PDB-2oiv: Structural Analysis of Xanthomonas XopD Provides Insights Into Su...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2oiv

タイトル

Structural Analysis of Xanthomonas XopD Provides Insights Into Substrate Specificity of Ubiquitin-like Protein Proteases

要素

Xanthomonas outer protein D

キーワード

HYDROLASE / Clan CE Family 48 Cysteine protease / Type III secreted effector / deSUMOylating enzyme / secreted virulence factor / peptidase / isopeptidase

機能・相同性

機能・相同性情報

deNEDDylase activity / protein deneddylation / cysteine-type peptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Xanthomonas euvesicatoria (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Chosed, R. / Tomchick, D.R. / Brautigam, C.A. / Machius, M. / Orth, K.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Structural analysis of Xanthomonas XopD provides insights into substrate specificity of ubiquitin-like protein proteases.
著者: Chosed, R. / Tomchick, D.R. / Brautigam, C.A. / Mukherjee, S. / Negi, V.S. / Machius, M. / Orth, K.

履歴

登録	2007年1月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年5月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2oiv.cif.gz	49.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2oiv.ent.gz	35.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2oiv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/2oiv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/2oiv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2oixC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ofk-2 4j2k-1 2rt5-d 3zc8-d 2x20-d 1n06-2 2asn-d 1d3s-d 2x1z-d 1ej0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Xanthomonas outer protein D

ヘテロ分子

20.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.618, 91.618, 44.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Xanthomonas outer protein D 分子量: 20763.115 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic fragment (Residues 335-520) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xanthomonas euvesicatoria (バクテリア) 遺伝子: xopD / プラスミド: pGEX-rTEV / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21/DE3 / 参照: UniProt: Q3BYJ5
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.67 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 15 mg/mL protein in 20 mM Tris-HCl pH 7.5, 75 mM KCl, and 0.5 mM DTT, 1.4 - 1.6 M sodium potassium phosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97929 Å
検出器	タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月17日
放射	モノクロメーター: NONE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→32.04 Å / Num. all: 14282 / Num. obs: 14282 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 37.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 31.2
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.95→32.04 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 9.92 / SU ML: 0.141 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25017	720	5 %	RANDOM
R_work	0.20795	-	-	-
all	0.21012	14274	-	-
obs	0.21012	13554	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.341 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.33 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.33 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.66 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.165 Å	0.185 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→32.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1350	0	5	83	1438

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.021	1384
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.48	1.957	1882
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.485	5	167
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.803	23.378	74
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.209	15	218
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.515	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	205
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1085
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	619
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	912
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.173	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.251	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.033	1.5	872
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.642	2	1354
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.367	3	576
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.45	4.5	528

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.348	49	-
R_work	0.286	982	-
obs	-	982	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4638	-0.8424	0.3803	2.5562	0.1845	3.0259	0.0334	0.2492	0.1564	-0.2811	-0.1575	-0.2446	-0.0148	0.3949	0.124	0.0619	0.0135	0.0131	0.1817	0.0187	0.1359	8.6316	24.6075	-0.5502
2	3.6276	-1.2828	0.4448	3.6203	-0.0216	2.0725	-0.1593	-0.1937	-0.1515	0.276	0.1255	0.0396	0.1972	0.2751	0.0338	0.13	0.0162	0.033	0.1416	0.0072	0.0951	2.4139	20.4048	9.892
3	6.6632	4.3445	-1.7521	6.0735	3.3984	12.3611	-0.0553	0.4337	-0.325	-0.4993	-0.3392	0.1666	-0.0648	-0.9392	0.3944	0.0971	0.0289	0.0527	0.0774	-0.0003	0.1535	-8.4776	12.0349	5.3944
4	4.4466	-0.7419	1.5642	5.1153	-0.6172	4.5749	-0.0988	-0.0473	-0.2504	0.302	0.1235	0.6011	-0.0989	-0.1508	-0.0248	0.069	-0.0096	0.0703	0.0891	-0.0035	0.1326	-7.4443	20.0794	10.4912
5	5.0515	-3.0811	-0.2138	3.8361	-0.2126	2.5079	0.0471	0.2304	-0.0344	-0.2388	-0.1817	0.171	0.0193	0.0444	0.1347	0.0949	0.0026	-0.0323	0.1349	0.0317	0.1158	-3.4129	30.4521	-1.8809
6	50.3645	-8.8132	-8.3459	5.1723	0.9688	10.8372	0.6269	3.598	-0.1901	-1.4521	-0.7136	-0.3614	0.1452	-0.3825	0.0867	0.3792	0.1093	0.0096	0.1498	0.083	-0.2349	2.7001	23.8062	-13.2105

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	338 - 373	4 - 39
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	374 - 429	40 - 95
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	430 - 443	96 - 109
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	444 - 463	110 - 129
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	469 - 499	135 - 165
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	500 - 514	166 - 180

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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