PDB-2og1: Crystal Structure of BphD, a C-C hydrolase from Burkholderia xeno...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2og1

タイトル

Crystal Structure of BphD, a C-C hydrolase from Burkholderia xenovorans LB400

要素

2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase

キーワード

HYDROLASE / BphD / alpha/beta hydrolase / PCB Degradation / Meta cleavage product hydrolase / MCP hydrolase / 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2 / 4-dienoate hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

biphenyl catabolic process / 2-hydroxy-6-oxonona-2,4-dienedioate hydrolase activity / 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase activity / 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase / acylglycerol catabolic process / monoacylglycerol lipase activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia xenovorans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Dai, S. / Ke, J. / Bolin, J.T.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Kinetic and structural insight into the mechanism of BphD, a C-C bond hydrolase from the biphenyl degradation pathway
著者: Horsman, G.P. / Ke, J. / Dai, S. / Seah, S.Y. / Bolin, J.T. / Eltis, L.D.

履歴

登録	2007年1月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2og1.cif.gz	135.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2og1.ent.gz	104.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2og1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2og1_validation.pdf.gz	468.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2og1_full_validation.pdf.gz	478 KB	表示
XML形式データ	2og1_validation.xml.gz	27.5 KB	表示
CIF形式データ	2og1_validation.cif.gz	40.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/2og1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/2og1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2puh-1 3v1m-1 2rhw-1 2rht-1 3v1l-1 2pu5-1 3v1k-1 2ri6-1 5jz9-1 5jzb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (3) #13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#165 - 2013年9月
人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages)
類似性 (3)
#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (3)
#13 - 2001年1月
アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase

B: 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase

ヘテロ分子

64.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase

B: 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase

ヘテロ分子

A: 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase

B: 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
130 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	135.000, 135.000, 66.725
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	172
Space group name H-M	P6₄

詳細

The biological assembly is a tetramer generated from the dimer in the asymmetric unit by the operation: 0.5-x, 0.866-y, z.

#1: タンパク質	2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase 分子量: 32068.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia xenovorans (バクテリア) 株: LB400 / 遺伝子: bphD / プラスミド: pSS314 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha 参照: UniProt: P47229, 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル分子量: 46.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 469 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: 2.0-2.4 M ammonium sulfate, 6-10% ethanol, 0.1M Tris-HCl, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1
3		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	14-BM-D	1	0.9795
シンクロトロン	APS	14-BM-D	2		0.9537,0.9793,0.9795

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 1	1	CCD	1998年9月18日
ADSC QUANTUM 1	2	CCD	1998年12月5日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9795	1
2	0.9537	1
3	0.9793	1

Reflection

D res high: 2 Å / D res low: 50 Å

ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	Χ²	Num. obs	% possible obs
1	14.5	394207	0.049	1.52	86231	92.1
2	14	409145	0.051	1.46	86832	92.5
3	14.5	424739	0.044	1.37	88908	95.4

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared
4.31	50	96.6	1	0.029	0.931
3.42	4.31	97.9	1	0.039	1.425
2.99	3.42	99.5	1	0.051	1.667
2.71	2.99	99.4	1	0.07	1.576
2.52	2.71	99.6	1	0.094	1.625
2.37	2.52	99.6	1	0.119	1.637
2.25	2.37	99.3	1	0.161	1.713
2.15	2.25	93	1	0.201	1.738
2.07	2.15	77	1	0.237	1.841
2	2.07	59.2	1	0.309	1.902
4.31	50	97.6	2	0.03	1.048
3.42	4.31	98.9	2	0.041	1.263
2.99	3.42	99.5	2	0.053	1.478
2.71	2.99	99.6	2	0.075	1.604
2.52	2.71	99.7	2	0.101	1.543
2.37	2.52	99.8	2	0.125	1.638
2.25	2.37	99.4	2	0.175	1.668
2.15	2.25	93.5	2	0.225	1.592
2.07	2.15	77.8	2	0.267	1.681
2	2.07	59.3	2	0.341	1.882
4.31	50	97.4	3	0.025	0.795
3.42	4.31	98.4	3	0.035	1.231
2.99	3.42	99.5	3	0.046	1.46
2.71	2.99	99.5	3	0.063	1.389
2.52	2.71	99.6	3	0.085	1.507
2.37	2.52	99.7	3	0.105	1.495
2.25	2.37	99.5	3	0.136	1.53
2.15	2.25	98.5	3	0.184	1.572
2.07	2.15	88.5	3	0.208	1.656
2	2.07	72.9	3	0.286	1.739

