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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2of3 | ||||||
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タイトル | TOG domain structure from C.elegans Zyg9 | ||||||
![]() | ZYG-9 | ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / CELL CYCLE / Multifunctional macromolecule / Kinetochore / microtubule / XMAP215 / Zyg9 / Stu2 / Dis1 / microtubule associated protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() microtubule plus end polymerase / establishment or maintenance of microtubule cytoskeleton polarity / spindle elongation / meiotic spindle organization / meiotic spindle / embryo development ending in birth or egg hatching / spindle organization / microtubule polymerization / microtubule-based process / centrosome duplication ...microtubule plus end polymerase / establishment or maintenance of microtubule cytoskeleton polarity / spindle elongation / meiotic spindle organization / meiotic spindle / embryo development ending in birth or egg hatching / spindle organization / microtubule polymerization / microtubule-based process / centrosome duplication / mitotic spindle organization / kinetochore / spindle pole / microtubule binding / microtubule / cell division / centrosome / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Al-Bassam, J. / Larsen, N.A. / Hyman, A.A. / Harrison, S.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a TOG domain: conserved features of XMAP215/Dis1-family TOG domains and implications for tubulin binding. 著者: Al-Bassam, J. / Larsen, N.A. / Hyman, A.A. / Harrison, S.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 69 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 51.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 428 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 451 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30013.926 Da / 分子数: 1 / 断片: TOG domain, residues 602-867 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: zyg-9 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.74 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM HEPES, 0.4 M NaCl, 2.0 M Ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月4日 / 詳細: Double Crystal Si(111) | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 52652 / Num. obs: 38767 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 41.6 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.96 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.369 / Mean I/σ(I) obs: 3.55 / Rsym value: 0.413 / % possible all: 99 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.558 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.83 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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