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- PDB-2ol3: crystal structure of BM3.3 ScFV TCR in complex with PBM8-H-2KBM8 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ol3
タイトルcrystal structure of BM3.3 ScFV TCR in complex with PBM8-H-2KBM8 MHC class I molecule
要素
  • (BM3.3 T-CELL RECEPTOR ...) x 2
  • ALLOGENEIC H-2KBM8 MHC CLASS I MOLECULE
  • Beta-2-microglobulin
  • NATURALLY PROCESSED OCTAPEPTIDE PBM8
キーワードIMMUNE SYSTEM / T CELL RECEPTOR / CLASS I MHC / H-2KBm8 / TCR-PMHC COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA Splicing - Major Pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / T cell receptor complex / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I ...mRNA Splicing - Major Pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / T cell receptor complex / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / spliceosomal complex assembly / inner ear development / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / cellular defense response / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / spliceosomal complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / protein refolding / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / defense response to bacterium / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / mRNA binding / apoptotic process / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNA-binding protein 5, RNA recognition motif 1 / RNA-binding protein 5, RNA recognition motif 2 / OCRE domain / OCRE domain / : / : / G-patch domain / G-patch domain profile. / G-patch domain / glycine rich nucleic binding domain ...RNA-binding protein 5, RNA recognition motif 1 / RNA-binding protein 5, RNA recognition motif 2 / OCRE domain / OCRE domain / : / : / G-patch domain / G-patch domain profile. / G-patch domain / glycine rich nucleic binding domain / Zinc finger domain / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / Zinc finger C2H2 type domain profile. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Zinc finger C2H2-type / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin V-Type / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / RNA-binding domain superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain / T-cell receptor beta chain V region E1 / TRADV16D / RNA-binding protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Mazza, C. / Auphan-Anezin, N. / Gregoire, C. / Guimezanes, A. / Kellenberger, C. / Roussel, A. / Kearney, A. / Van der Merwe, P.A. / Schmitt-Verhulst, A.M. / Malissen, B.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2007
タイトル: How much can a T-cell antigen receptor adapt to structurally distinct antigenic peptides?
著者: Mazza, C. / Auphan-Anezin, N. / Gregoire, C. / Guimezanes, A. / Kellenberger, C. / Roussel, A. / Kearney, A. / van der Merwe, P.A. / Schmitt-Verhulst, A.M. / Malissen, B.
履歴
登録2007年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE NO SUITABLE SEQUENCE DATABASE REFERENCE WAS AVAILABLE FOR THE PROTEINS IN CHAINS A, B AND H

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BM3.3 T-CELL RECEPTOR ALPHA-CHAIN
B: BM3.3 T-CELL RECEPTOR BETA-CHAIN
H: ALLOGENEIC H-2KBM8 MHC CLASS I MOLECULE
L: Beta-2-microglobulin
P: NATURALLY PROCESSED OCTAPEPTIDE PBM8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,8086
ポリマ－73,5875
非ポリマー2211
水1,38777
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.523, 102.523, 198.381
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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BM3.3 T-CELL RECEPTOR ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 BM3.3 T-CELL RECEPTOR ALPHA-CHAIN


分子量: 15570.499 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell (発現宿主): myeloma cells / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q5R1F1
#2: タンパク質 BM3.3 T-CELL RECEPTOR BETA-CHAIN


分子量: 13064.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell (発現宿主): myeloma cells / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P04214

-
タンパク質 , 2種, 2分子 HL

#3: タンパク質 ALLOGENEIC H-2KBM8 MHC CLASS I MOLECULE


分子量: 32078.799 Da / 分子数: 1 / Fragment: EXTRACELLULAR DOMAINS (ALPHA1, ALPHA2, ALPHA3) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01901
#4: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11835.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01887

-
タンパク質・ペプチド / 糖 / 非ポリマー , 3種, 79分子 P

#5: タンパク質・ペプチド NATURALLY PROCESSED OCTAPEPTIDE PBM8 / RNA-BINDING PROTEIN 5


分子量: 1037.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in mouse / 参照: UniProt: Q91YE7
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.26 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 12 % PEG 6000, 100 mM Hepes, pH 7.5, and 150 mM Magnesium Acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→25 Å / Num. obs: 22488 / % possible obs: 98.1 % / Rmerge(I) obs: 0.116
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NAM

