PDB-2okj: The X-ray crystal structure of the 67kDa isoform of Glutamic Acid...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2okj

タイトル

The X-ray crystal structure of the 67kDa isoform of Glutamic Acid Decarboxylase (GAD67)

要素

Glutamate decarboxylase 1

グルタミン酸デカルボキシラーゼ

キーワード

LYASE (リアーゼ) / PLP-dependent decarboxylase

機能・相同性

機能・相同性情報

GABA synthesis / glutamate decarboxylation to succinate / MECP2 regulates transcription of genes involved in GABA signaling /

グルタミン酸デカルボキシラーゼ /

glutamate decarboxylase activity / gamma-aminobutyric acid biosynthetic process / clathrin-sculpted gamma-aminobutyric acid transport vesicle membrane / glutamate catabolic process / GABA synthesis, release, reuptake and degradation /

inhibitory synapse ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Buckle, A.M. / Fenalti, G. / Law, R.H.P. / Whisstock, J.C.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: GABA production by glutamic acid decarboxylase is regulated by a dynamic catalytic loop.
著者: Fenalti, G. / Law, R.H.P. / Buckle, A.M. / Langendorf, C. / Tuck, K. / Rosado, C.J. / Faux, N.G. / Mahmood, K. / Hampe, C.S. / Banga, J.P. / Wilce, M. / Schmidberger, J. / Rossjohn, J. / El- ...

履歴

登録	2007年1月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Advisory / Atomic model / Data collection カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_close_contact Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2okj.cif.gz	219.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2okj.ent.gz	171.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2okj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/2okj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/2okj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2okkC 1js3S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2okk-1 5dw5-d 4zlt-d 5o5c-1 6jrl-1 4qhp-d 2nvv-2 5o5c-3 3vp6-d 6zek-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamate decarboxylase 1

B: Glutamate decarboxylase 1

ヘテロ分子

115 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.048, 62.739, 101.346
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.680, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	ALA	ALA	1	A	A	98 - 106	6 - 14
2	1	LEU	LEU	ALA	ALA	1	B	B	98 - 106	6 - 14
1	2	THR	THR	VAL	VAL	1	A	A	113 - 138	21 - 46
2	2	THR	THR	VAL	VAL	1	B	B	113 - 138	21 - 46
1	3	LEU	LEU	GLU	GLU	4	A	A	139 - 149	47 - 57
2	3	LEU	LEU	GLU	GLU	4	B	B	139 - 149	47 - 57
1	4	LEU	LEU	CYS	CYS	1	A	A	158 - 172	66 - 80
2	4	LEU	LEU	CYS	CYS	1	B	B	158 - 172	66 - 80
1	5	ASP	ASP	TRP	TRP	1	A	A	174 - 239	82 - 147
2	5	ASP	ASP	TRP	TRP	1	B	B	174 - 239	82 - 147
1	6	ASP	ASP	ALA	ALA	4	A	A	245 - 278	153 - 186
2	6	ASP	ASP	ALA	ALA	4	B	B	245 - 278	153 - 186
1	7	LEU	LEU	THR	THR	4	A	A	284 - 286	192 - 194
2	7	LEU	LEU	THR	THR	4	B	B	284 - 286	192 - 194
1	8	SER	SER	LEU	LEU	1	A	A	287 - 301	195 - 209
2	8	SER	SER	LEU	LEU	1	B	B	287 - 301	195 - 209
1	9	GLY	GLY	ILE	ILE	1	A	A	302 - 319	210 - 227
2	9	GLY	GLY	ILE	ILE	1	B	B	302 - 319	210 - 227
1	10	PRO	PRO	TYR	TYR	4	A	A	321 - 340	229 - 248
2	10	PRO	PRO	TYR	TYR	4	B	B	321 - 340	229 - 248
1	11	VAL	VAL	HIS	HIS	1	A	A	341 - 404	249 - 312
2	11	VAL	VAL	HIS	HIS	1	B	B	341 - 404	249 - 312
1	12	MET	MET	LEU	LEU	1	A	A	406 - 410	314 - 318
2	12	MET	MET	LEU	LEU	1	B	B	406 - 410	314 - 318
1	13	LEU	LEU	GLN	GLN	4	A	A	411 - 412	319 - 320
2	13	LEU	LEU	GLN	GLN	4	B	B	411 - 412	319 - 320
1	14	CYS	CYS	MET	MET	1	A	A	413 - 430	321 - 338
2	14	CYS	CYS	MET	MET	1	B	B	413 - 430	321 - 338
1	15	GLY	GLY	ASN	ASN	1	A	A	449 - 481	357 - 389
2	15	GLY	GLY	ASN	ASN	1	B	B	449 - 481	357 - 389
1	16	CYS	CYS	TYR	TYR	1	A	A	483 - 517	391 - 425
2	16	CYS	CYS	TYR	TYR	1	B	B	483 - 517	391 - 425
1	17	ILE	ILE	ARG	ARG	6	A	A	518 - 523	426 - 431
2	17	ILE	ILE	ARG	ARG	6	B	B	518 - 523	426 - 431
1	18	ARG	ARG	VAL	VAL	4	A	A	531 - 538	439 - 446
2	18	ARG	ARG	VAL	VAL	4	B	B	531 - 538	439 - 446
1	19	ALA	ALA	GLY	GLY	1	A	A	539 - 555	447 - 463
2	19	ALA	ALA	GLY	GLY	1	B	B	539 - 555	447 - 463
1	20	TYR	TYR	PHE	PHE	4	A	A	556 - 566	464 - 474
2	20	TYR	TYR	PHE	PHE	4	B	B	556 - 566	464 - 474
1	21	ARG	ARG	PRO	PRO	1	A	A	567 - 573	475 - 481
2	21	ARG	ARG	PRO	PRO	1	B	B	567 - 573	475 - 481
1	22	ALA	ALA	ILE	ILE	4	A	A	574 - 587	482 - 495
2	22	ALA	ALA	ILE	ILE	4	B	B	574 - 587	482 - 495
1	23	GLU	GLU	ASP	ASP	6	A	A	588 - 593	496 - 501
2	23	GLU	GLU	ASP	ASP	6	B	B	588 - 593	496 - 501
1	24	ALA	ALA	PRO	PRO	6	A	A	432 - 438	340 - 346
2	24	ALA	ALA	PRO	PRO	6	B	B	432 - 438	340 - 346
1	25	LLP	LLP	LLP	LLP	1	A	A	405	313
2	25	LLP	LLP	LLP	LLP	1	B	B	405	313

