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- PDB-2onl: Crystal Structure of the p38a-MAPKAP kinase 2 Heterodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2onl
タイトルCrystal Structure of the p38a-MAPKAP kinase 2 Heterodimer
要素
  • MAP kinase-activated protein kinase 2
  • Mitogen-activated protein kinase 14
キーワードTRANSFERASE / heterodimer / kinase / NLS / NES / docking groove
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / CREB phosphorylation / macropinocytosis / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / leukotriene metabolic process / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / stress-activated protein kinase signaling cascade ...calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / CREB phosphorylation / macropinocytosis / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / leukotriene metabolic process / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / stress-activated protein kinase signaling cascade / positive regulation of cyclase activity / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / regulation of interleukin-6 production / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / mitogen-activated protein kinase binding / regulation of synaptic membrane adhesion / positive regulation of macrophage cytokine production / stress-induced premature senescence / CD163 mediating an anti-inflammatory response / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / positive regulation of myoblast fusion / cellular response to UV-B / toll-like receptor signaling pathway / cartilage condensation / Platelet sensitization by LDL / mitogen-activated protein kinase p38 binding / positive regulation of muscle cell differentiation / Myogenesis / positive regulation of myotube differentiation / NFAT protein binding / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Activation of the AP-1 family of transcription factors / D-glucose import / p38MAPK cascade / ERK/MAPK targets / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / response to dietary excess / fatty acid oxidation / cellular response to lipoteichoic acid / response to muramyl dipeptide / MAP kinase kinase activity / inner ear development / regulation of ossification / signal transduction in response to DNA damage / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / MAP kinase activity / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / mitogen-activated protein kinase / chondrocyte differentiation / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of myoblast differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / skeletal muscle tissue development / regulation of cellular response to heat / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / p38MAPK events / striated muscle cell differentiation / positive regulation of brown fat cell differentiation / response to muscle stretch / response to cytokine / positive regulation of interleukin-12 production / regulation of mRNA stability / cellular response to ionizing radiation / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / osteoclast differentiation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of erythrocyte differentiation / DNA damage checkpoint signaling / placenta development / Regulation of TNFR1 signaling / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of D-glucose import / NOD1/2 Signaling Pathway / stem cell differentiation / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / response to insulin / bone development / cellular response to virus / platelet activation / positive regulation of protein import into nucleus / VEGFA-VEGFR2 Pathway / glucose metabolic process / cell morphogenesis / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / chemotaxis / spindle pole / positive regulation of tumor necrosis factor production / osteoblast differentiation / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / cellular senescence / MAPK cascade / cellular response to lipopolysaccharide / Oxidative Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / angiogenesis
類似検索 - 分子機能
Protein kinase-like (PK-like) / MAP kinase activated protein kinase 2 / MAP kinase activated protein kinase, C-terminal / Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Few Secondary Structures / Irregular ...Protein kinase-like (PK-like) / MAP kinase activated protein kinase 2 / MAP kinase activated protein kinase, C-terminal / Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Few Secondary Structures / Irregular / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MAP kinase-activated protein kinase 2 / Mitogen-activated protein kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Ter Haar, E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the P38alpha-MAPKAP kinase 2 heterodimer.
著者: ter Haar, E. / Prabakhar, P. / Liu, X. / Lepre, C.
履歴
登録2007年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 14
C: MAP kinase-activated protein kinase 2
B: Mitogen-activated protein kinase 14
D: MAP kinase-activated protein kinase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,5694
ポリマ－176,5694
非ポリマー00
水00
1
A: Mitogen-activated protein kinase 14
C: MAP kinase-activated protein kinase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,2842
ポリマ－88,2842
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3520 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area31960 Å2
手法PISA
2
B: Mitogen-activated protein kinase 14
D: MAP kinase-activated protein kinase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,2842
ポリマ－88,2842
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area31870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.150, 103.150, 231.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha / Cytokine suppressive anti- ...Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha / Cytokine suppressive anti-inflammatory drug-binding protein / CSAID-binding protein / CSBP / MAX-interacting protein 2 / MAP kinase MXI2 / SAPK2A


分子量: 41998.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK14, CSBP, CSBP1, CSBP2, MXI2 / プラスミド: pVL1392
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q16539, mitogen-activated protein kinase
#2: タンパク質 MAP kinase-activated protein kinase 2 / MAPK-activated protein kinase 2 / MAPKAP kinase 2 / MAPKAPK-2 / MK2


分子量: 46285.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPKAPK2 / プラスミド: pBEV
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P49137, non-specific serine/threonine protein kinase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.72 %
結晶化温度: 298 K / pH: 7.5
詳細: 3.75% Peg 2000, 100mM Hepes, Prior to crystallization, 1-s-nonyl-1-b-D-thioglucoside (1xcmc) and heptanetriol (1.5%) was added to the protein sample, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, ...詳細: 3.75% Peg 2000, 100mM Hepes, Prior to crystallization, 1-s-nonyl-1-b-D-thioglucoside (1xcmc) and heptanetriol (1.5%) was added to the protein sample, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 7.50

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→45.32 Å / Num. obs: 19566 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.79 % / Biso Wilson estimate: 72.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Rsym value: 0.153 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 4→4.14 Å / 冗長度: 2.66 % / Rmerge(I) obs: 0.368 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.368 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT2データ抽出
d*TREKデータ削減
CNX位相決定
BUSTER-TNTV. 1.1.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OKR, 1KWP

2okr

1kwp


解像度: 4→45.34 Å / Isotropic thermal model: overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: REFINEMENT WAS LIMITED TO RIGID BODY DUE TO THE LOW RESOLUTION OF THE DATA
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.331 984 5.03 %RANDOM
Rwork0.314 ---
obs0.315 19566 95.6 %-
all-20550 --
原子変位パラメータBiso mean: 99.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--22.06 Å20 Å20 Å2
2---22.06 Å20 Å2
3---44.12 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→45.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10466 0 0 0 10466
LS精密化 シェル解像度: 4→4.24 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3098 172 5.49 %
Rwork0.2996 2959 -
all30.01 3131 -
obs--95.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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