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- PDB-2oik: Crystal structure of a histidine triad (hit) protein (mfla_2506) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oik
タイトルCrystal structure of a histidine triad (hit) protein (mfla_2506) from methylobacillus flagellatus kt at 1.65 A resolution
要素Histidine triad (HIT) protein
キーワードHYDROLASE / Hit-like fold / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Histidine triad hydrolase, Hint-type / HIT domain / HIT domain profile. / HIT-like domain / HIT-like / HIT family, subunit A / HIT-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histidine triad (HIT) protein
類似検索 - 構成要素
生物種Methylobacillus flagellatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of histidine triad (HIT) protein (YP_546612.1) from Methylobacillus flagellatus KT at 1.65 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2007年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.52023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年10月30日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
Remark 300 BIOMOLECULE: 1,2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 ... BIOMOLECULE: 1,2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.
Remark 999 SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ... SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE, FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histidine triad (HIT) protein
B: Histidine triad (HIT) protein
C: Histidine triad (HIT) protein
D: Histidine triad (HIT) protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,38221
ポリマ－72,2064
非ポリマー1,17617
水8,305461
1
A: Histidine triad (HIT) protein
B: Histidine triad (HIT) protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,76511
ポリマ－36,1032
非ポリマー6629
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4340 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area12470 Å2
手法PISA
2
C: Histidine triad (HIT) protein
D: Histidine triad (HIT) protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,61710
ポリマ－36,1032
非ポリマー5138
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4140 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area12540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.243, 47.981, 69.766
Angle α, β, γ (deg.)108.130, 98.220, 90.340
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 6 - 144 / Label seq-ID: 7 - 145

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
詳細SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

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要素

#1: タンパク質
Histidine triad (HIT) protein


分子量: 18051.604 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylobacillus flagellatus (バクテリア)
株: KT / 遺伝子: YP_546612.1, Mfla_2506 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q1GYB6
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 461 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.53 %
結晶化温度: 277 K / pH: 9
詳細: NANODROP, 0.1M NaCl, 30.0% PEG MME-550, 0.1M Bicine pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K, pH 9.00

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97913
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月17日 / 詳細: FLAT MIRROR (VERTICAL FOCUSING)
放射モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL SI(111) BENT (HORIZONTAL FOCUSING)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97913 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→45.549 Å / Num. obs: 62091 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 3.94 % / Biso Wilson estimate: 24.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 7.36
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 3.71 % / Rmerge(I) obs: 0.828 / Mean I/σ(I) obs: 1.52 / % possible all: 70.5

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
SHELX位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT2データ抽出
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.65→45.549 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 5.58 / SU ML: 0.094 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.111
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. EACH MONOMER CONTAINS ONE METAL WHICH IS ASSIGNED AS ZINC. THE ASSIGNMENT OF ZINC IS SUPPORTED BY BOTH X-RAY FLUORESCENCE EXCITATION SCAN AND ANOMALOUS DIFFERENCE FOURIER MAPS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 3135 5 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.181 62091 93.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.83 Å2-0.7 Å2-0.57 Å2
2---0.57 Å2-1.3 Å2
3---0.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→45.549 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4380 0 57 461 4898
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0214575
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024222
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5651.9436204
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86339739
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0645572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.52122.33206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.75315765
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4851545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2691
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025050
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02955
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.2797
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1960.24265
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.22129
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.22685
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1750.2360
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0750.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2350.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3520.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.130.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.91332867
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.69731129
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.60754551
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.05681891
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.521111644
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2050 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.320.5
2Bmedium positional0.340.5
3Cmedium positional0.310.5
4Dmedium positional0.350.5
1Amedium thermal0.972
2Bmedium thermal1.022
3Cmedium thermal0.942
4Dmedium thermal0.92
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 165 -
Rwork0.311 3117 -
obs--67.09 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1833-0.07610.92651.0850.51681.9243-0.066-0.10430.2065-0.0815-0.06220.0352-0.1134-0.21390.1282-0.03890.0056-0.0002-0.07170.0245-0.040318.205926.930134.6446
21.61530.56770.60211.19120.02521.66920.1484-0.1673-0.08850.09380.0086-0.02190.3052-0.0207-0.15710.0395-0.0047-0.016-0.09120.0488-0.05927.470810.587141.6943
31.99150.19490.31791.26360.38931.3942-0.03140.28830.1817-0.1080.02070.0575-0.23940.03380.01070.0082-0.00380.0229-0.0420.0508-0.042139.630239.092869.9236
42.8384-0.0151-0.32511.06710.54861.28980.04820.077-0.27420.0962-0.0650.030.0743-0.12180.0168-0.04530.0010.0109-0.08070.0138-0.039230.677622.561876.454
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA6 - 1447 - 145
2X-RAY DIFFRACTION2BB6 - 1447 - 145
3X-RAY DIFFRACTION3CC5 - 1446 - 145
4X-RAY DIFFRACTION4DD6 - 1447 - 145

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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