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- PDB-2oo5: Structure of transhydrogenase (dI.H2NADH)2(dIII.NADP+)1 asymmetri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oo5
タイトルStructure of transhydrogenase (dI.H2NADH)2(dIII.NADP+)1 asymmetric complex
要素(NAD(P) transhydrogenase subunit ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / NAD(H)-binding site / NADP(H)-binding site
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD(P)+ transhydrogenase (Si-specific) activity / proton-translocating NAD(P)+ transhydrogenase activity / proton-translocating NAD(P)+ transhydrogenase / NADPH regeneration / NADH binding / NAD+ binding / NAD binding / NADP binding / protein dimerization activity / oxidoreductase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
NADP transhydrogenase, beta subunit / NADP transhydrogenase beta-like domain / NAD(P) transhydrogenase beta subunit / Alanine dehydrogenase/NAD(P) transhydrogenase, conserved site-1 / Alanine dehydrogenase & pyridine nucleotide transhydrogenase signature 1. / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, conserved site-2 / Alanine dehydrogenase & pyridine nucleotide transhydrogenase signature 2. / Alanine dehydrogenase/PNT, C-terminal domain / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, N-terminal / Alanine dehydrogenase/PNT, N-terminal domain ...NADP transhydrogenase, beta subunit / NADP transhydrogenase beta-like domain / NAD(P) transhydrogenase beta subunit / Alanine dehydrogenase/NAD(P) transhydrogenase, conserved site-1 / Alanine dehydrogenase & pyridine nucleotide transhydrogenase signature 1. / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, conserved site-2 / Alanine dehydrogenase & pyridine nucleotide transhydrogenase signature 2. / Alanine dehydrogenase/PNT, C-terminal domain / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, N-terminal / Alanine dehydrogenase/PNT, N-terminal domain / Alanine dehydrogenase/PNT, C-terminal domain / Alanine dehydrogenase/PNT, N-terminal domain / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, NAD(H)-binding domain / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Chem-TXD / NAD(P) transhydrogenase subunit alpha part 1 / NAD(P) transhydrogenase subunit beta / NAD(P) transhydrogenase subunit alpha part 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Bhakta, T. / Jackson, J.B.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Structures of the dI(2)dIII(1) Complex of Proton-Translocating Transhydrogenase with Bound, Inactive Analogues of NADH and NADPH Reveal Active Site Geometries
著者: Bhakta, T. / Whitehead, S.J. / Snaith, J.S. / Dafforn, T.R. / Wilkie, J. / Rajesh, S. / White, S.A. / Jackson, J.B.
履歴
登録2007年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD(P) transhydrogenase subunit alpha part 1
B: NAD(P) transhydrogenase subunit alpha part 1
C: NAD(P) transhydrogenase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,86210
ポリマ－99,3993
非ポリマー2,4637
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10530 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area34650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.199, 101.025, 131.721
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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NAD(P) transhydrogenase subunit ... , 2種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 NAD(P) transhydrogenase subunit alpha part 1 / E.C.1.6.1.2 / Pyridine nucleotide transhydrogenase subunit alpha 1 / Nicotinamide nucleotide transhydrogenase ...Pyridine nucleotide transhydrogenase subunit alpha 1 / Nicotinamide nucleotide transhydrogenase subunit alpha 1 / Proton-translocating transhydrogenase component 1 / dI


分子量: 40324.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
遺伝子: pntAA, nntA1 / プラスミド: pCD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C600 / 参照: UniProt: P0C186, UniProt: Q2RSB2*PLUS, EC: 1.6.1.2
#2: タンパク質 NAD(P) transhydrogenase subunit beta / E.C.1.6.1.2 / Pyridine nucleotide transhydrogenase subunit beta / Nicotinamide nucleotide transhydrogenase ...Pyridine nucleotide transhydrogenase subunit beta / Nicotinamide nucleotide transhydrogenase subunit beta / Proton-translocating transhydrogenase NADP(H)-binding component / dIII


分子量: 18749.463 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 262-464 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
遺伝子: pntB, nntB / プラスミド: pNIC2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0C188, EC: 1.6.1.2

-
非ポリマー , 4種, 34分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-TXD / 1,4,5,6-TETRAHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 667.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H31N7O14P2
#5: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.36 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 18% PEG 4000, 10% glycerol, 100mM Tris, 75mM lithium sulphate, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→80.163 Å / Num. obs: 27548 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.6-2.743.10.2273.31251240460.22794.4
2.74-2.913.80.17841463238030.17894.2
2.91-3.113.90.1265.71392035870.12693.8
3.11-3.363.90.097.71287433130.0993
3.36-3.683.90.079.21181030350.0792.9
3.68-4.113.90.06110.21082427610.06192.3
4.11-4.753.90.05510.3955424510.05591.7
4.75-5.813.90.0559.6796320320.05590.8
5.81-8.223.90.05210618315990.05289.7
8.22-62.623.50.051032539210.0588.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1U2D

1u2d


解像度: 2.6→80.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.859 / SU B: 21.556 / SU ML: 0.283 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.39 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 1396 5.1 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.222 27507 91.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.228 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.34 Å20 Å20 Å2
2---0.91 Å20 Å2
3---1.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→80.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6899 0 156 27 7082
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0227162
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026792
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2522.0099733
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.934315809
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6065931
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.14724.876242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.661151239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0411536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.21173
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.027808
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021251
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1420.31325
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1240.36628
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1470.53411
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0790.53818
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1270.5240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0630.312
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1080.346
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0950.53
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.97426015
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.13521902
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.14937475
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.61922820
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.9732258
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 108 -
Rwork0.308 1928 -
obs-2036 93.78 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 48.9347 Å / Origin y: 55.9314 Å / Origin z: 119.4688 Å
111213212223313233
T-0.0944 Å2-0.002 Å2-0.017 Å2--0.1236 Å2-0.0024 Å2---0.083 Å2
L0.951 °2-0.021 °20.3322 °2-0.643 °2-0.0601 °2--0.5113 °2
S0.1265 Å °-0.0242 Å °-0.0132 Å °-0.0909 Å °-0.04 Å °-0.0081 Å °0.0378 Å °0.054 Å °-0.0866 Å °
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Refine TLS-ID: 1 / Selection: ALL

IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1AA1 - 2691 - 269
2BB1 - 2801 - 280
3CC30 - 2021 - 173

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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