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- PDB-2oiw: The structure of a predicted thioesterase from Bacillus stearothe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oiw
タイトルThe structure of a predicted thioesterase from Bacillus stearothermophilus
要素putative 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase
キーワードHYDROLASE / Bacillus stearothermophilus / structural genomics / thioesterase / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


thiolester hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Thioesterase-like superfamily / : / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hypothetical conserved protein
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Cuff, M.E. / Li, H. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The structure of a predicted thioesterase from Bacillus stearothermophilus
著者: Cuff, M.E. / Li, H. / Moy, S. / Joachimiak, A.
履歴
登録2007年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 ... BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S). AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN, HOWEVER THE TETRAMERIC ASSEMBLY SHOWN IN REMARK 350 IS VERY LIKELY TO BE BIOLOGICALLY RELEVANT.
Remark 999 SEQUENCE THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT DATABASE AT THE TIME OF DEPOSITION.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase
B: putative 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase
C: putative 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase
D: putative 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0769
ポリマ－63,8424
非ポリマー2355
水8,053447
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9150 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area21590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.521, 93.051, 75.844
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-718-

HOH

詳細The biological assembly is unknown, but the D2 NCS dimer present in the asymmetric unit is very likely to be relevant.

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要素

#1: タンパク質
putative 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase


分子量: 15960.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: RBSTP2694 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q5KYT1*PLUS, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 447 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.81 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6
詳細: 0.1M TRIS-HCl pH 8.6, 0.2M MgCl2, 30% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97911, 0.97925
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月22日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979111
20.979251
反射解像度: 2→46.52 Å / Num. all: 32522 / Num. obs: 32522 / % possible obs: 91.88 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 20.8 Å2 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2→2.052 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 1827 / Rsym value: 0.296 / % possible all: 67.72

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
CCP4位相決定
Oモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→46.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 8.598 / SU ML: 0.127 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.225 / ESU R Free: 0.188
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2326 1727 5 %RANDOM
Rwork0.17561 ---
all0.17847 32522 --
obs0.17847 32522 91.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.759 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.04 Å20 Å20 Å2
2--3.09 Å20 Å2
3----1.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→46.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4340 0 14 447 4801
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0224545
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4331.926193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9895541
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.35823.064235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.53615734
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9521540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2674
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023542
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.22002
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.23108
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.2391
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1730.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1780.219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2341.52764
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4224424
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.63632054
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.734.51769
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 85 -
Rwork0.185 1742 -
obs--67.72 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0698-0.1184-0.14790.469-0.08872.17010.09570.137-0.0847-0.0655-0.0340.02570.261-0.0323-0.0617-0.010.0224-0.0276-0.0454-0.0382-0.044673.928614.052143.1884
22.6584-0.29980.14330.32350.02310.913-0.02010.04510.36560.0183-0.026-0.0278-0.0414-0.10570.0461-0.04330.0178-0.0041-0.0804-0.0157-0.01165.537633.483752.3206
32.33810.20470.36980.31220.02170.7622-0.098-0.08640.30470.0191-0.0491-0.0118-0.10020.0240.1471-0.0441-0.0003-0.0269-0.0979-0.00330.005791.761533.151162.7294
40.8369-0.047-0.28940.5043-0.2261.93340.0165-0.0884-0.02330.02210.00950.01560.20040.001-0.0259-0.0197-0.0074-0.0124-0.06030.0069-0.038984.092613.106669.3772
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA-1 - 1312 - 134
2X-RAY DIFFRACTION2BB-1 - 1312 - 134
3X-RAY DIFFRACTION3CC0 - 1323 - 135
4X-RAY DIFFRACTION4DD0 - 1293 - 132

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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