PDB-2ol1: High Resolution Crystal Structures of Vaccinia Virus dUTPase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ol1

タイトル

High Resolution Crystal Structures of Vaccinia Virus dUTPase

要素

Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

キーワード

HYDROLASE / Fold / jelly-roll / Superfamily / dUTPase-like / forms tight trimer through an additional beta-sheet in each subunit / subunit beta-sheets are orthogonally packed around the three-fold axis

機能・相同性

機能・相同性情報

dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vaccinia virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Schormann, N. / Chattopadhyay, D.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: Structures of vaccinia virus dUTPase and its nucleotide complexes.
著者: Samal, A. / Schormann, N. / Cook, W.J. / Delucas, L.J. / Chattopadhyay, D.

履歴

登録	2007年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ol1.cif.gz	94.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ol1.ent.gz	71.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ol1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/2ol1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/2ol1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2okbC 2okdSC 2okeC 2ol0C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2oke-d 2ol0-d 2xy3-1 3ara-d 3arn-d 6xec-1 5ix0-4 3p48-d 3hhq-6 2y1t-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

B: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

C: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

ヘテロ分子

50 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.970, 119.970, 50.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

詳細

The asymmetric unit contains a homo-trimer with monomers related by non-crystallographic symmetry. This homo-trimer constitutes the biological assembly.

#1: タンパク質	Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase / dUTPase / dUTP pyrophosphatase 分子量: 16315.373 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vaccinia virus (ウイルス) / 属: Orthopoxvirus / 遺伝子: DUT / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: GenBank: 29692147, UniProt: A4GD96*PLUS, dUTP diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP 分子量: 308.182 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₈P
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.16 %
結晶化	温度: 298 K / pH: 7 詳細: 20% PEG2000 MME, 0.1M Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 7.00

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年11月5日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 36946 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 22 Å² / R_merge(I) obs: 0.046 / R_sym value: 0.046 / Net I/σ(I): 18.6
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.196 / Mean I/σ(I) obs: 3 / R_sym value: 0.196 / % possible all: 87.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0011	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OKD

2okd

解像度: 1.8→19.23 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 5.022 / SU ML: 0.084 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.231	1831	5 %	RANDOM
R_work	0.199	-	-	-
obs	0.201	34538	98.5 %	-
all	-	34538	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.52 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2915	0	69	262	3246

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	3092
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.031	2.01	4182
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.758	5	372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.34	23.497	143
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.963	15	531
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.045	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	443
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2358
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.175	0.2	1338
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	2087
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.091	0.2	277
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.149	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.144	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.331	1.5	1912
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.58	2	3012
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.945	3	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.594	4.5	1170
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.309	124	-
R_work	0.275	2134	-
obs	-	-	93.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9174	-0.0976	0.0215	0.9021	0.2717	1.6055	-0.0095	-0.0067	0.0162	0.0969	-0.0742	0.0101	-0.1092	0.0936	0.017	-0.1364	0.0099	0.0011	-0.1488	-0.0072	0.0644	14.238	31.889	-6.365
2	2.2616	-0.0498	-0.1145	0.9946	-0.0506	0.7739	0.0138	-0.0269	0.013	0.0672	0.1841	0.0111	-0.0639	-0.0466	-0.0314	-0.1596	0.0041	-0.0161	-0.1321	0.0134	0.0637	2.32	47.635	-4.132
3	1.3742	-0.1226	0.3313	0.7536	-0.249	1.3827	0.0028	-0.0207	0.018	-0.0389	0.0595	-0.0247	0.009	0.0056	0.0075	-0.1741	-0.0107	0.0005	-0.1557	-0.0113	0.0315	15.161	42.841	10.032

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	8 - 131
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	8 - 131
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	7 - 131

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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