PDB-2om5: N-Terminal Fragment of Human TAX1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2om5

タイトル

N-Terminal Fragment of Human TAX1

要素

Contactin 2

キーワード

CELL ADHESION / x-ray crystallography / Ig-like C2-type / immunoglobulin superfamily / fibronectin / membrane protein

機能・相同性

機能・相同性情報

establishment of protein localization to juxtaparanode region of axon / presynaptic membrane organization / reduction of food intake in response to dietary excess / L1CAM interactions / clustering of voltage-gated potassium channels / dendrite self-avoidance / protein localization to juxtaparanode region of axon / cell-cell adhesion mediator activity / NrCAM interactions / axon initial segment ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.07 Å

データ登録者

Moertl, M. / Sonderegger, P. / Diederichs, K. / Welte, W.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: The crystal structure of the ligand-binding module of human TAG-1 suggests a new mode of homophilic interaction
著者: Mortl, M. / Sonderegger, P. / Diederichs, K. / Welte, W.

履歴

登録	2007年1月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2om5.cif.gz	82.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2om5.ent.gz	61.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2om5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2om5_validation.pdf.gz	420.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2om5_full_validation.pdf.gz	425.6 KB	表示
XML形式データ	2om5_validation.xml.gz	14.6 KB	表示
CIF形式データ	2om5_validation.cif.gz	18.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/2om5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/2om5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5e4i-d 5k70-2 5k6u-d 5k6y-2 5k70-3 5xx0-1 3jxa-1 2bc5-6 5k70-1 5xwx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (3) #185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (3) #101 - 2008年5月プリオン (Prions) 類似性 (1) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (3)
#185 - 2015年5月
タイチン (Titin)
類似性 (3)
#101 - 2008年5月
プリオン (Prions)
類似性 (1)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (1)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (1)
#52 - 2004年4月
成長ホルモン (Growth Hormone)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Contactin 2

42.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.804, 106.916, 161.366
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Contactin 2 / TAX1 / Axonin-1 / Axonal glycoprotein TAG-1 / Transient axonal glycoprotein 1 / TAX-1 分子量: 42213.488 Da / 分子数: 1 / 断片: N TERMINAL FOUR IG DOMAINS / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CNTN2, TAG1, TAX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02246
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.53 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 20k, potassium chloride, tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.07068
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月27日
放射	モノクロメーター: LN2 COOLED FIXED-EXIT SI(111) MONOCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.07068 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.07→19.5 Å / Num. all: 7518 / Num. obs: 7518 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 3.07→3.26 Å / % possible all: 76.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2	精密化
MAR345		データ収集
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.07→19.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.898 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.867 / SU B: 65.157 / SU ML: 0.503 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.558 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.279	452	6 %	RANDOM
R_work	0.235	-	-	-
all	0.238	7518	-	-
obs	0.238	7090	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.96 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.95 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.07→19.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2895	0	0	0	2895

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	2970
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.078	1.954	4039
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.277	5	369
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.349	23.885	139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.562	15	476
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.291	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	436
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	2306
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	1154
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	1918
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.157	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.149	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.155	1.5	1903
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.27	2	2985
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.364	3	1216
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.631	4.5	1054
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

最高解像度: 3.07 Å / Num. reflection R_work: 323 / Total num. of bins used: 20

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	11.1874	-2.8685	3.8919	4.21	1.2201	7.6665	0.0798	0.3654	-0.2769	0.3751	0.1317	0.191	0.9853	-0.187	-0.2116	0.358	-0.0416	-0.0383	0.0675	0.0561	0.1392	-2.187	-23.915	-29.398
2	3.515	-3.9262	-2.8695	7.5623	2.8731	5.8455	0.0722	0.4917	0.0772	-0.3622	-0.613	1.4203	-0.473	-0.6964	0.5407	0.0745	-0.0154	-0.1367	0.6751	-0.2009	0.6164	-36.637	0.016	-30.068
3	23.0537	-5.5194	2.1413	5.953	1.6927	5.2116	-0.729	-0.7551	1.0229	0.9614	0.3892	-0.1056	0.472	0.1354	0.3398	0.4482	0.0777	-0.0535	0.3732	-0.2295	0.3734	-27.028	7.844	-10.553
4	6.0594	-1.5531	0.4856	5.023	1.6768	6.154	-0.5084	-0.6382	0.2335	1.4955	0.2864	-0.6298	0.72	0.2832	0.2219	1.1576	0.3767	-0.3633	0.362	-0.1126	0.2709	9.097	-20.078	-7.79

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 100
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	101 - 203
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	204 - 295
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	296 - 384

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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