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万見
- PDB-2omj: solution structure of LARG PDZ domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2omj
タイトルsolution structure of LARG PDZ domain
要素Rho guanine nucleotide exchange factor 12
キーワードCELL ADHESION / nerve system development / actin reorganization
機能・相同性
機能・相同性情報


Rho-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / regulation of small GTPase mediated signal transduction / RHOB GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / RHOC GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / Rho protein signal transduction / GTPase activator activity ...Rho-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / regulation of small GTPase mediated signal transduction / RHOB GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / RHOC GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / Rho protein signal transduction / GTPase activator activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / G protein-coupled receptor binding / G alpha (12/13) signalling events / G protein-coupled receptor signaling pathway / extracellular exosome / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ARHGEF12, PH domain / LARG, RGS domain / Regulator of G protein signalling-like domain / Regulator of G protein signalling-like domain / ARHGEF1-like, PH domain / PH domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / RGS, subdomain 2 / RGS domain superfamily ...ARHGEF12, PH domain / LARG, RGS domain / Regulator of G protein signalling-like domain / Regulator of G protein signalling-like domain / ARHGEF1-like, PH domain / PH domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / RGS, subdomain 2 / RGS domain superfamily / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / PDZ domain / Pdz3 Domain / PH domain profile. / PDZ domain / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Rho guanine nucleotide exchange factor 12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / Distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
データ登録者Liu, J. / Huang, H. / Hu, Q.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: solution structure and dynamics of the LARG PDZ domain
著者: Liu, J. / Huang, H.
履歴
登録2007年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rho guanine nucleotide exchange factor 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3701
ポリマ－9,3701
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 Rho guanine nucleotide exchange factor 12 / LARG protein / Leukemia-associated RhoGEF


分子量: 9369.684 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET15b (+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9NZN5

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111CBCANH
121CBCA(CO)NH
131HBHA(CBCACO)NH
141HNCO
2523D 13C-separated NOESY
262(H)CCH-TOCSY
272(H)CCH-COSY
1813D 15N-separated NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.3mM LARG PDZ domain, 15N, 13C-labeled, 5mM EDTA, 1mM EDTA, 50mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O50mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O
21.3mM LARG PDZ domain, 15N, 13C-labeled, 5mM EDTA, 1mM EDTA, 50mM phosphate buffer, 99.9% D2O50mM phosphate buffer, 99.9% D2O
試料状態イオン強度: 50mM phosphate buffer, 50mM NaCl / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX5001
Bruker DMXBrukerDMX6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
cns1.1A.T.Brunger構造決定
Csi 1.0David S. Wishart解析
Sparky 3T.D.Goddard and D.G.Knellerデータ解析
Nmrpipe 2.2F.Delaglio解析
Molmol 2k.2Koradiデータ解析
cns1.1A.T.Brunger精密化
精密化手法: Distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: A total of 1145 experimental distance restraint derived from NOE and hydrogen bonds and 82 dihedral angle restraints were utilized in the structure calculations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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