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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2oit | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the N-terminal Domain of the Human Proto-oncogene Nup214/CAN | ||||||
要素 | Nucleoporin 214kDa | ||||||
キーワード | ONCOPROTEIN / NH2 terminal domain of Nup214/CAN / beta-propeller / mRNA export / NPC assembly / leukemia / Nup214/CAN fusion / Dbp5/Ddx19 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytoplasmic side of nuclear pore / regulation of miRNA-mediated gene silencing / intracellular transport of virus / HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / regulation of nucleocytoplasmic transport / tRNA export from nucleus / nuclear export signal receptor activity / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein ...cytoplasmic side of nuclear pore / regulation of miRNA-mediated gene silencing / intracellular transport of virus / HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / regulation of nucleocytoplasmic transport / tRNA export from nucleus / nuclear export signal receptor activity / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / SUMOylation of SUMOylation proteins / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / structural constituent of nuclear pore / SUMOylation of RNA binding proteins / Nuclear import of Rev protein / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / tRNA processing in the nucleus / RNA export from nucleus / nucleocytoplasmic transport / regulation of glycolytic process / Viral Messenger RNA Synthesis / nuclear localization sequence binding / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / Vpr-mediated nuclear import of PICs / viral transcription / SUMOylation of DNA replication proteins / protein sumoylation / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / mRNA export from nucleus / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / nuclear pore / regulation of cellular response to heat / regulation of mRNA stability / protein export from nucleus / viral process / SUMOylation of chromatin organization proteins / HCMV Late Events / Transcriptional regulation by small RNAs / ISG15 antiviral mechanism / HCMV Early Events / protein import into nucleus / host cell / nuclear envelope / mitotic cell cycle / snRNP Assembly / regulation of cell cycle / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / nucleoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Napetschnig, J. / Blobel, G. / Hoelz, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007 タイトル: Crystal structure of the N-terminal domain of the human protooncogene Nup214/CAN. 著者: Napetschnig, J. / Blobel, G. / Hoelz, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2oit.cif.gz | 106.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2oit.ent.gz | 81.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2oit.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2oit_validation.pdf.gz | 442.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2oit_full_validation.pdf.gz | 456.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2oit_validation.xml.gz | 24.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2oit_validation.cif.gz | 36.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/2oit ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/2oit | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48118.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUP214 / プラスミド: pET28A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q86XD3, UniProt: P35658*PLUS |
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#2: 化合物 | ChemComp-MES / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.68 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM MES pH 6. 23-27 % PEG 2,000 MME, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.0K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 53359 / Num. obs: 49618 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 20.3 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.08 / Net I/σ(I): 14.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.65→50 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 39.718 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→50 Å
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