1nam


解像度: 2.9→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / SU B: 33.256 / SU ML: 0.341 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.014 / ESU R Free: 0.4 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28352 1214 5.1 %RANDOM
Rwork0.22422 ---
obs0.2272 22488 98.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.829 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.14 Å20 Å20 Å2
2--3.14 Å20 Å2
3----6.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4982 0 14 77 5073
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0225128
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2691.956961
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.655610
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.18623.695249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.58115864
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4781536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2740
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023941
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2620.22492
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3260.23521
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.2196
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2770.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3090.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7221.53129
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.60724957
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.68632311
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6264.52004
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.974 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.443 85 -
Rwork0.364 1628 -
obs--99.13 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.3569-3.06161.19933.9216-3.61936.377-0.23041.0923-0.52140.127-0.31190.6294-0.2463-0.40460.54230.0499-0.18180.03810.4042-0.24160.14431.508316.6126-5.2689
24.2015-0.8221-1.95423.8633-0.56727.8883-0.34590.1374-0.30750.141-0.16990.22610.059-0.46270.51580.1426-0.07380.02570.2683-0.13070.14373.045121.82977.2564
311.3165-2.09441.260910.4646-2.505111.86570.01520.3113-0.69360.1919-0.61260.89061.0347-1.67470.59740.0451-0.31780.1580.3114-0.28150.0733-4.172114.73958.5963
43.46742.56580.51825.17141.133912.8013-0.41450.40290.4203-0.27-0.16250.6331-0.9746-1.90990.5770.00150.07670.01020.3069-0.13340.164-1.481923.2966-2.3204
53.7416.13459.995410.059416.390726.70682.40411.117-2.55651.4175-3.53451.86842.28394.25061.13040.3851-0.02530.48780.48340.08850.370811.576624.013717.8676
65.051-0.13038.22163.62890.976819.9898-0.04620.59470.0152-0.5997-0.31040.2208-0.3603-1.01130.35660.1002-0.08690.03150.3729-0.14-0.10312.700822.5048-6.396
74.63262.4246-5.32023.3472-0.63368.3360.69540.14310.47790.4053-0.28290.2801-0.5621-0.8249-0.41250.21540.02430.04310.14380.08760.100615.717543.70911.0491
811.8388-0.4353-0.17060.6911-4.467329.64950.5478-0.33380.23781.10660.36010.7212-1.6058-1.6354-0.90790.2409-0.01230.17690.0093-0.04130.1662.577343.069314.5744
91.94720.1658-1.8564.52593.9286.81360.17060.16520.02650.1907-0.06880.0611-0.17950.0314-0.10180.1941-0.05310.01520.10270.04430.050614.20932.74959.3725
1025.9599-23.0001-30.798232.008237.768445.98460.3251-0.49660.0071-0.0284-0.1606-0.00230.7163-0.3597-0.16450.38450.0001-0.05270.09860.16760.063722.931435.34915.3224
