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万見
- PDB-2om3: High-resolution cryo-EM structure of Tobacco Mosaic Virus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2om3
タイトルHigh-resolution cryo-EM structure of Tobacco Mosaic Virus
要素
  • Coat protein
  • Tobacco Mosaic Virus RNA
キーワードVIRUS / protein-RNA complex / four-helical up-and-down bundle / HELICAL VIRUS
機能・相同性Tobacco mosaic virus-like, coat protein / Tobacco mosaic virus-like, coat protein superfamily / Virus coat protein (TMV like) / helical viral capsid / structural molecule activity / RNA / Capsid protein
機能・相同性情報
生物種Tobacco mosaic virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Sachse, C.
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2007
タイトル: High-resolution electron microscopy of helical specimens: a fresh look at tobacco mosaic virus.
著者: Carsten Sachse / James Z Chen / Pierre-Damien Coureux / M Elizabeth Stroupe / Marcus Fändrich / Nikolaus Grigorieff /
要旨: The treatment of helical objects as a string of single particles has become an established technique to resolve their three-dimensional (3D) structure using electron cryo-microscopy. It can be ...The treatment of helical objects as a string of single particles has become an established technique to resolve their three-dimensional (3D) structure using electron cryo-microscopy. It can be applied to a wide range of helical particles such as viruses, microtubules and helical filaments. We have made improvements to this approach using Tobacco Mosaic Virus (TMV) as a test specimen and obtained a map from 210,000 asymmetric units at a resolution better than 5 A. This was made possible by performing a full correction of the contrast transfer function of the microscope. Alignment of helical segments was helped by constraints derived from the helical symmetry of the virus. Furthermore, symmetrization was implemented by multiple inclusions of symmetry-related views in the 3D reconstruction. We used the density map to build an atomic model of TMV. The model was refined using a real-space refinement strategy that accommodates multiple conformers. The atomic model shows significant deviations from the deposited model for the helical form of TMV at the lower-radius region (residues 88 to 109). This region appears more ordered with well-defined secondary structure, compared with the earlier helical structure. The RNA phosphate backbone is sandwiched between two arginine side-chains, stabilizing the interaction between RNA and coat protein. A cluster of two or three carboxylates is buried in a hydrophobic environment isolating it from neighboring subunits. These carboxylates may represent the so-called Caspar carboxylates that form a metastable switch for viral disassembly. Overall, the observed differences suggest that the new model represents a different, more stable state of the virus, compared with the earlier published model.
履歴
登録2007年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年7月18日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: em_single_particle_entity / em_software / Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.32019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - representative helical assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: Tobacco Mosaic Virus RNA
A: Coat protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4642
ポリマ－18,4642
非ポリマー00
水00
1
R: Tobacco Mosaic Virus RNA
A: Coat protein
x 49


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)904,74098
ポリマ－904,74098
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
helical symmetry operation48
identity operation1_555x,y,z1
2


  • 登録構造と同一
  • helical asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • helical asymmetric unit, std helical frame
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
モデル数5
対称性らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 49 / Rise per n subunits: 1.4076 Å / Rotation per n subunits: 22.0318 °)

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要素

#1: RNA鎖 Tobacco Mosaic Virus RNA


分子量: 958.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 Coat protein / Capsid protein


分子量: 17505.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tobacco mosaic virus (ウイルス) / 属: Tobamovirus / 参照: UniProt: Q77LT8

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Tobacco Mosaic Virus / タイプ: VIRUS
詳細: Helical Virus. Pitch of helix: 23 Angstrom, 49.02 subunits make up three complete turns.
ウイルスについての詳細ホストのカテゴリ: PLANTS / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Nicotiana tabacum
緩衝液名称: Phosphate (5mM EDTA) / pH: 7.4 / 詳細: Phosphate (5mM EDTA)
試料濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Quantifoil grid
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 詳細: The sample was plunge-frozen at 4C.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30 / 日付: 2005年11月22日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X / 倍率（補正後）: 60190 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ温度: 93 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 15 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
画像スキャンデジタル画像の数: 6
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1X-PLORモデルフィッティング
2SPIDER３次元再構成
CTF補正詳細: Phase correction and amplitude weighting adapted from Grigorieff 1998(after determination of CTF and specimen tilt)
3次元再構成手法: Single-particel helical reconstruction / 解像度: 4.4 Å / ピクセルサイズ（公称値）: 1.186 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.163 Å
倍率補正: Maximization of FSC (resolution range 4-10 Angstrom) with atomic model
詳細: SIRT algorithm implemented in the SPIDER processing package (command BP RP)
対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
Target criteria: Minimization of least-square difference between observed and calculated densities
詳細: METHOD--Torsion angle molecular dynamics REFINEMENT PROTOCOL--Real-space molecular dynamics
原子モデル構築PDB-ID: 2TMV

2tmv


Accession code: 2TMV / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1212 67 0 0 1279

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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