PDB-2ofy: Crystal structure of putative XRE-family transcriptional regulato...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ofy

タイトル

Crystal structure of putative XRE-family transcriptional regulator from Rhodococcus sp.

要素

Putative XRE-family transcriptional regulator

キーワード

TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATOR / XRE-FAMILY / STRUCTURAL GENOMICS / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodococcus sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Shumilin, I.A. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Yim, V. / Chruszcz, M. / Cymborowski, M. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative XRE-family transcriptional regulator from Rhodococcus sp.
著者: Shumilin, I.A. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Yim, V. / Chruszcz, M. / Cymborowski, M. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Minor, W.

履歴

登録	2007年1月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2022年4月13日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ofy.cif.gz	48.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ofy.ent.gz	36.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ofy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ofy_validation.pdf.gz	413.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ofy_full_validation.pdf.gz	416.2 KB	表示
XML形式データ	2ofy_validation.xml.gz	5.7 KB	表示
CIF形式データ	2ofy_validation.cif.gz	9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/2ofy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/2ofy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5od9-d 1pmh-d 4dd8-1 4dr9-2 3b21-d 2w13-d 3ec2-d 1rda-d 5ngo-5 4bua-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC6236

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Putative XRE-family transcriptional regulator

B: Putative XRE-family transcriptional regulator

18.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.540, 46.073, 81.842
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Putative XRE-family transcriptional regulator 分子量: 9314.261 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus sp. (バクテリア) / 株: RHA1 / 遺伝子: RHA1_ro04071 / プラスミド: p15TV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RP / 参照: UniProt: Q0S9B8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.84 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25% PEG 3350, 0.2M Lithium sulfate, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97904 Å
検出器	タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月10日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97904 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 18284 / Num. obs: 18279 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 8.4 % / B_iso Wilson estimate: 30.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 56
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.407 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 1770 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
Coot		モデル構築
O		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.7→40.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 5.256 / SU ML: 0.091 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23864	927	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20353	-	-	-
obs	0.20528	17299	99.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.802 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.36 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.5 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→40.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1208	0	0	241	1449

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	1245
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.74	1.986	1690
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.343	5	166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.711	21.6	50
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.665	15	214
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.259	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.126	0.2	212
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	913
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.252	0.2	715
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.315	0.2	901
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	177
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.244	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.184	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.689	1.5	831
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.747	2	1308
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.447	3	444
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.541	4.5	379
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.745 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.38	77	-
R_work	0.303	1193	-
obs	-	-	96.58 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	11.8834	4.3788	0.1201	5.146	0.2176	4.1384	-0.367	0.4659	-0.1534	-0.2525	0.5721	0.1224	0.4977	-0.3695	-0.205	0.034	-0.0271	-0.0136	0.0419	0.0763	0.0253	21.133	10.1937	12.4298
2	3.923	-0.1091	2.6384	4.6712	1.729	3.81	-0.1903	-0.7107	0.091	0.4441	0.2196	-0.0906	0.0186	0.1626	-0.0293	0.0624	0.0871	-0.0205	0.1668	-0.0758	0.0959	27.6051	23.3422	22.4451
3	5.3782	0.2707	1.0128	3.6917	-0.4122	4.0767	-0.2661	-0.3284	-0.1966	-0.0051	0.313	0.22	-0.0579	-0.3606	-0.0469	-0.0148	0.0363	0.0041	0.0059	0.0057	0.0327	21.5655	19.7744	14.3492
4	20.5536	-4.1501	-6.1608	14.21	5.5599	18.4082	-0.2935	-0.5037	0.5318	-0.287	0.4571	-0.3613	-0.7626	1.1322	-0.1636	-0.0071	-0.042	-0.0055	0.0337	-0.0724	0.08	33.15	25.6351	12.5909
5	9.4455	-2.4016	-0.7717	5.0175	-4.6338	5.3567	0.0793	0.5217	-0.8651	-1.3337	0.6401	0.5873	0.9295	-0.0654	-0.7194	0.0484	-0.0435	-0.114	-0.0771	-0.0295	-0.0274	26.4803	12.5559	1.7203
6	21.7461	-9.8211	-20.6638	24.7229	27.6661	53.0832	-0.7092	-0.841	1.5942	2.0981	-0.2343	0.4488	0.9211	-0.9312	0.9436	0.1417	0.0246	-0.0521	-0.3152	-0.1179	0.0743	15.4811	34.2576	5.0009
7	1.8909	4.3594	0.7928	11.2486	1.0748	0.8052	0.1451	0.8743	0.1793	-0.2452	-0.2335	0.0884	-0.0492	-0.3934	0.0885	0.1263	-0.1523	-0.0038	0.1265	0.0043	0.0366	15.9433	19.661	-9.388
8	6.1278	1.1693	-3.1218	14.6548	1.8786	6.5559	-0.1718	0.3991	0.4572	-0.5104	0.1985	0.5589	-0.0209	-0.8394	-0.0267	0.03	-0.0462	-0.0427	0.0691	0.0398	0.0593	9.3295	23.8472	-2.145
9	3.8119	1.5747	0.8577	3.3662	0.0126	8.8963	-0.3155	0.3299	0.1821	-0.2359	0.289	-0.0803	-0.3126	0.1256	0.0265	0.0598	-0.0714	-0.0262	-0.0258	0.0207	0.0276	22.8076	22.0786	0.3762
10	34.9127	18.7132	-15.971	43.27	-47.3651	195.8622	0.5118	0.7823	0.7543	0.1281	0.4117	0.8303	0.0521	2.9189	-0.9236	-0.0012	0.0597	-0.0954	-0.1423	-0.0252	0.1449	25.4008	36.6321	0.0545

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 23	3 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	24 - 46	24 - 46
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	47 - 64	47 - 64
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	65 - 69	65 - 69
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	70 - 84	70 - 84
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	5 - 19	5 - 19
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	20 - 39	20 - 39
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	40 - 52	40 - 52
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	53 - 77	53 - 77
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	78 - 84	78 - 84

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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