisomal copper amine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,89811
ポリマ－148,1232
非ポリマー7759
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15920 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area43950 Å2
手法PISA
3
E: Peroxisomal copper amine oxidase
F: Peroxisomal copper amine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,26615
ポリマ－148,1232
非ポリマー1,14313
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17050 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area43820 Å2
手法PISA
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area56430 Å2
ΔGint-322 kcal/mol
Surface area125120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.146, 223.082, 104.248
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.770, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a dimer. The asymmetric unit contains three dimers.

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要素

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Peroxisomal copper amine ... , 2種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質 Peroxisomal copper amine oxidase / Methylamine oxidase


分子量: 74077.438 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 13-672 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pichia angusta (菌類) / 遺伝子: AMO / プラスミド: pDB20 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): CG379 / 参照: UniProt: P12807, EC: 1.4.3.6
#2: タンパク質
Peroxisomal copper amine oxidase / Methylamine oxidase


分子量: 74061.438 Da / 分子数: 4 / 断片: Residues 13-672 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pichia angusta (菌類) / 遺伝子: AMO / プラスミド: pDB20 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): CG379 / 参照: UniProt: P12807, EC: 1.4.3.6

-
非ポリマー , 4種, 5091分子

#3: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5055 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.83 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 8% PEG 8000, 0.3M potassium phosphate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月30日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 437335 / % possible obs: 85.1 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Num. unique all: 18134 / Χ2: 0.706 / % possible all: 35.3

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.301 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.736
最高解像度最低解像度
Rotation4 Å40.53 Å
Translation4 Å40.53 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1A2V

1a2v


解像度: 1.7→37.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.725 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.097
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. An occupancy greater than 1.0 of atom O4 on residue 405 was used to correctly model a water that is at this position when the cofactor is in ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. An occupancy greater than 1.0 of atom O4 on residue 405 was used to correctly model a water that is at this position when the cofactor is in the alternate conformer. This was required because refmac did not refine a 0.5 occupancy water and 0.5 occupancy O4 in an identical position correctly. This problem will exist at the O4 of residue 405 in chains C,D,E and F.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.178 21965 5 %RANDOM
Rwork0.147 ---
obs0.149 437276 84.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.284 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→37.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31166 0 184 5055 36405
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02232682
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.331.96144493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.02954050
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.923.8131516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.164155208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.01115199
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.24728
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0225375
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.216577
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.222104
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.130.24765
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1510.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1240.254
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6781.520456
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.037232429
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.744313965
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7224.511998
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.746 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 606 -
Rwork0.226 11620 -
obs-12226 32.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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