反射

解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 88125 / % possible obs: 96.6 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Χ²: 1.148 / Net I/σ(I): 9.9

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.6-1.63	0.36	3352	1.079	1,2	74.1
1.63-1.66	0.371	3602	1.053	1,2	79.7
1.66-1.69	0.298	4003	1.129	1,2	87.9
1.69-1.72	0.293	4295	1.16	1,2	94.7
1.72-1.76	0.274	4481	1.181	1,2	98.9
1.76-1.8	0.25	4543	1.189	1,2	99.9
1.8-1.85	0.222	4521	1.254	1,2	99.9
1.85-1.9	0.212	4553	1.389	1,2	100
1.9-1.95	0.193	4545	1.441	1,2	100
1.95-2.02	0.149	4554	1.376	1,2	100
2.02-2.09	0.142	4542	1.258	1,2	100
2.09-2.17	0.096	4531	1.101	1,2	100
2.17-2.27	0.104	4551	1.029	1,2	100
2.27-2.39	0.074	4567	0.992	1,2	99.9
2.39-2.54	0.068	4570	1.096	1,2	100
2.54-2.74	0.069	4563	1.099	1,2	99.9
2.74-3.01	0.057	4572	1.109	1,2	99.9
3.01-3.45	0.044	4578	0.983	1,2	99.9
3.45-4.34	0.037	4613	1.126	1,2	99.9
4.34-50	0.031	4589	0.894	1,2	97.5

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3

Phasing MAD

D res high: 3.5 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.92 / 反射: 8863

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
1	3 wavelength	1	0.9795	4.44	-12.11
1	3 wavelength	2	0.9793	6.83	-11.93
1	3 wavelength	3	0.9537	5.34	-3.82

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	LAM2	28.39	0.659	0.209	0.002	0.574
2	LAM2	30.922	0.52	0.22	0.05	0.663
3	LAM2	60	0.905	0.495	0.29	0.794
4	LAM2	51.183	0.603	0.184	0.152	0.638
5	LAM2	60	0.95	0.269	0.062	0.66
6	LAM2	60	0.589	0.074	0.016	0.82
7	LAM2	60	0.071	0.465	0.151	0.832
8	LAM2	43.638	0.487	0.184	0.247	0.552
9	LAM2	43.278	0.48	0.007	0.004	0.495
10	LAM2	38.33	0.613	0.18	0.258	0.566
11	LAM2	60	0.285	0.357	0.195	0.444
12	LAM2	55.705	0.973	0.475	0.106	0.447
13	LAM2	60	0.375	0.318	0.295	0.469
14	LAM2	60	0.387	0.319	0.194	0.654
15	LAM2	51.413	0.965	0.328	0.095	0.461
16	LAM2	60	0.11	0.39	0.124	0.73
17	LAM2	34.494	0.519	0.165	0.017	0.352
18	LAM2	60	0.076	0.487	0.101	0.651
19	LAM2	60	0.833	0.368	0.309	0.27

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
11.16-20	0.9	500
7.54-11.16	0.94	761
6.04-7.54	0.94	952
5.18-6.04	0.95	1089
4.61-5.18	0.92	1221
4.19-4.61	0.92	1333
3.87-4.19	0.91	1470
3.61-3.87	0.92	1537

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	1.17	位相決定
CNS	1.1	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
ADSC	QUANTUM	データ収集

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.6→19.87 Å / R_factor R_free error: 0.002 / Data cutoff high absF: 2428265.5 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.224	8856	10 %	RANDOM
R_work	0.208	-	-	-
obs	-	88125	96.6 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 50.249 Å² / k_sol: 0.342 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.32 Å²	1.25 Å²	0 Å²
2-	-	0.32 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.64 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.22 Å	0.2 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.16 Å	0.15 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→19.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4492	0	35	469	4996

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.2
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	23.1
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.7
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.12	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	1.77	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	1.76	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	2.72	2.5

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.7 Å / R_factor R_free error: 0.008 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.292	1262	10.2 %
R_work	0.269	11071	-
obs	-	12333	81.5 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param	protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	water_rep.param	water.top
X-RAY DIFFRACTION	3	ion.param	ion.top
X-RAY DIFFRACTION	4	ligand.par	ligand.top

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)