PDB-2onb: Human Thymidylate Synthase at low salt conditions with PDPA bound

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2onb

タイトル

Human Thymidylate Synthase at low salt conditions with PDPA bound

要素

Thymidylate synthetase

キーワード

TRANSFERASE / diphosphonic acid / FdUMP / ZD9331 / heteroinhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

thymidylate synthase / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / sequence-specific mRNA binding / folic acid binding / thymidylate synthase activity / tetrahydrofolate interconversion / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / DNA biosynthetic process / G1/S-Specific Transcription ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Lovelace, L.L. / Gibson, L.M. / Lebioda, L.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Cooperative Inhibition of Human Thymidylate Synthase by Mixtures of Active Site Binding and Allosteric Inhibitors
著者: Lovelace, L.L. / Gibson, L.M. / Lebioda, L.

履歴

登録	2007年1月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2onb.cif.gz	71.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2onb.ent.gz	51.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2onb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2onb_validation.pdf.gz	471.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2onb_full_validation.pdf.gz	478.1 KB	表示
XML形式データ	2onb_validation.xml.gz	14.2 KB	表示
CIF形式データ	2onb_validation.cif.gz	18.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/2onb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/2onb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ypvS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3n5e-d 4kpw-1 4o1u-d 3ebu-1 1hw3-1 1hw4-1 4gyh-1 6f6z-d 4fgt-1 4o1x-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thymidylate synthetase

ヘテロ分子

36.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thymidylate synthetase

ヘテロ分子

A: Thymidylate synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
72.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.690, 95.690, 82.503
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Thymidylate synthetase 分子量: 36067.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q53Y97, UniProt: P04818*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-7PA / PROPANE-1,3-DIYLBIS(PHOSPHONIC ACID) 分子量: 204.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₁₀O₆P₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.29 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30 mM ammonium sulfate, 30 mM 40% PEG 4K, 0.1 M Tris pH 8.5, 20 mM 2-ME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-BM / 波長: 0.97251

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月20日

放射

モノクロメーター: two passes, half degree / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97251 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 12337 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.2 % / R_merge(I) obs: 0.109 / Χ²: 1.72 / Net I/σ(I): 8.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.7-2.8	17.3	0.334	1226	0.749	1	100
2.8-2.91	18.6	0.273	1197	0.825	1	100
2.91-3.04	18.9	0.23	1207	0.856	1	100
3.04-3.2	18.9	0.178	1229	1.023	1	100
3.2-3.4	18.9	0.15	1216	1.322	1	100
3.4-3.66	18.6	0.127	1220	1.841	1	100
3.66-4.03	18.4	0.112	1235	2.277	1	100
4.03-4.62	18.1	0.091	1234	2.719	1	100
4.62-5.81	18	0.087	1250	2.646	1	100
5.81-50	16.7	0.073	1323	2.945	1	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS	1.1	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1YPV

1ypv

解像度: 2.7→41.44 Å / R_factor R_free error: 0.007 / FOM work R set: 0.814 / Data cutoff high absF: 211861.516 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.259	1253	10.3 %	RANDOM
R_work	0.216	-	-	-
obs	-	12144	98.4 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 53.34 Å² / k_sol: 0.363 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.74 Å²	0.76 Å²	0 Å²
2-	-	-5.74 Å²	0 Å²
3-	-	-	11.49 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.41 Å	0.32 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.45 Å	0.34 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→41.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2097	0	20	85	2202

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.3
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	23.7
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	1.03
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.55	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.73	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	1.96	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	2.99	2.5

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs
2.7-2.74	0.373	35	0.282	408	443
2.74-2.78	0.388	45	0.301	419	464
2.78-2.82	0.392	43	0.267	431	474
2.82-2.86	0.336	49	0.288	412	461
2.86-2.91	0.358	47	0.278	421	468
2.91-2.96	0.265	50	0.245	421	471
2.96-3.01	0.38	44	0.254	438	482
3.01-3.07	0.315	48	0.269	426	474
3.07-3.13	0.295	50	0.252	428	478
3.13-3.2	0.283	47	0.249	430	477
3.2-3.28	0.34	40	0.24	440	480
3.28-3.36	0.249	52	0.222	424	476
3.36-3.45	0.292	54	0.227	445	499
3.45-3.55	0.219	38	0.225	446	484
3.55-3.66	0.275	45	0.217	436	481
3.66-3.8	0.284	55	0.222	434	489
3.8-3.95	0.255	56	0.21	443	499
3.95-4.13	0.218	60	0.19	425	485
4.13-4.34	0.217	56	0.155	454	510
4.34-4.62	0.195	50	0.169	435	485
4.62-4.97	0.239	53	0.173	440	493
4.97-5.47	0.307	56	0.229	448	504
5.47-6.27	0.233	68	0.249	436	504
6.27-7.89	0.262	62	0.246	454	516

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.paramHicup	protein.topHIcup
X-RAY DIFFRACTION	2	water_rep.param	water.top
X-RAY DIFFRACTION	3	ion.param	ion.top

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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