114.1038-3.0913-3.28875.0641.36343.48510.67480.04870.25920.1354-0.3688-0.1536-0.4512-0.2155-0.3060.2244-0.143-0.00770.08520.00320.079318.797440.197611.6017
125.5534-0.8631-1.99541.7912-0.0070.77770.4166-0.20570.0090.3485-0.3753-0.0018-0.28520.1019-0.04130.1941-0.03030.01960.15710.03770.12519.450436.11722.5275
130.27221.0643-1.43444.1763-5.103524.30960.24640.77850.2425-1.0784-0.37780.3780.3503-0.36580.13140.142-0.10260.03680.2307-0.05090.09933.447831.065816.2095
146.65043.8251-2.60423.361-3.28323.7656-0.20560.7545-0.2529-0.0203-0.1140.3362-0.4692-0.82290.31950.25090.08280.09960.24910.01880.04214.822438.2697-2.5254
152.92411.40750.96544.12432.25882.6725-0.0537-0.3557-0.0726-0.13970.0499-0.2514-0.12630.41070.00380.12460.0250.10280.24770.04990.131310.909623.451440.348
166.54623.3608-1.657613.1467-3.86225.62520.0294-0.512-0.8593-0.6137-0.3811-1.49530.22990.73980.3517-0.13550.14180.1230.15870.05610.195619.427815.771935.688
172.20440.2609-0.33943.0058-0.20611.47260.066-0.03580.0262-0.2151-0.1362-0.2789-0.15850.12490.07020.177-0.01730.05570.2022-0.01130.10955.844629.64334.1139
184.88921.82851.1566.14162.61545.4503-0.1911-0.14350.0396-0.13810.09790.315-0.05130.00430.09320.1823-0.01660.07710.1341-0.00820.0654-4.672929.97635.3915
191.0060.21640.37881.7083-1.68352.73610.0435-0.1842-0.2792-0.0608-0.0823-0.25790.12580.24140.03870.19680.02090.05590.2596-0.03250.22523.06416.521341.5937
202.56331.5252-0.32233.13660.62225.14950.4474-0.5508-0.03850.8699-0.4350.1005-0.3869-0.1301-0.01240.1581-0.08540.02310.23830.140.05932.450515.134172.8963
2118.4826-20.906320.602538.861-31.468335.55550.0410.2939-0.14780.55440.01090.2957-1.6780.0535-0.05190.0525-0.24520.11820.3563-0.17980.09718.637232.710657.9353
224.0116-3.81723.40545.5987-3.820513.3933-0.0473-0.9008-0.72210.87570.2221-0.2395-0.18660.8047-0.1749-0.1325-0.1662-0.07250.39970.15050.114917.44623.884362.4989
235.4343.134.99938.28536.86458.83090.04870.2950.30070.8879-0.0787-1.19230.2581.2470.030.0251-0.2206-0.06420.36780.1690.288122.996231.455557.8182
2486.559242.8666-28.794541.9182-35.136730.6446-0.97911.56841.6753-2.12432.29191.36861.6585-0.842-1.31280.09270.1820.2266-0.0691-0.03370.15943.029827.686346.8728
253.0720.4820.67695.5354-0.57153.23350.1652-0.89240.04520.5427-0.2206-0.7186-0.85180.8570.0553-0.0396-0.2756-0.10130.43770.00430.038118.214831.15164.5152
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 201 - 20
2X-RAY DIFFRACTION2AA21 - 5021 - 51
3X-RAY DIFFRACTION3AA51 - 7552 - 76
4X-RAY DIFFRACTION4AA76 - 9377 - 94
5X-RAY DIFFRACTION5AA95 - 10395 - 103
6X-RAY DIFFRACTION6AA104 - 118104 - 118
7X-RAY DIFFRACTION7BB1 - 231 - 23
8X-RAY DIFFRACTION8BB24 - 3124 - 32
9X-RAY DIFFRACTION9BB32 - 5333 - 54
10X-RAY DIFFRACTION10BB54 - 5955 - 60
11X-RAY DIFFRACTION11BB60 - 7761 - 78
12X-RAY DIFFRACTION12BB78 - 9479 - 93
13X-RAY DIFFRACTION13BB95 - 10794 - 103
14X-RAY DIFFRACTION14BB108 - 117104 - 113
15X-RAY DIFFRACTION15HC1 - 351 - 35
16X-RAY DIFFRACTION16HC36 - 6336 - 63
17X-RAY DIFFRACTION17HC64 - 11164 - 111
18X-RAY DIFFRACTION18HC112 - 140112 - 140
19X-RAY DIFFRACTION19HC141 - 194141 - 194
20X-RAY DIFFRACTION20HC195 - 276195 - 276
21X-RAY DIFFRACTION21LD0 - 111 - 12
22X-RAY DIFFRACTION22LD12 - 3313 - 34
23X-RAY DIFFRACTION23LD34 - 5535 - 56
24X-RAY DIFFRACTION24LD56 - 6157 - 62
25X-RAY DIFFRACTION25LD62 - 9963 - 100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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