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- PDB-2oi9: Structure of the 2C/Ld/QL9 allogeneic complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oi9
タイトルStructure of the 2C/Ld/QL9 allogeneic complex
要素
  • Major Histocompatibility Complex protein
  • T cell receptor alpha chain
  • T cell receptor beta chain
  • peptide (GLN)(LEU)(SER)(PRO)(PHE)(PRO)(PHE)(ASP)(LEU)
キーワードIMMUNE SYSTEM / TCR / MHC
機能・相同性
機能・相同性情報


T cell receptor complex / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / defense response / MHC class I protein complex / phagocytic vesicle membrane / adaptive immune response / immune response
類似検索 - 分子機能
: / : / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / MHC class I-like antigen recognition-like ...: / : / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-Type / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-chain / T-cell receptor alpha chain V region PHDS58 / H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Garcia, K.C. / Colf, L.A.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2007
タイトル: How a single T cell receptor recognizes both self and foreign MHC.
著者: Colf, L.A. / Bankovich, A.J. / Hanick, N.A. / Bowerman, N.A. / Jones, L.L. / Kranz, D.M. / Garcia, K.C.
履歴
登録2007年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major Histocompatibility Complex protein
B: T cell receptor alpha chain
C: T cell receptor beta chain
Q: peptide (GLN)(LEU)(SER)(PRO)(PHE)(PRO)(PHE)(ASP)(LEU)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7614
ポリマ－47,7614
非ポリマー00
水3,171176
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5280 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area17660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.171, 163.171, 95.028
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-207-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Major Histocompatibility Complex protein


分子量: 20941.064 Da / 分子数: 1 / 断片: alpha 1,2 domains / 変異: F9Y, V12T, I23T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P01897
#2: タンパク質 T cell receptor alpha chain / V alpha


分子量: 12487.985 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P01738
#3: タンパク質 T cell receptor beta chain / V beta


分子量: 13268.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A2NTY6
#4: タンパク質・ペプチド peptide (GLN)(LEU)(SER)(PRO)(PHE)(PRO)(PHE)(ASP)(LEU)


分子量: 1063.202 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesized peptide
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.9M sodium dihydrogen phosphate, 0.01M di-potassium hydrogen phosphate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97908 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→141.42 Å / Num. obs: 29820 / % possible obs: 99.92 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.488 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LDP, 2CKB

1ldp

2ckb


解像度: 2.35→60 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 5.221 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: FUSION PROTEIN COMPRISES chain B (T cell receptor alpha chain), the LINKER (GGGGSGGGGSGGGGSGGGGS), chain C(T cell receptor beta chain) and c-terminal tail with sequence HHHHHH. There is not ...詳細: FUSION PROTEIN COMPRISES chain B (T cell receptor alpha chain), the LINKER (GGGGSGGGGSGGGGSGGGGS), chain C(T cell receptor beta chain) and c-terminal tail with sequence HHHHHH. There is not LINK record for chain B and LINKER, nor LINK for LINKER and chain C because the LINKER was not visible. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22629 1580 5 %RANDOM
Rwork0.22046 ---
obs0.22076 29820 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.752 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.68 Å20.34 Å20 Å2
2--0.68 Å20 Å2
3----1.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→60 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3225 0 0 176 3401
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0213320
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0621.9374499
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3365400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.623.118170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.87515509
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6491527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2459
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022614
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2420.21487
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.22232
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.2190
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1810.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1860.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1281.52046
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.56323200
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.27131482
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4034.51299
LS精密化 シェル解像度: 2.353→2.414 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 108 -
Rwork0.313 2165 -
obs--99.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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