NCSアンサンブル:

詳細

The biological unit corresponds to the dimer in the asymmetric unit.

#1: タンパク質	Glutamate decarboxylase 1 / グルタミン酸デカルボキシラーゼ / Glutamate decarboxylase 67 kDa isoform / GAD-67 / 67 kDa glutamic acid decarboxylase 分子量: 57383.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GAD1, GAD, GAD67 / プラスミド: pRJ / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): YRD-15 参照: UniProt: Q99259, グルタミン酸デカルボキシラーゼ
#2: 化合物	ChemComp-ABU / GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / GAMMA(AMINO)-BUTYRIC ACID / GABA / Γ-アミノ酪酸分子量: 103.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₉NO₂ / コメント: 神経伝達物質, 阻害剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-PLZ / 4-[({3-HYDROXY-2-METHYL-5-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]PYRIDIN-4-YL}METHYL)AMINO]BUTANOIC ACID / 4-[[(2-メチル-5-[(ホスホノオキシ)メチル]-3-ヒドロキシピリジン-4-イル)メチル]アミノ]酪酸分子量: 334.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₂O₇P
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.83 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 18% PEG8,000, 100 mM MES, pH 6.3, 10 mM 2-mercaptoethanol and 20 mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→97.13 Å / Num. all: 42284 / Num. obs: 42284 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 17.1
反射シェル	最高解像度: 2.3 Å / % possible obs: 69.2 % / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.194 / Mean I/σ(I) obs: 4.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1js3

1js3

解像度: 2.3→97.13 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 6.564 / SU ML: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.486 / ESU R Free: 0.242 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.222	2118	5 %	RANDOM
R_work	0.186	-	-	-
obs	0.188	42271	93.38 %	-
all	-	42284	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.208 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.4 Å²	0 Å²	-2.11 Å²
2-	-	0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→97.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7919	0	36	359	8314

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	8120
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.148	1.956	10980
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.554	5	1003
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.656	24.25	360
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.429	15	1390
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.647	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	1187
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	6129
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.189	0.2	4039
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.299	0.2	5638
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.124	0.2	488
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.22	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.098	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.864	3	5139
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.528	5	7999
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.294	7	3435
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.534	10	2981

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	71	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
1	71	TIGHT THERMAL	0.05	0.5
2	212	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
2	212	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
3	97	MEDIUM POSITIONAL	0.18	0.5
3	97	MEDIUM THERMAL	0.3	2
4	117	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
4	117	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
5	529	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
5	529	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
6	256	MEDIUM POSITIONAL	0.13	0.5
6	256	MEDIUM THERMAL	0.36	2
7	26	MEDIUM POSITIONAL	0.12	0.5
7	26	MEDIUM THERMAL	0.46	2
8	111	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
8	111	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
9	137	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
9	137	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
10	158	MEDIUM POSITIONAL	0.19	0.5
10	158	MEDIUM THERMAL	0.35	2
11	501	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
11	501	TIGHT THERMAL	0.05	0.5
12	35	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
12	35	TIGHT THERMAL	0.05	0.5
13	14	MEDIUM POSITIONAL	0.08	0.5
13	14	MEDIUM THERMAL	0.39	2
14	131	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
14	131	TIGHT THERMAL	0.05	0.5
15	270	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
15	270	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
16	296	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
16	296	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
17	49	LOOSE POSITIONAL	0.19	5
17	49	LOOSE THERMAL	3.31	10
18	62	MEDIUM POSITIONAL	0.15	0.5
18	62	MEDIUM THERMAL	0.32	2
19	115	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
19	115	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
20	93	MEDIUM POSITIONAL	0.09	0.5
20	93	MEDIUM THERMAL	0.3	2
21	55	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
21	55	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
22	106	MEDIUM POSITIONAL	0.13	0.5
22	106	MEDIUM THERMAL	0.3	2
23	46	LOOSE POSITIONAL	0.46	5
23	46	LOOSE THERMAL	1.59	10
24	56	LOOSE POSITIONAL	0.66	5
24	56	LOOSE THERMAL	1.57	10
25	24	TIGHT POSITIONAL	0.3	0.05
25	24	TIGHT THERMAL	0.06	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.261	112	-
R_work	0.213	1955	-
obs	-	2067	62.5 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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実験情報

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実験

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)