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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ofm | ||||||
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タイトル | 1.11 A Crystal Structure of Apo Nitrophorin 4 From Rhodnius Prolixus | ||||||
要素 | Nitrophorin-4 | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / lipocalin / beta barrel / absent cofactor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitrite dismutase / histamine binding / nitric oxide binding / vasodilation / oxidoreductase activity / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rhodnius prolixus (カメムシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.11 Å | ||||||
データ登録者 | Amoia, A.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007 タイトル: Apo-nitrophorin 4 at atomic resolution. 著者: Amoia, A.M. / Montfort, W.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ofm.cif.gz | 121 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ofm.ent.gz | 95 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ofm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2ofm_validation.pdf.gz | 445.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2ofm_full_validation.pdf.gz | 449.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2ofm_validation.xml.gz | 15.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2ofm_validation.cif.gz | 23.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/2ofm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/2ofm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1x80S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is a monomer consisting of chain X and can be generated by the identity operation:x,y,z |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20292.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodnius prolixus (カメムシ) / プラスミド: pET17b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q94734 |
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#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.11 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: ammonium sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.8 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.11→17.4 Å / Num. obs: 63130 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 11.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 25 |
反射 シェル | 最高解像度: 1.11 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 0.38 / % possible all: 83 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB entry 1X80 解像度: 1.11→17.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 1.301 / SU ML: 0.028 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.043 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: anisotropic refinement reduced Free R. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 9.595 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.131 Å / Luzzati d res low obs: 4 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.11→17.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.11→1.139 Å / Total num. of bins used: 20
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