PDB-2olk: ABC Protein ArtP in complex with ADP-beta-S

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2olk

タイトル

ABC Protein ArtP in complex with ADP-beta-S

要素

Amino acid ABC transporter

キーワード

HYDROLASE / ABC Domain / ATPase

機能・相同性

機能・相同性情報

polar-amino-acid-transporting ATPase / ABC-type amino acid transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Thaben, P.F. / Eckey, V. / Scheffel, F. / Saenger, W. / Schneider, E. / Vahedi-Faridi, A.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structures of the ATP-binding cassette (ABC) protein ArtP from Geobacillus stearothermophilus reveal a stable dimer in the post hydrolysis state and an asymmetry in the dimerization region
著者: Thaben, P.F. / Eckey, V. / Scheffel, F. / Saenger, W. / Schneider, E. / Vahedi-Faridi, A.

履歴

登録	2007年1月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

Remark 999

Sequence No suitable database references were found at time of processing

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2olk.cif.gz	212 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2olk.ent.gz	168.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2olk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2olk_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2olk_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	2olk_validation.xml.gz	44.6 KB	表示
CIF形式データ	2olk_validation.cif.gz	62.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/2olk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/2olk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2oljC 2oukC 2q0hC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5zch-d 1qf6-d 5b47-d 5zcl-d 5k3v-d 5gwo-d 6hx3-d 1zd3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (5) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Amino acid ABC transporter

B: Amino acid ABC transporter

C: Amino acid ABC transporter

D: Amino acid ABC transporter

ヘテロ分子

119 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.290, 54.117, 106.006
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.15, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Amino acid ABC transporter / ATP-binding protein 分子量: 29405.115 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 株: DSMZ 13240 / 遺伝子: artP / プラスミド: pET15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS 参照: UniProt: D0VWX4*PLUS, polar-amino-acid-transporting ATPase
#2: 化合物	ChemComp-AT4 / 5'-O-[(R)-HYDROXY(THIOPHOSPHONOOXY)PHOSPHORYL]ADENOSINE / ADENOSINE 5'-O-(2-THIODIPHOSPHATE) / ADP-β-S 分子量: 443.267 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₉P₂S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 541 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.2 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 30% PEG 400, 0.1M natrium acetate, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月20日

放射

モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91841 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3.3 % / Av σ(I) over netI: 6.2 / 数: 181241 / R_merge(I) obs: 0.098 / Χ²: 0.83 / D res high: 2.1 Å / D res low: 40 Å / Num. obs: 54247 / % possible obs: 92.8

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.52	40	99.4	1	0.066	1.007	3.5
3.59	4.52	99.9	1	0.07	1.099	3.7
3.14	3.59	100	1	0.093	1.036	3.7
2.85	3.14	99.8	1	0.14	0.879	3.7
2.65	2.85	99.7	1	0.194	0.764	3.6
2.49	2.65	99.6	1	0.241	0.656	3.4
2.37	2.49	95.1	1	0.272	0.628	3.1
2.26	2.37	86.5	1	0.305	0.637	2.9
2.18	2.26	78.8	1	0.323	0.633	2.8
2.1	2.18	68.7	1	0.381	0.578	2.6

反射

解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 54247 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(F): 5 / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 30.87 Å² / R_merge(I) obs: 0.098 / Χ²: 0.831 / Net I/σ(I): 6.2

反射シェル

解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.381 / Mean I/σ(I) obs: 1.66 / Num. unique all: 4006 / Χ²: 0.578 / % possible all: 68.7

-
位相決定

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	28 Å
Translation	2.5 Å	28 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MAR345		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Complex of ArtP with SO4

解像度: 2.1→50 Å / FOM work R set: 0.828 / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.241	2499	4.3 %	RANDOM
R_work	0.204	-	-	-
obs	-	49832	85.5 %	-

溶媒の処理

B_sol: 47.961 Å²

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.293 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.579 Å²	0 Å²	-3.104 Å²
2-	-	9.989 Å²	0 Å²
3-	-	-	-11.568 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7584	0	108	541	8233

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d	1.344
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.339	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.237	2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.134	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	3.277	2.5

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 49

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs
2.1-2.11	0.375	32	0.329	592	624
2.11-2.13	0.335	37	0.308	659	696
2.13-2.14	0.305	48	0.294	644	692
2.14-2.16	0.342	36	0.284	681	717
2.16-2.18	0.292	44	0.294	730	774
2.18-2.19	0.323	26	0.264	714	740
2.19-2.21	0.285	30	0.267	770	800
2.21-2.23	0.288	41	0.257	804	845
2.23-2.25	0.318	38	0.259	777	815
2.25-2.27	0.231	41	0.279	779	820
2.27-2.29	0.318	44	0.272	824	868
2.29-2.31	0.28	41	0.255	822	863
2.31-2.33	0.282	53	0.254	844	897
2.33-2.35	0.303	44	0.258	860	904
2.35-2.37	0.235	47	0.241	886	933
2.37-2.4	0.262	37	0.238	913	950
2.4-2.42	0.313	42	0.238	909	951
2.42-2.45	0.298	60	0.257	931	991
2.45-2.47	0.269	44	0.251	973	1017
2.47-2.5	0.29	55	0.242	1009	1064
2.5-2.53	0.264	52	0.245	969	1021
2.53-2.56	0.275	62	0.224	988	1050
2.56-2.59	0.262	65	0.218	1012	1077
2.59-2.63	0.299	70	0.215	986	1056
2.63-2.66	0.293	51	0.212	1003	1054
2.66-2.7	0.296	58	0.224	1075	1133
2.7-2.74	0.267	62	0.232	966	1028
2.74-2.79	0.286	51	0.244	1053	1104
2.79-2.83	0.293	47	0.217	1064	1111
2.83-2.88	0.271	42	0.205	1073	1115
2.88-2.93	0.274	47	0.225	1039	1086
2.93-2.99	0.255	43	0.228	1103	1146
2.99-3.05	0.283	47	0.224	1074	1121
3.05-3.12	0.306	65	0.236	1089	1154
3.12-3.19	0.249	57	0.214	1089	1146
3.19-3.27	0.264	47	0.216	1086	1133
3.27-3.36	0.23	50	0.174	1132	1182
3.36-3.46	0.248	61	0.182	1070	1131
3.46-3.57	0.203	62	0.164	1113	1175
3.57-3.69	0.237	52	0.183	1127	1179
3.69-3.84	0.195	57	0.164	1135	1192
3.84-4.02	0.193	50	0.159	1076	1126
4.02-4.23	0.202	57	0.163	1129	1186
4.23-4.49	0.196	75	0.16	1116	1191
4.49-4.84	0.182	66	0.154	1105	1171
4.84-5.33	0.183	67	0.177	1111	1178
5.33-6.1	0.283	60	0.238	1130	1190
6.1-7.68	0.183	60	0.218	1154	1214
7.68-50	0.223	76	0.2	1145	1221

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	CNS_TOPPAR:protein_rep.param	CNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param	CNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION	3	CNS_TOPPAR:water_rep.param	CNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION	4	CNS_TOPPAR:ion.param	CNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION	5	ATD.param	ATD.top

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関連情報:EMDBヘッダ

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