ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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CNS | 1.1 | 精密化 | HKL-2000 | | データ収集 | HKL-2000 | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | SOLVE | | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→40.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 97868.09 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.264 | 1131 | 4.7 % | RANDOM |
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Rwork | 0.209 | - | - | - |
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obs | 0.209 | 23929 | 92.6 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.4565 Å2 / ksol: 0.33089 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 48.1 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -0.9 Å2 | 2.38 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -0.9 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 1.81 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.39 Å | 0.3 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.46 Å | 0.4 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→40.88 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2031 | 0 | 0 | 106 | 2137 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.009 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.2 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d23.1 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d1.17 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it5.25 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it7.96 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it8.12 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it12.36 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.358 | 123 | 4 % |
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Rwork | 0.302 | 2988 | - |
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obs | - | - | 71.9 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | protein_rep.paramprotein.topX-RAY DIFFRACTION | 2 | water.paramwater.topX-RAY DIFFRACTION | 3 | ion.paramion.top | | | | | |
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